2002年ベスト盤『初めての特撮 BEST vol.1』をリリースするが、この作品を最後に徳間ジャパンとの契約が終了、インディーズに活動の場を移す。

2003年の暮れに2年ぶりとなる4thアルバム『オムライザー』をリリース、この作品から次第にポップな曲調を見せ始める。

2004年には『夏盤』をリリース（大槻の詩集付属音源のリマスタリング作を含めた企画盤）。

2005年には6thアルバム『綿いっぱいの愛を!』をリリース、三柴が「さらばマトリョーシカ」で「新東京正義之士」以来、20年ぶりくらいにメインボーカルをとった。

2006年、筋肉少女帯再結成。メインボーカルの大槻がそちらに専念したことにより特撮は充電期間に入る。なおこの時期もNARASAKIは大槻のソロ楽曲のサウンドプロデュースに参加し、三柴は筋肉少女帯にサポート参加、また特撮チームはアニメ「さよなら絶望先生」シリーズに「大槻ケンヂと絶望少女達」として主題歌を提供している。

2011年4月1日午前2時55分に、puku1048というIDでUstreamにアップロードされた動画にて、再始動ライブツアーが告知された。また前述の「…絶望先生」のBlu-ray BOXテーマソング、及び同作者の原作によるOVA「かってに改蔵」の主題歌を発表し、6月には特撮名義では6年ぶりとなるセルフカヴァーアルバム「5年後の世界」をキングレコードから発売された。

2012年12月12日、オリジナルアルバムとしては7年ぶりとなる『パナギアの恩恵』を発表、それに伴う年明けのライヴツアーが決定した。

2016年2月3日、3年2ヶ月ぶりとなるオリジナルアルバム『ウインカー』をリリース。

2019年7月15日、パシフィコ横浜 国立大ホールにて開催された所属レーベルのEVIL LINE RECORDS主催のフェス『EVIL LINE RECORDS 5th Anniversary FES.“EVIL A LIVE” 2019』に出演。特撮×ももいろクローバーZによるフェス限定の新録コラボ楽曲『パーティーは今』も披露された。

2019年８月16日、約2年1ヶ月ぶりとなるワンマンライブ “特撮2019 LIVE「特撮・夏のデビル?スリーストーリーズ発売記念LIVE !」”が東京・LIQUIDROOMにて開催。会場限定シングル『スリーストーリーズ』をリリース。

2020年、「T-20  特撮デビュー20周年記念LIVE LIQUID・TRAD・HEAVEN’S ROCK」のライブを予定していたが、新型コロナ感染症のため延期[4]。チケットは払い戻しも可で、振替公演対象となった。

2021年5月12日、5年3ヶ月ぶりのニュー・アルバム『エレクトリック ジェリーフィッシュ』リリース。5月15日から26日にかけて、レコ発ライブを実施[5]。5月26日の公演では、振替のチケットと新しいチケットが混ざる異常事態になった。
ディスコグラフィー
シングル

#発売日タイトルカップリング規格品番収録アルバム備考
1st2000年1月26日アベルカイン身代わりマリー/テレパシーTKCA-71856爆誕
2nd2000年9月27日ジェロニモヌイグルマー ?序章?/戦え! ヌイグルマー/ケテルビー (Single Version)TKCA-72011ヌイグルマーGASTUNKのカバー
3rd2001年7月25日ヨギナクサレ殺神/ヤンガリー 1.テーマ?2.アクアヤンガリーTKCA-72147Agitator
4th2002年11月7日パティー・サワディー渚の前衛ダンサー (ヴァージョン冬)TKCA-72443初めての特撮 BEST vol.1
5th2005年5月25日綿いっぱいの愛を!デス市長伝説（当選編!）PWCM-3004綿いっぱいの愛を!
6th2014年1月22日シネマタイズ (映画化)世界中のロックバンドが今夜も…/一点もの/ハンマーはトントンKICM-1488ウインカー
7th2019年8月16日スリーストーリーズ (夏のデビル/メグマレ/ピルグリム(放浪者)/オム・ライズ (“EVIL A LIVE” 2019 ver.)/アングラ・ピープル・サマー・ホリディ (“EVIL A LIVE” 2019 ver.)/人として軸がぶれている (“EVIL A LIVE” 2019 ver.)/林檎もぎれビーム! (“EVIL A LIVE” 2019 ver.))NMAX-1340エレクトリック ジェリーフィッシュ (初回版)会場限定販売＆配信シングル、CD版は『特撮2019 LIVE「特撮・夏のデビル?スリーストーリーズ発売記念LIVE !」』の会場限定販売。収録曲の内、新曲である「夏のデビル」「メグマレ」「ピルグリム（放浪者）」の3曲は各配信サイトから配信リリースされている[6]。
8th2020年9月4日ブルー・スリー (オーバー・ザ・レインボー?僕らは日常を取り戻す/テレパシー(2020)/殺神(2020))NKZM1013-1014「墓場の画廊」にて先行発売、ELR STOREにて通信販売、CD＋Blu-ray。Blu-rayは「オーバー・ザ・レインボー?僕らは日常を取り戻す」Music Videoを収録。CDの3曲は配信リリースされている。
その他のシングル
2007年8月22日人として軸がぶれている強引niマイYeah?(歌：絶望少女達)KICM-31525年後の世界『大槻ケンヂと絶望少女達』名義、アニメ『さよなら絶望先生』主題歌。クレジットに特撮の文字はないが、作詞と男性ヴォーカルは大槻、作曲とプロデュースはNARASAKI、演奏は高橋竜を含めた特撮メンバーによる作品で、大槻もブログにて「録音メンバーは実質、特撮」と発言している[7]
2008年1月23日空想ルンバ恋路ロマネスク(歌：絶望少女達)KICM-3162『大槻ケンヂと絶望少女達』名義、アニメ『俗・さよなら絶望先生』主題歌。メンバーや構成などは、前作『人として軸がぶれている』と同様。当初、楽曲タイトルは歌詞の一部から取った「俺の値段を誰が決めた」というものであったが、NARASAKIとの相談の結果、現在のタイトルに決定した。また、タイトル変更が決まった後も、大槻はしばらくの間「幻想ルンバ」に変えたと思い込んでいたという[8]。
2011年4月23日メビウス荒野?絶望伝説エピソード1アングラピープル サマー ホリディ ~2011版KICM3230『大槻ケンヂと絶望少女達』名義、アニメ『さよなら絶望先生』Blu-ray BOXテーマソング。過去の主題歌3曲（特撮とはメンバーが異なる『林檎もぎれビーム!』を含む）のフレーズが曲中に含まれている。C/Wには特撮の単独名義では5年ぶりとなる音源『アングラ・ピープル・サマー・ホリディ』のセルフカヴァーを収録。
2011年4月23日かってに改造してもいいぜヌイグルマーKICM-3228『水木一郎と特撮』名義、OVA『かってに改蔵』主題歌。表題曲は水木単独による歌唱。C/Wは特撮のセルフカヴァーである『ヌイグルマー』で、こちらは『特撮と水木一郎』名義で大槻と水木のツインボーカルの楽曲である。なお大槻と水木は過去に筋肉少女帯の楽曲『221B戦記』でも共演している。
2014年1月22日ヌイグルマーZ遊星歯車機構/マリリン・マラソンKICM-1487アルバム未収録『特撮×中川翔子』名義

配信限定シングル

#発売日タイトル収録アルバム
2013年8月7日パナギアの恩恵エレクトリック ジェリーフィッシュ (初回版)
2019年8月16日スリーストーリーズ -EP-
2020年4月20日オーバー・ザ・レインボー?僕らは日常を取り戻すエレクトリック ジェリーフィッシュ
2020年9月18日ブルー・スリー -EP-エレクトリック ジェリーフィッシュ (初回版)
2021年1月15日I wanna be your Museエレクトリック ジェリーフィッシュ
2021年4月23日ヘイ!バディー

アルバム
オリジナルアルバム

#発売日タイトル規格品番
通常盤初回盤再発盤
1st2000年2月23日爆誕TKCA-71864TKCA-73391
TKCA-10107
2nd2000年10月25日ヌイグルマーTKCA-72025TKCA-73392
TKCA-10108
TKCA-10529
3rd2001年9月27日AgitatorTKCA-72223TKCA-73393
TKCA-10109
TKCA-10530
4th2003年11月27日オムライザーPWCP-1004TKCA-10186
5th2004年6月30日夏盤PWCP-1010TKCA-10187
6th2005年6月29日綿いっぱいの愛を!PWCP-1018TKCA-10188
7th2012年12月12日パナギアの恩恵KICS-1853
8th2016年2月3日ウインカーKICS-3352KICS-93352
9th2021年5月12日エレクトリック ジェリーフィッシュKICS-3993KICS-93993

ベストアルバム

#発売日タイトル規格品番
通常盤初回盤再発盤
1st2002年11月21日初めての特撮 BEST vol.1TKCA-72471TKCA-10111
(HQCD+DVD)
2nd2006年5月24日ロコ!思うままにPWCP-1029PWCP-1028

新録＋セルフカヴァーアルバム