伝統的な爬虫類目の研究は、歴史的に現代の両生類の研究と組み合わせて、爬虫両棲類学と呼ばれている。鳥類を含むすべての爬虫類を研究する学問は、両生類を除く爬虫両棲類学と鳥類学を組み合わせたものである。 現生ではワニ、トカゲ（ヘビを含む）、カメ、ムカシトカゲが含まれる。現生種としては通常はトカゲ類（ヘビ類を含む）、カメ類、ワニ類、ムカシトカゲを含む。
分類
潜頸亜目 Cryptodira
@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}鳥綱を廃止し竜盤目獣脚亜目に分類する説がある。10000種近い生物がここに含まれる可能性がある。[要出典]イリエワニ Crocodylus porosus 爬虫類の取り扱いは、上の分類にしたがっている。 爬虫類の分類上の取り扱いには、難しい問題がある。これは、生物の分類を「共通の祖先を持つグループごとの単位」（単系統群）に分類していくべきであるとする考え方に対応して発生した。地球の歴史の中で爬虫類の祖先を考えたり、現生種の遺伝子を分析しそれぞれの種がどのぐらい離れているか（遺伝的距離）を推定する研究から、爬虫類の一部のグループ（恐竜）から鳥類が分かれたことが明らかになってきている。[3]これを根拠に鳥綱とそこに含まれる全ての目を廃止し、その全てを竜盤目獣脚亜目に分類し直す説が出てきている。[要出典] 下記は、爬虫類、鳥類、哺乳類を含む「有羊膜類」をその系統で整理した例（ ⇒NCBI Taxonomy browser参照）で、それに上の分類を対応させたものである。この分類は一定しておらず、あくまでも一例であることに注意してほしい。特に鳥綱の扱いには論争がある。 上の系統分類の考え方に、絶滅した恐竜、魚竜、翼竜などを含むと下記のようになる。ただし、初期有羊膜類の分類・分岐については化石の産出が断片的であることもあいまって両生類との境界も含め非常に流動的であり、様々な記述が見られる事に注意されたい。おおよそ確定的なのは双弓類、単弓類以降の分類である。 有羊膜類 Amniota
系統分類の考え
現生動物の系統
鱗竜類
ムカシトカゲ類
有鱗類･･･トカゲ類、ヘビ類（オオトカゲ類と近縁説が有力）、 ミミズトカゲ類(カナヘビ類と近縁説が有力)
主竜形類
カメ類
主竜類
ワニ類
鳥類
化石動物も含める
単弓類 Synapsida
盤竜類 Pelycosauria
獣弓類 Therapsida
哺乳綱 Mammalia
竜弓類 Sauropsida
中竜類 Mesosauria
爬虫綱 Reptilia
無弓類 Anapsida - 絶滅
ミレレッタ類 Millerettidae
パレイアサウルス類 Pareiasauridae
Procolophonoidea
双弓類 Diapsida
細脚類 Araeoscelida - 絶滅
魚竜類 Ichthyosauria - 絶滅
竜類 sauria
鱗竜形類 Lepidosauromorpha
鰭竜類 Sauropterygia - 絶滅
板歯類 Placodontia
偽竜類 Nothosauria
首長竜類 Plesiosauria
鱗竜類 Lepidosauria
ムカシトカゲ類 Sphenodontia
有鱗類 Squamata
主竜形類 Archosauromorpha
プロラケルタ類 Prolacertiformes - 絶滅
リンコサウルス類 Rhynchosauria - 絶滅
トリロフォサウルス類 Trilophosauria
コリストデラ類 Choristodera
主竜類 Archosauria
クルロタルシ類 Crurotarsi
偽鰐類 Pseudosuchia
植竜類 Phitosauria - 絶滅
ワニ類 Crocodilia
鳥頸類 Ornithodira
翼竜類 Pterosauria - 絶滅
恐竜類 Dinosauria - 鳥類以外絶滅
鳥盤類 Ornithischia
竜盤類 Saurischia
竜脚類 Sauropodomorpha
獣脚類 Theropoda
鳥綱 Avialae
脚注[脚注の使い方]^ ⇒分子生物学から見た進化 第２回 始祖鳥の神話と分子系統樹
^ ネイチャー・ワークス地球科学館
^ Ishida, Ken (1996). “DNA Analyses in Avian Ecological Studies. Phylogeny and Conservation Genetics.”. Journal of the Yamashina Institute for Ornithology 28 (2): 51?80. doi:10.3312/jyio1952.28.51. .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISSN 1883-3659. http://dx.doi.org/10.3312/jyio1952.28.51.
