2014年3月31日に放送された『笑っていいとも! グランドフィナーレ 感謝の超特大号』にて、同じくダウンタウンとの不仲が噂されていたとんねるずと共に共演を果たした。とんねるずと共にダウンタウンと共演する予定ではなかったが、とんねるず・石橋貴明が木梨憲武と爆笑問題を誘って乱入し、松本が「ネットが荒れる」などと冗談交じりに述べた。その後は、2016年11月10日放送の『ダウンタウンDX』（日本テレビ系）において、太田の妻・光代がゲスト出演し、ダウンタウンとトークを交わしたほか[65][66]、田中の妻である山口もえが『ダウンタウンDX』や『ダウンタウンなう』に出演し、夫婦エピソードを語る[67]など直接的な共演こそないものの、お互いの認識や関係性はいいともグランドフィナーレで共演した2014年以前と比べ改善されつつある。

2021年8月28日にはいいともグランドフィナーレに出演していた松本、中居正広、ナインティナインがメイン司会を務める『FNSラフ&ミュージック?歌と笑いの祭典?』（フジテレビ系）にて漫才を披露、その後トークパートで約7年5ヶ月ぶりに松本と共演した。漫才内では太田が「松ちゃん見てる？」や「明日はワイドナショー（松本がコメンテーターとして出演、実際にはラフ&ミュージックの特別編の放送のため休止。）ではなくサンデージャポンを見てください。」「ガキの使いじゃあらへんで?」「太田動きます。」（2019年、お笑い芸人による闇営業問題の際に松本がツイートした「松本動きます」のパロディ）など松本に絡めたネタを言って田中に突っ込まれていた。

2022年1月30日放送の『ガキの使いやあらへんで!』では、前述した不仲説のきっかけとなった件について、松本が番組内でネタにする場面があった[68]。同年9月10日には、前年同様に松本、中居、ナインティナインがメイン司会の『FNSラフ&ミュージック2022?歌と笑いの祭典?』に出演して漫才を披露した。2年連続の共演となったトークパートでは、松本が太田に対して「M-1の審査員やれへんの？」と問いかけ、太田が辞退するといったやり取りも見せた[69]。また、ダウンタウンが総合司会を務める同年10月8日放送のお笑いの日・ザ・ベストワンに出演したがキングオブコント直前で、ダウンタウンとの共演はなかったが浜田雅功が映った際に太田が「小川菜摘の旦那」と口にしたがスルーされていた。
ビッグ3との関係
タモリ

タモリとはまだ無名だった頃にも共演しており、『タモリ倶楽部』（テレビ朝日系）『タモリのSUPERボキャブラ天国』（フジテレビ系）の出演で世間に知られるようになった。以前に『爆笑問題カーボーイ』（TBSラジオ系）の中で、自分たちの実力が一番発揮できる番組として『タモリ倶楽部』を挙げていた。

『たけし・さんまの有名人の集まる店』（フジテレビ系）出演時に太田は、同じくBIG3であるビートたけしと明石家さんまに、トークではタモリに憧れを持っている、という発言をしている。

太田は『A-Studio』（TBSテレビ系）出演時には、普段大人しいタモリが自分のギャグで笑うのが嬉しいという趣旨の発言もしている。

1997年ごろからブレイクするようになり、『森田一義アワー 笑っていいとも!』（フジテレビ系）の出演もこの頃から多くなった。その後、2000年4月から水曜レギュラーとして正式に加入するようになった。

水曜レギュラー陣のリーダーで、『笑っていいとも!』のコンビとしての最年長レギュラーであり記録更新中だったが、2012年4月のレギュラー陣の変動で田中が月曜日に移動、レギュラー13年目にして初の分離出演となった。
ビートたけし

太田はビートたけしの影響を強く受けており、「たけしさんが出てきた時から、本音を言うことがいかに面白いかを知った」と『たけしの日本教育白書』（フジテレビ）で語っている。太田が「コメディ映画を撮りたい」とたけしに相談した際、「映画を作るなら初めに当てろ」「コメディ作るなら金をかけろ」と言われた[70]。たけしは、爆笑問題結成当初の頃にたまたまコントを見たことがあり、「こいつらは面白いと思った」「ネタの切り口がツービートと似ていた」と語っている。爆笑問題が『たけしの誰でもピカソ』（テレビ東京系）でたけしの前で、直接漫才を披露した際には、「好きだな。自分と感覚が似ている」と評した。

2016年2月12日に開催したタイタン主催のライブ「TITAN LIVE 20YEARS anniversary」にビートたけしがトリで出演し、落語『人情八百屋』を披露した[71]。同ライブには太田の誘いで桑田佳祐・原由子夫妻も客席で観覧しており、終演後桑田は「本当に素晴らしかったです。たけしさんが出てきたときには、神々しくて。枕から涙ぐみました」といったメールを太田に送っている[72]。

その一方で、たけしの弟子である浅草キッドとは仲が悪く、特に太田と水道橋博士は犬猿の仲として知られていた。原因としてデビュー2年目の時期に『ビートたけしのオールナイトニッポン』（ニッポン放送系）に代理出演した際に太田が本人曰く「たけしイズム」を出そうとして発した「ビートたけしは死にました」「ざまぁーみろ浅草キッド」[73]等のボケ発言や、この時の挑発に乗り水道橋博士が生放送中のスタジオに乱入したことが発端だという[73]。なお、東国原英夫はこのボケ発言を聞いて爆笑問題を絶賛している[74]。上記の通り、ハギワラマサヒト（当時キリングセンス）が肝硬変で入院していた際、病院で爆笑とキッドが鉢合わせ（この時期、キッドもハギワラの入院生活をサポートしていた）してしまい、ハギワラが寝ている病室で太田と博士が取っ組み合いの喧嘩を始め、病気で苦しんでいるはずのハギワラがギャグでその場を取りなそうとしたこともあった。その後、ハギワラの妻が一席を設けて、2人を一緒に酒を飲みに行き仲直りした[75]。ただしサブカルチャー系雑誌『Quick Japan』76号（太田出版）に収録された、フリーライターの吉田豪による「爆笑問題ロングインタビュー」によると、活動初期は別として、後の「抗争」はお笑い芸人的な予定調和を崩すための「ネタ」であり、実際は不仲ではないと語っている。

太田は玉袋筋太郎とはお互いの著書を交換してはラジオで評価しており、水道橋博士とは手紙で連絡を取っている[76]。
明石家さんま

明石家さんまは、爆笑問題が太田プロ所属の頃から高く評価しており、初共演した1990年ごろの『初詣!爆笑ヒットパレード』（フジテレビ系）で2人のネタを絶賛、「爆笑問題の時代になる」と確信していた（『さんまのまんま』（フジテレビ系）にて）。一方、2人も学生時代から『明石家さんまのオールナイトニッポン』ファンであったと話しており、『ビートたけしのオールナイトニッポン』と共に「木曜日が楽しみだった」と語っている。

さんま自身がめったに他人の番組のゲスト出演をしないため、『爆笑問題カーボーイ』にゲスト出演したことは異例とされていた。また2014年1月12日『爆笑問題の日曜サンデー』でも300回記念ゲストとして14年ぶりに共演した。さんまが爆笑問題と共演すると、必ずと言っていいほど「田中の身長」をネタにしたり、2人が独立して苦労した頃の話をしたりする。特に、独立して苦労した話に関しては、当時のさんまもかなり心配していた模様で、爆笑問題が再び売れ始めた1998年ごろには積極的に自らの番組に出演させるなど、一役買っている。また、『たけし・さんまの有名人の集まる店』（フジテレビ系）では、お笑いコンビとしては唯一ゲストとして出演をさせ、『明石家サンタの史上最大のクリスマスプレゼントショー』（フジテレビ系）では、初めてスタジオに直接出演させるなど優遇している。