家屋被害は建築基準法が改正された1981年以前に建築された古い木造家屋に集中しており、九州では台風対策のため重い瓦を使う住宅が多い点も被害を拡大させた[157]。一方で、震度7を2回観測した益城町では耐震基準がさらに強化された2000年以降に建てられたと見られる住宅の全壊もあった[158]。同法の耐震基準は、震度6強から7の揺れでも倒壊しない水準を求めているが、強い揺れに2度襲われることは想定されていなかった。また、被災地域における地震地域係数を三大都市圏などよりも低く設定されていたことで多少の被害を受けた建物もあった[注釈 7]。

被災後の建物の危険性を調べる応急危険度判定は5月1日までに当初予定分を終え、判定を行った46,966棟のうち13,113棟の建物が倒壊するおそれのある「危険」判定を受けた[159]。
熊本県

宇土市、八代市、益城町、大津町、人吉市の計5市町の本庁舎
損壊したり、余震で倒壊する恐れがあるため使用を中止して役場機能を移動させた[160]。宇土市では、市役所の庁舎が半壊[161]。八代市では、市役所の本庁舎に亀裂が入り倒壊する恐れが出てきたため、市の機能を千丁支所と鏡支所に移転した[162]。

熊本市内の市立幼稚園、小学校、中学校、高校
そのうち134棟、4月26日までに応急危険度判定で「危険」の判定を受けており、体育館や給食調理場が使えず影響が出ているところもある。また同日、熊本市内の小中学生で被災などを理由に市外に転校したと見られる人数が252人以上に上ることがわかった[163]。

熊本市立熊本市民病院（熊本市東区）
建物が傾き、倒壊の恐れがあるとして自衛隊などにより患者の移送がなされた[164]。また、御船町の希望ヶ丘病院でも倒壊の恐れが出ている他、益城病院や益城中央病院でも停電などが発生しており、患者を避難させるなどの対応を取っている[165]。

熊本城天守閣（熊本市立熊本博物館分館）（熊本市中央区）
大小天守の屋根瓦が崩落したうえ、大天守の棟上にあった瓦製の鯱（しゃちほこ）が落下した[166]。2016年11月4日、熊本市は天守（熊本城天守閣）内部を撮影した動画を公開した。天守入り口に位置する地下部分の石垣が崩落し、一部床の傾きや大天守の最上階に当たる6階の柱も一部破損している状態が確認された[167]。

農業用ダム・大切畑ダム（阿蘇郡西原村）
大量の漏水が確認され、800人に避難指示が出された[168]。

グランメッセ熊本（上益城郡益城町）
地震の影響で著しい破損を生じたこと、および観衆の安全確保上の理由などから新日本プロレスが4月29日に興行を予定していた『レスリング火の国2016』熊本大会の開催中止を決定[169]、7月9日に予定されていた将棋日本シリーズトーナメント1回戦（深浦康市九段×行方尚史八段）も中止が決定するなど[170]、同会場で開催予定のイベントが相次いで中止となっている。

藤崎台県営野球場（熊本市中央区）
バックスクリーンの壁の一部がはがれ落ちる被害があった[171]。その後の調査では内野観覧席の破損、外野グラウンドの隆起、照明灯の落下といった被害も明らかとなった[172]。なお、この影響で4月19日に藤崎台で行われる予定だったセントラル・リーグの公式戦・巨人VS中日戦が中止となった[173][174] が、同年10月に東京ドームで振り替えて行われた。

熊本競輪場（熊本市中央区水前寺）
同競輪場は特別観覧席にある配水管が損傷し床が水浸しになったほか、窓ガラスが全て破損したためバンク内にも破片が飛び散った。この影響で、同競輪場に於ける他場開催の場外車券発売を中止し[175] 施設を暫定的に4月29日まで閉場した[176]。すべてを復旧させるには数か月の期間を要することから5月に予定されていた開催は中止となる見込みとなった[177]。
大分県

オートポリス（日田市上津江町）
コースや建物の壁にヒビが入ったり、地盤沈下などの被害を受け5月31日までの施設閉鎖を決定した[178]。このため、5月21日・22日に開催予定だったSUPER GT第3戦[179]、6月11日・12日に開催予定だった全日本ロードレース選手権第4戦[180]、9月10日・11日に開催予定だった全日本スーパーフォーミュラ選手権第5戦[181] がいずれも中止になるなどレーススケジュールにも影響が出ている。
福岡県

アクシオン福岡メインアリーナ（福岡市博多区東平尾公園）
地震の影響で施設の一部破損が生じたことにより、日本プロバスケットボールリーグのライジング福岡は4月23日・24日にアクシオン福岡での開催が組まれていたバンビシャス奈良とのホームゲーム二連戦について会場を北九州市立総合体育館に変更して挙行した[182]。
文化財ジェーンズ邸（熊本市）。2016年4月19日現在の様子。4月14日に壁の一部が崩壊、16日に全壊した。

九州地方での文化財への被害は自治体指定のものを含め300件を超えた。5月10日時点で九州地方の国の指定文化財の被害は134件、そのうち熊本県内の被害は85件であった。熊本市内の県と市の指定文化財の被害は42件あった[183]。

日本イコモス国内委員会は2016年5月3日から同月6日の期間に日本建築学会、ワールド・モニュメント財団等と共同で18名の調査団を結成して派遣した。2016年5月12日「熊本地震で被災した文化財等の保存に向けた緊急アピール」を発表した[184]。熊本城（熊本市）。2016年4月18日現在の様子。西出丸の北側石垣と戌亥櫓の櫓台石垣の一部が崩れている。

熊本城（熊本市中央区。国の特別史跡）
石垣が少なくとも6か所で崩れ、国の重要文化財に指定されている長塀が100メートルにわたって倒壊した[185]。さらに16日の本震で、築城当初から残っていた国の重要文化財の東十八間櫓・北十八間櫓が石垣とともに倒壊・崩落し、隣の熊本大神宮の社務所を押し潰した[186][187]。詳細は「熊本城#熊本地震」を参照

熊本洋学校教師館ジェーンズ邸（熊本市中央区。熊本県の重要文化財）
14日の前震で壁が崩壊する被害があり16日の本震では建物が崩落した[188]。

阿蘇神社（熊本県阿蘇市。国の重要文化財）
国の重要文化財の楼門と拝殿が全壊した[189]。

永山城跡（大分県日田市。大分県の史跡）
大分県の史跡に指定されていた永山城跡の本丸石垣が崩落した[190]。
土砂災害

地震によって発生した土砂災害は国土交通省が8月15日までに確認したもので九州6県で190件に達しており、このうち熊本県が158件となっている[191]。