*2 熊本県の最大時、4月17日9時[130][131]
*3 #推計被害額

熊本地震 死者の内訳 [128][132][133]都道府県市町村直接死災害関連死豪雨災害による関連死計

熊本県熊本市479285
宇土市010212
宇城市012012
美里町0101
菊池市0404
合志市0707
大津町0404
菊陽町0606
阿蘇市020020
高森町0303
南阿蘇村1614030
西原村5308
御船町19010
嘉島町3205
益城町2022042
甲佐町0303
山都町0303
八代市1304
氷川町0303
上天草市0011
大分県由布市0303
計502115276

一連の地震で、倒壊した住宅の下敷きになったり土砂崩れに巻き込まれるなどして熊本県で合計50人の死亡（直接死）が確認されている[134][135]。このうち、14日の前震から本震前の15日までには益城町と熊本市で計9人の死亡が確認されていた[128]。熊本市によると同市内の病院には14日23時ごろ時点で、地震で重軽傷を負った70人以上が運ばれていた[136]。死者50人のうち、37人は家屋の倒壊、10人は土砂災害、1人は火災、1人は塀の下敷きになったことによる死者だった。家屋倒壊死37人のうち、7人は前震で、30人は本震で死亡している。また、土砂災害による死者10人はいずれも南阿蘇村で被災している[137][138][134]。なお負傷者は熊本県・大分県内だけでなく、佐賀県、福岡県、宮崎県でも発生した[139]。

益城町など布田川・日奈久断層帯に沿っておよび周辺の河川に沿って犠牲者が集中したことがわかり、熊本大学教授の渋谷秀敏によると、益城町などに直接死者が集中した原因として、震央に近いこと、活断層の摺動のうち地表部分での変動が大きかったこと、河川跡地や扇状地など地盤の弱い所では揺れが増幅しやすいことを原因としてあげている[140]（表層地盤増幅率）。
震災関連死

避難生活によるストレスや持病の悪化などで亡くなる震災関連死も相次いだ。2019年4月12日現在、この熊本地震による震災関連死と自治体に認定された人は218人に上っている[7]。内訳は、静脈血栓塞栓症（エコノミークラス症候群）などにより車中泊後に死亡した人が少なくとも33人、病院や高齢者施設が被災して転院・移動中に死亡した人が少なくとも27人、などとなっている[141]。熊本県だけでなく、大分県でも3人が震災関連死に認定されている。

衛生管理が悪い避難所もあり、また損傷でガスや水道が使えない一部の病院もあったといわれる[142]。地獄温泉の清風荘で51名、垂玉温泉で17名が道路寸断の影響で孤立しており、宿泊客は建物外に避難し炊き出しを受けている[143][144][リンク切れ]。阿蘇市の避難所で17日、77歳の女性が死亡したがストレス等による災害関連死とみられる[145]。

地震後に車中泊で避難生活を送る被災者も多かった。被災者が挙げた理由は、避難所では他人に気を使うこと、車だとすぐに逃げられること[注釈 6]、余震で避難施設が損壊する恐れがあること等[146]。益城町のグランメッセ熊本の駐車場では18日時点で、数千人が車中泊していた[146]。だが、避難所の外で車中泊していた50 - 60代の女性3人が静脈血栓塞栓症（エコノミークラス症候群）で意識不明の重体となり救急搬送され、他6人が同症候群と診断された[146]。18日、車中泊をしていた50代の女性1人がエコノミークラス症候群で死亡し[147]、5月15日までに同症候群に罹ったとみられるのは51人となった[148]。

その他にも、4月26日までに被災住家の屋根修理の際に転落し17人が重軽傷を負っており注意を呼びかけている[149]。
避難生活

16日未明の地震後、避難者は最多で18万3882人に上った[131]。19日12時現在、熊本県の避難者は計約11万6900人、大分県の避難者は812人となった[150]。

5月8日までに熊本市は公民館や公共センター施設など、空調や生活施設などが整備された拠点避難所を市内に延べ21か所開設し延べ3,600人を避難させる予定であった。避難所の環境改善と市立学校の授業再開に目処をつけるため、同日までに学校施設にある避難所を含め58か所を閉鎖し集約している。テント村も撤去され、避難所へと住民が入った。避難所では、布を使いプライバシーを守ろうとしている[151]。

最初の地震から7か月後の11月18日、最後まで残っていた西原村の避難所が閉鎖され、熊本地震による避難者はゼロとなった[152]。
推計被害額

2016年5月1日時点で官公庁からの推計被害総額の発表は無い。石原伸晃経済財政政策担当大臣は総額の分析は5月連休明け以降になるとしている[153]。以下は報道による。

項目推計被害額項目明細備考
社会基盤施設熊本県 1,700億円以上橋梁、道路、河川、公園等熊本県試算、速報値[154]
農林水産関係熊本県 1,022億円以上
大分県 5億円以上農地・農業用施設、林野、水産関係施設等熊本県試算、速報値[155][156]

建物・施設

消防庁の発表によると、2019年4月12日現在、住宅の全壊が8,667棟、半壊が34,719棟、一部破損が163,500棟、床上浸水が114棟、床下浸水が156棟、確認されている[7]。また公共建物の被害が467棟確認されている[7]。

家屋被害は建築基準法が改正された1981年以前に建築された古い木造家屋に集中しており、九州では台風対策のため重い瓦を使う住宅が多い点も被害を拡大させた[157]。一方で、震度7を2回観測した益城町では耐震基準がさらに強化された2000年以降に建てられたと見られる住宅の全壊もあった[158]。同法の耐震基準は、震度6強から7の揺れでも倒壊しない水準を求めているが、強い揺れに2度襲われることは想定されていなかった。また、被災地域における地震地域係数を三大都市圏などよりも低く設定されていたことで多少の被害を受けた建物もあった[注釈 7]。