4月14日21時26分、一連の地震で最初の地震（Mj6.5）が発生し益城町で震度7（計測震度6.6）を観測した[66]。震度5弱以上が観測された市町村は以下の通り[14]。熊本県の嘉島町では、地震直後に震度情報が未入電となり、震度5弱以上と推定されていた[67]。中部地方の一部から九州地方にかけての範囲で震度1から震度4を観測した[14]。
4月14日21時26分の地震で震度5弱以上が観測された気象庁の発表地点[62]震度都道府県観測点名[14]
7熊本県益城町宮園
6弱熊本県玉名市天水町・西原村小森・嘉島町上島・宇城市松橋町・宇城市不知火町・宇城市小川町・宇城市豊野町・熊本東区佐土原・熊本西区春日・熊本南区城南町・熊本南区富合町
5強熊本県玉名市横島町・菊池市旭志・宇土市浦田町・大津町大津・菊陽町久保田・御船町御船・熊本美里町永富・熊本美里町馬場・山都町下馬尾・氷川町島地・合志市竹迫・熊本中央区大江・熊本北区植木町
5弱熊本県熊本高森町高森・阿蘇市内牧・南阿蘇村吉田・南阿蘇村河陽・八代市平山新町・八代市松江城町・八代市千丁町・八代市鏡町・菊池市泗水町・長洲町長洲・大津町引水・甲佐町豊内・氷川町宮原・合志市御代志・和水町江田・上天草市大矢野町・上天草市松島町・天草市五和町
宮崎県椎葉村下福良
気象庁は地震検知から3.8秒後の21時26分42.5秒に緊急地震速報（警報）を熊本県・大分県・宮崎県・福岡県・佐賀県の全域、長崎県の南西部と北部と島原半島、鹿児島県の薩摩地方と大隅地方、山口県の西部と中部、愛媛県の南予地方[注釈 2]を対象として発表した[注釈 3][69]。
前震の最大加速度上位5地点[70][71]観測点名観測点コード最大加速度 Gal計測震度
1KiK-net益城KMMH1615806.4
2K-NET矢部KMM0096695.3
3K-NET熊本KMM0066045.9
4K-NET砥用KMM0114915.2
5KiK-net豊野KMMH143575.4
この14日の地震は、北北西 - 南南東方向に張力軸を持つ、この地方で一般的な[72]「右横ずれ断層」型であり、北北東 - 南南西方向に伸びる震源断層を持つと推定されている[73]。政府の地震調査委員会は、この地震および翌日のMj6.4の地震は、日奈久断層帯（約81 km）の北端部に当たる、高野 - 白旗区間（約16 km）の活動によるものとの見解を発表している[73][74][20]。地震調査委員会は地震前、同区間で将来M6.8程度の地震が発生すると推定し、発生確率は不明としていた[75]。防災科学技術研究所「K-NET熊本(KMM006)』に記録された、4月14日21時26分の地震の振動を15倍にピッチを早めた動画（動画4秒が実際の1分となる）。動画中の上3つの波形が東西、南北、上下方向毎の地震の震動、下が地震のスペクトル。 最初の地震から約2時間半後の4月15日0時3分に熊本県熊本地方を震央とするMj6.4（Mw6.0[4]）、最大震度6強の地震が発生している[43]。気象庁が発表したこの地震の震央
4月15日0時3分の地震
4月15日0時3分の地震で震度5弱以上が観測された気象庁の発表地点震度都道府県観測点名[76]
6強熊本県益城町宮園・宇城市豊野町
6弱熊本県宇城市松橋町・宇城市小川町・氷川町島地・熊本南区城南町
5強熊本県八代市千丁町・八代市鏡町・宇土市浦田町・西原村小森・御船町御船・嘉島町上島・熊本美里町永富・熊本美里町馬場・宇城市不知火町・氷川町宮原・熊本西区春日・熊本南区富合町
5弱熊本県八代市平山新町・八代市松江城町・玉名市天水町・甲佐町豊内・山都町下馬尾・熊本東区佐土原
本震国土地理院による本震・前震の震源断層モデルと地震調査委員会による布田川・日奈久断層帯の位置図
最初の地震から約28時間後の4月16日午前1時25分5.4秒にMj7.3（Mw7.0[4]）、最大震度7の地震が発生した[15]。気象庁が発表したこの地震の震央は、4月14日に発生したMj6.5の地震の震央より西北西に約4.5 kmずれている。この地震の最大震度は当初、震度6強とされていたが、気象庁に送信されていなかった熊本県益城町と熊本県西原村の震度計のデータを同庁の現地調査で解析した結果、震度7を観測していたことが判明し、4月20日に公表された（計測震度は益城町で6.7[注釈 4]・西原村で6.6）[77][78]。
地震発生直後の1時27分、有明海と八代海の沿岸に津波注意報が発表されたが[79]、内陸地震であったたため津波は観測されず[80]、約1時間後の2時14分に全て解除された[81][82]。津波がなかったにもかかわらず気象庁が津波注意報を発表した理由は、地震による地殻変動が海域にも及ぶ可能性があると（当初は）判断されたためである[80]。
気象庁は地震検知から3.9秒後の1時25分14.0秒に緊急地震速報（警報）を熊本県の全域、大分県の南部と西部、福岡県の筑後地方、佐賀県の南部、長崎県の南西部と島原半島、鹿児島県の薩摩地方、宮崎県の北部山沿いを対象として発表し、さらに4.7秒後（地震検知から8.6秒後）には福岡県の北九州地方と福岡地方と筑豊地方、佐賀県の北部、長崎県の北部と壱岐と五島、大分県の北部と中部、宮崎県の北部平野部と南部、鹿児島県の大隅地方と甑島、山口県の全域、広島県の南西部、島根県の東部、愛媛県の南予地方と中予地方、高知県の西部を対象に続報を発表した[注釈 3][83]。
