2017年4月28日には九州道が全線4車線での復旧が完了し、通行規制を解除した[216][217]。 16日未明の本震により南阿蘇村にある阿蘇大橋（国道325号）が地盤のずれで崩落し、土砂崩れで国道57号も寸断されたほか俵山トンネル（俵山バイパス）も崩落した[218]。一般道路では前述の国道57号など、熊本市と阿蘇山方面を直結する主要国道や俵山バイパス[219] が寸断（2016年12月24日仮復旧[220]2019年9月14日全面復旧
一般道路
2017年8月27日に不通となっていた南阿蘇村の阿蘇長陽大橋ルート（村道栃の木立野線、約3キロ）が1年4か月ぶりに開通した[225][226]。
熊本県内一般道路の2016年4月14日から2017年3月18日現在の状況
以下は、熊本県が公開した熊本県内の災害に伴う道路情報に基づいた[227]。 高速道路・一般道に多大な被害が出たため、高速バス・特急バス路線については熊本・大分と各地方を結ぶ路線だけでなく、大分道や九州道を経由する多くの路線に運休が相次いだ。多くの路線が1 - 2週間で暫定ダイヤで運行再開したものの、未だ減便や迂回ルート経由（一部バス停通過）の路線が多く再開の目途が立っていない路線（快速たかもり号）もある。熊本県内の路線バスでは現在も産交バス、熊本バス、熊本都市バスで一部路線・区間の運休が続いている。 福岡 - 熊本間の「ひのくに号」は、4月21日から全便を益城熊本空港IC経由とした暫定ダイヤ（通常1日100往復以上ところを14往復）で運行を再開した[234]。25日からは28往復に増便し、6時 - 19時の間は30分間隔になる[235]。5月1日からは63往復に増便された[236]。 福岡 - 大分間の「とよのくに号」は4月19日午後から運行を再開[237]、福岡 - 宮崎間の「フェニックス号」は4月22日から大分道・東九州道経由で運行を再開した[238]。ただし、本数は28往復から10往復に減便となった[239]。28日からは九州道経由に戻り[240]、5月9日には通常ダイヤに復旧する予定である[241]。
国道445号 御船町滝尾から御船町下鶴の区間
2016年4月14日、落石 4/14 23:00 全面通行止め。
2016年12月1日、片側通行に。
2018年3月30日、御船町滝尾から七滝までの通行止め解除。[228]
国道445号 御船町下鶴から御船町七滝の区間
2016年4月14日、落石 4/14 23:00 全面通行止め。2017年3月18日現在継続中。
2018年3月30日、御船町滝尾から七滝までの通行止め解除。[228]
国道445号 御船町滝尾から御船町滝尾の区間
2016年5月5日、落石の恐れがあったため事前に片側通行に。2017年3月18日現在継続中。
2018年3月30日、御船町滝尾から七滝までの通行止め解除。[228]
国道325号 阿蘇大橋（南阿蘇村）
2016年4月16日、崩落 4/16 5:30 全面通行止 全面通行止め。2017年3月18日現在継続中。
新橋は崩落現場から約600 m下流側に架け替え[229]、2021年3月7日に開通[230]。
国道325号 南阿蘇橋（南阿蘇村）
2016年4月16日、段差が生じたため全面通行止 全面通行止め。2017年3月18日現在継続中。
国道442号 南小国町瀬の本
2016年4月16日、路肩崩壊のため、片側通行。2017年3月18日現在継続中。
県道313号 松橋インター線一ツ橋側道橋（宇城市松橋町古保山）
2016年4月15日、歩道全面通行止め。2017年3月18日現在継続中。
県道28号 熊本高森線 益城町小谷から西原村の境の区間
2016年4月14日、全面通行止め。2017年3月18日現在継続中。
県道28号 熊本高森線 益城町木山交差点から益城町馬水橋の区間
2016年4月27日、片側通行。2017年3月18日現在継続中。
県道219号 横野矢部線 山都町瀬峯から山都町囲の区間
2016年4月14日、全面通行止め。
2016年5月5日、片側通行に。
県道153号 清和砥用線 山都町菅から山都町堂面の区間
2016年4月14日、落石のため事前に交通規制開始。
2016年4月25日、全面通行止め。
2016年5月5日、片側通行に。
県道153号 清和砥用線 山都町小峰
2016年4月15日、落石のため全面通行止め。
2016年5月14日、片側通行に。
県道38号 宇土甲佐線 乙女橋（甲佐町津志田）
2016年4月15日、橋梁に段差ができたため全面通行止め。
2016年6月10日、4トンを超える車両については通行止めを継続。
県道220号 三本松甲佐線 甲佐町坂谷の区間
2016年4月15日、落石のため全面通行止め。
2016年10月7日、規制範囲を縮小。
県道220号 三本松甲佐線 甲佐町井戸江の区間
2016年4月16日、法面崩壊のため全面通行止め。
2016年10月31日、片側通行に。
県道57号 益城矢部線 御船町田代（山都町境）から御船町玉来の区間
2016年4月15日、道路崩落のため全面通行止め。
2016年5月2日、規制区間を縮小。
県道239号 御船甲佐線 田口橋（甲佐町田口）
2016年4月15日、橋梁に段差ができたため全面通行止め。2017年3月18日現在継続中
2019年8月13日、全面開通。[231]
県道32号 小川嘉島線 縦貫道跨道橋（甲佐町府領）
2016年4月16日、落橋のため全面通行止め。2017年3月18日現在継続中
2019年3月13日、開通。[232]
県道235号 益城菊陽線 益城町惣領の区間
2016年5月19日、家屋倒壊の恐れがあるため、歩道を全面通行止め。2017年3月18日現在継続中
県道45号 阿蘇公園菊池線 菊池市原
2016年4月16日、法面崩壊のため全面通行止め。
2016年12月28日、片側通行に。
県道23号菊池赤水線 大津町真木の区間
2016年4月16日、路面陥没のため全面通行止め。
2016年5月2日、4トンを超える車両については通行止めを継続。
県道207号瀬田竜田線 立野
2016年4月21日、路肩崩壊のため全面通行止め。
2016年8月14日、片側通行に。
県道11号 別府一の宮線 阿蘇市三野
2016年4月16日、土砂崩れのため全面通行止め。
2016年12月28日、片側通行および4トンを超える車両については通行止めを継続。
県道111 阿蘇吉田線 阿蘇山頂広場から南阿蘇村吉田の区間
2016年4月16日、崩落のため全面通行止め。
2016年12月21日、規制区間を変更。
県道111 阿蘇吉田線 阿蘇市黒川から阿蘇山頂広場の区間
2016年4月16日、崩落のため全面通行止め。
2016年12月21日、7時から19時まで片側通行可に。
県道298号 阿蘇公園下野線 熊本阿蘇カントリークラブ付近 （南阿蘇村河陽）
2016年4月16日、崩土により全面通行止め。
2016年5月23日、みつばち牧場付近は片側通行可に。
県道149号河陰阿蘇線 大正橋（阿蘇市的石）
2016年4月16日、橋梁に段差が生じたため全面通行止め。2017年3月18日現在継続中
県道175号 内牧停車場線 阿蘇市甲賀
2016年4月16日、道路陥没により全面通行止め。
2016年4月23日、片側通行に。
県道149号 河陰阿蘇線 南阿蘇村下野から草千里浜栃木線（県道299号。南阿蘇村）の区間。
2016年4月17日、崩落のため全面通行止め。
2016年8月31日、一部区間幅員狭小および4トンを超える車両については通行止めを継続。
県道149号 河陰阿蘇線 草千里浜栃木線（南阿蘇村）から南阿蘇村河陽
2016年4月17日、崩落のため全面通行止め。
2016年8月31日、規制区間を縮小。
県道338号 八代不知火線 横江大橋（八代市鏡町北新地）
2016年4月16日、橋台沈下のため全面通行止め。2017年3月18日現在継続中
2019年2月2日、通行再開。[233]
バス