元々は火星開拓のために機械化した人間たちであり、完全なロボットではなく、厳密にはサイボーグである。ただしその思考は総じてほぼ機械的なものであり、ほとんどの場合コロスらによって思考制御されており、万丈たちの言葉を借りれば人間のエゴが増大した存在とされる。
人間を殺すことを何とも思わない反面、生殖能力が無いため改造素体確保の必要性から大規模な殺戮は控え[注釈 4]、自分たちの種の存続を目的とした大量拉致をしばしば行う。また第9話などによると恋愛は禁じられており、それを取り締まるための風紀委員が存在している。
万丈との戦いで作戦失敗が続いたのみならず、次第に人材が枯渇し、終盤では風紀委員（35話）落ちこぼれ（36話）コマンダー候補生（38話）まで戦線に投入された。 メガノイドの実行部隊戦闘指揮官。人類全てをメガノイドにするための作戦を実行しようとメガノイド兵士であるソルジャーたちを引き連れ、万丈たちと対決。 作戦の重要性や実績などで与えられるソルジャーの数が決められ、ソルジャーも成果を上げればコマンダーに昇格出来る。なお、基本的に男性コマンダーには男ソルジャー、女性コマンダーには女ソルジャーが与えられる。 最後にはマクロマシンと呼ばれる装置によって巨大化し、メガボーグとなってダイターン3と戦う。マクロマシンはデスバトルに搭載されている物と腕時計型の物がある。ただし格上のコマンダー「側近」はメガボーグにはならず、専用巨大メカを操縦する。また、当初は巨大化すると元の姿に戻れなかったが、腕時計型の開発に伴う技術で元の姿へ戻ることが可能となった。そのため物語後半ではマクロ細胞の機構を何らかの形で破壊あるいは無効化することで前の姿へ戻る者が何名か存在する。 コマンダーたちの各々の性格は野心家や忠義者まで千差万別である。特に女性コマンダーには、命令を下すコロスに不快な態度を示す描写が多く見られる。 また、コマンダーに該当しないが、メガボーグ化するメガノイドもここに記す。
ドン・ザウサー
声 - 山内雅人メガノイドの首領。機械的な顔と、透明パーツから見える脳みそが特徴。劇中、メガノイドになる前の人物像や、なぜ彼がメガノイドの指導者なのか、破嵐創造とどのような関係にあったのかなどは語られない。呻き声や吐息しか発しなかったが、実は物語の当初から昏睡状態であった。最終決戦にて万丈のマシンガンで蜂の巣になったコロスの断末魔の声を受けて目覚め、万丈の前に現れ、その後マクロマシンで巨大化してダイターン3と戦う。彼を称える言葉は「オーラ、ドン・ザウサー」で、命令の復唱の際にも使われる。
コロス
声 - 信沢三恵子、井上瑤（ソノシート） / 松井菜桜子（スーパーロボット大戦シリーズ）謎の美女。ドン・ザウサーを「ドン」、周囲に他者が居ない時は「あなた」と呼んで愛し、その意思を実行に移す。メガノイド陣営の事実上の指揮官。昏睡状態にあるドン・ザウサーの意思を感じ取れる唯一の人物だが、それが本当なのかどうかは誰にも判らない。ただし、最終回で全てがコロスの独断であるかのようなセリフがある。格闘では簾型の武器を使い、ビーム剣のように直立、赤熱化させて切りかかったり、南京玉簾のように伸ばして相手を絡め取ったりして自ら万丈と戦う。各コマンダーにドン・ザウサーからの命令を伝えるが、命令代行の位置づけのためか、配下のコマンダーにはコロスへの反感を持つ者が多く、人望があるとは言い難い。富野監督のお気に入りの女性キャラクターで、当時はコロスにメロメロ状態であった。
コマンダー
コマンダー・サンドレイク
声 - 木原正二郎第1話に登場。美女コンテストを開き、参加した美女たち（声 - つるたきみこ、高木早苗、野崎貴美子）を拉致してメガノイドにしようと目論んだ。
コマンダー・ネロス
声 - 田中崇第2話に登場。反重力装置の実験の指揮を執る。
コマンダー・ベンメル
声 - 加藤精三第3話に登場。最新の航空機や船舶などをミニチュア化してコレクションしていた。その横暴さから、部下ガスマンの謀反を招く。
コマンダー・デスサンダー
声 - 大宮悌二第4話に登場。太陽エネルギーを創り出し、人間牧場を創ろうと企む。ただし当初人口10万人からの大工業都市・デリアを蒸発させる大規模テロも引き起こしている。
コマンダー・ブランドル
声 - 飯塚昭三第5話に登場。デスバトル・グレンベレンを使い、バリアーで村を閉じこめ、村人たちを改造しようとする。
コマンダー・ダストン
声 - 伊武雅之第7話に登場。テレポートマシンで都市を火星に移動させようとする。