航路標識として海上保安庁から正式に承認されている最古の灯台は兵庫県西宮市にある今津灯台で、1858年に再建されたものである。

日本最初の洋式灯台は1869年（明治2年）2月11日に点灯した観音埼灯台で、着工した1868年（明治元年）11月1日が灯台記念日となっている。また、現存最古の洋式灯台は旧品川燈台（1870年点灯、品川区から犬山市の博物館明治村に移築、重要文化財）、現地に建つ最古の洋式灯台は旧堺燈台（1877年点灯、大阪府堺市堺区、国の史跡）である。"Category:条約灯台"の全ての座標を示した地図 - OSM
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日本の開国は1854年であるが、日本近海は暗礁も多い上、光達距離の短い灯明台や常夜灯の設置のみで航路標識の体系的な整備が行われていなかった。そのため諸外国から「ダークシー」と呼ばれて恐れられていた。

1866年5月にアメリカ、イギリス、フランス、オランダの4ヶ国と結んだ改税約書（租税条約、江戸条約）で8ヶ所、1867年4月にイギリスと結んだ大坂約定（大坂条約）で5ヶ所の灯台を整備することが定められた（これら13の灯台を「条約灯台」とも呼ぶ）。明治維新による政権交代のため着工が1年遅れたが、順次建設された。これらの設計・建設には、お雇い外国人であるリチャード・ヘンリー・ブラントンやレオンス・ヴェルニーなどが携わり、日本人技師の藤倉見達や石橋絢彦などが技術を学んだ。

その後、海運の発展とともに航路標識の整備も進み、第二次世界大戦直前期には400基を数えるようになったが、依然として諸外国の水準とは隔たりがあり、「ダークシー」と呼ばれる状況は続いた。昭和初期になっても伊豆諸島の式根島では私設灯明台が建てられている。だが、太平洋戦争中は灯火管制とカモフラージュで本来の役目は果たしにくかった。戦後の高度経済成長期に飛躍的に増加し、2004年4月1日時点で全航路標識総数は5,600基、うち灯台だけで3,348基となっている[9]。その後はレーダーや全地球測位システム（GPS）の活用で廃止される灯台も相次ぎ、2020年度末には3125基へ減った[10]。

燈台事務の所管に関しては、例えば横浜の灯台においては、外国事務官の所掌となったのが1868年1月。工部省や逓信省の燈台局などを経て、海上保安庁燈台局（現在の海上保安庁交通部）の所管となったのは戦後の1948年5月であるという[11]。灯台に滞在する職員の環境は過酷で飲料水などを天水に頼る場所も存在した。このため1954年（昭和29年）に日本各地で核実験由来の放射性物質を含む降雨があった際には、灯台関係者に放射線障害が出る事例も生じた[12]。

2006年（平成18年）11月12日、日本で最後の職員滞在灯台であった女島灯台（長崎県五島市）が自動化され、全ての灯台が無人化された。