ポートアイランドの各所と三宮と神戸空港とを結ぶ神戸新交通ポートアイランド線（通称：ポートライナー）の駅のうち2つが港島南町にある。

港島南町の主な施設として、一丁目には中央緑地、神戸バイオテクノロジー研究・人材育成センター／神戸大学インキュベーションセンター（BTセンター）、神戸バイオメディカル創造センター（BMA）、神戸キメックセンタービル、神戸新交通医療センター駅が、二丁目には神戸市立医療センター中央市民病院、先端医療センター、再生・発生科学総合研究センターが、五丁目には国際ビジネスセンターが、六丁目には神戸健康産業開発センター、分子イメージング科学研究センター、神戸ハイブリッドビジネスセンターが、七丁目には神戸新交通計算科学センター駅、スーパーコンピュータ「富岳」（独立行政法人理化学研究所計算科学研究機構）、甲南大学ポートアイランドキャンパス、兵庫県立大学神戸ポートアイランドキャンパス、神戸大学統合研究拠点、神戸どうぶつ王国（旧・神戸花鳥園）がある[6][7][5]。
歴史神戸花鳥園。入園者数低迷によって運営会社の「花鳥園」は約14億円の負債を抱えていた。平成26年（2014年）4月に福崎町の動物施設運営会社「アニマルエスコートサービス」のグループ会社、「どうぶつ王国」へと経営権が移譲され、現在は「神戸どうぶつ王国」という名前で運営されている。[8]「京」コンピュータの筐体（ラック）の一つ。4つのCPUを搭載した「システムボード」24枚と、1つのCPUを備える6枚の「IOシステムボード」などが組み込まれており、これが864台集まって一つのスーパーコンピュータを構成する。[9]

港島南町は、昭和61年（1986年）から始まったポートアイランドの南側を埋め立てる第2期工事で作られた埋立地に新たに起立された町名である[10]。この町名に含まれている「港島」とは、町のある人工島の「ポートアイランド（Port Island）」という英語で付けられた名前の直訳である[10]。

「神戸医療産業都市構想」のもと、北東部は製造工場用地、北西部は業務施設用地として、南部は研究・文化施設用地として企業の誘致・開発が進められている。平成15年（2003年）に甲南大学・先端生命工学研究所が開設[11]。平成24年（2012年）にはスーパーコンピュータの「京」が七丁目に完成した[12]。スーパーコンピュータ「京」の設置に合わせて、その隣接地には平成23年（2011年）に兵庫県立大学神戸ポートアイランドキャンパス[13][14]と神戸大学統合研究拠点[15]が開設されている。「京」は2019年8月30日に運用を終了し、設置されていた理化学研究所計算科学研究機構内には、2021年3月9日から「京」の100倍の性能を持つ富岳の運用が開始された[16][17]。

三宮とポートアイランドを結ぶ新交通システム・ポートライナー（神戸新交通ポートアイランド線）は平成18年（2006年）2月、神戸空港の開港と対応して神戸空港駅まで延伸され[18]、その延伸区間の途中にあたる港島南町には先端医療センター前駅とポートアイランド南駅の2駅が設けられた。

平成23年（2011年）7月には神戸市立医療センター中央市民病院が港島中町から当町の二丁目へと移転し[19][20]、これに伴って先端医療センター前駅は「医療センター駅」、ポートアイランド南駅は「京コンピュータ前駅」と改称され[20][21][22][23]、2021年6月19日に「計算科学センター駅」に改称された[24]。