当駅の特徴は、山手線に沿った南北の細い谷の底を中心として、駅が形成されている点である[29]。当駅以外の首都圏の駅のほとんどでは、地上を走る郊外路線はJRに並行してホームを構えているが(品川駅、新宿駅、池袋駅、日暮里駅、横浜駅、大宮駅、北千住駅など)、当駅は前述した地形構造から、接続する各路線が安定した地形で路線敷設および当駅の接続を行うことが困難であり、多くの路線がJRと立体交差するように接続している。例を挙げれば、東京メトロ銀座線は当駅の地上3階を発車して地下にもぐり、京王井の頭線と地下化前の東急東横線は都心部を走る路線でありながら次の駅にトンネルが存在する。廃止された東急玉川線は路面電車でありながら山手線の高架線と同じ高さに渋谷駅を構えていた。