『記紀』の日本列島の国産みの神話では、淡路島は伊弉諾尊（いざなぎのみこと）・伊弉冉尊（いざなみのみこと）が日本列島中、最初に創造した島である。『古事記』では淡道之穂之狭別島（あはぢのほのさわけのしま、あわじのほのさわけのしま）と記される[16]。
『先代旧事本紀』「国造本紀」には、仁徳天皇の御代に淡道国造が設置されたとの記述があり、『日本書紀』では淡路洲と記される。海人族とされる阿曇浜子によって水軍が形成され、初期の天皇家との繋がりは深いらしく、淡路宮や淡路からの皇后の記載も見られる。また反正天皇は淡路島で生まれたとされる。
古代から平安時代まで御食国（みけつくに）として皇室・朝廷に贄（にえ）を貢いだとされる。『延喜式』によると、淡路国は旬料・節料として「雑魚」を贄として納めることが記載されている。 江戸時代になり徳川家康は大坂の陣で貢献した蜂須賀氏に従来の阿波国に加えて淡路国を加増した。その際、蜂須賀家の家祖蜂須賀正勝(子六)と義兄弟の契りを結び蜂須賀家の家臣となっていた稲田植元、その子の稲田示植、そして孫の稲田植次の活躍が特に大きかったため、徳川家康の命により稲田氏が淡路一国を支配する城代に代々任じられることになった。 ただし蜂須賀家にとって稲田氏はあくまで一家臣に過ぎず、しかし稲田氏では代を重ねるごとに徐々に蜂須賀家からの独立意識が芽生え、次第に軋轢が生じるようになる。明治維新では、佐幕であった蜂須賀家に対し、稲田氏は倒幕・新政府側に立って活動した。それにもかかわらず家臣は士族ではなく卒族とされた（陪臣とみなされた）ために、稲田氏側は淡路を阿波藩から分藩独立することを画策した。その動きに対し庚午事変（稲田騒動）で蜂須賀家側が一方的に稲田氏側を殺傷したことより確執は決定的なものとなった。それが遠因となり、1868年に初代兵庫県知事となっていた伊藤博文が大きな領域を望んだこともあり、1876年に淡路は阿波と分かれて兵庫県に編入されることになった。以来、兵庫五国の一角として発展している。
近世
年表
1871年12月26日 - 名東県が成立（阿波国・讃岐国・淡路国）
1876年8月21日 - 兵庫県に編入
1940年2月11日 - 洲本町の市制施行により洲本市が成立
1970年9月16日 - 台風25号
1995年1月17日 - 淡路島北部（明石海峡付近）を震源とする兵庫県南部地震（阪神・淡路大震災）が発生。震度7の激震を観測した島の北部を中心に甚大な被害を受けた。この地震によって野島断層という地震断層が出現した。