1879年、アルベルト・ナイサーが発見してゴノコックス(Gonococcus)と命名したが、1885年にヴィルヘルム・ツォプフにより、ナイサーにちなみ命名された。
特徴淋菌の蛍光染色写真

淋菌の大きさは0.6μm?1.0μｍで線毛のある型と線毛のない型に分けられる。線毛は電子顕微鏡で確認できるが、光学顕微鏡では確認できないほど極細の構造である。生きている淋菌は、この線毛を活発に動かし粘膜上皮に付着、粘膜下に浸入するものと思われる。患者から採取した淋菌を血液寒天培地で培養すると、この線毛は消失する。病原性にはこの線毛が重要な鍵を握っていると考えられる。
疫学

淋菌は人とチンパンジーだけに感染する。白人は蒙古人よりも淋菌に対して感受性が高く、B血液型と関係するといわれている。

近年、性交の多様化により淋菌の抗生剤耐性菌が増え、新しい抗生剤や抗菌剤に対しても短期間に耐性を獲得する。

無害のほとんどのナイセリア菌は口腔内・咽頭内で常在菌として存在している。これらナイセリア菌は、宿主の人が気管支炎や風邪などの感染症に罹患する毎に、医師から処方される抗生剤の被曝チャンスを頻回に受ける。その結果、様々な抗生剤に対して耐性を獲得する。オーラルセックスで浸入した淋菌は、親戚である口腔内のナイセリア菌と遺伝子組み換え（交差現象）を行い、容易に抗生剤耐性を獲得すると考えられる。2010年時点ではニューキノロン系合成抗菌薬のオフロキサシン、シプロフロキサシン、レボフロキサシン等に対して高度耐性を獲得している。また、2011年にはセフトリアキソンなどのセフェム系抗生物質の耐性獲得株（H041株）の存在が報告されている[3]。

クラミジアとの重複感染も稀ではない。
ゲノム

N. gonorrhoeae菌株のゲノムは塩基配列が決定されている。例として、多剤耐性がある菌株NCCP11945は、一つの環状染色体(2,232,025 bp、予測ORF 2,662箇所)と一つのプラスチド(4,153 bp、予測ORF 12箇所)によって構成される。ゲノム全体において予測されるコーディング領域の密度は87%。平均GC含量は52.4%であり、菌株FA1090と似た値である。NCCP11945のゲノムには、54コピーのtRNAと、4コピーの16S-23S-5S rRNAオペロンがコードされている。[4]

2011年、N. gonorrhoeaeゲノム中に、ヒトDNA断片とみられる痕跡が発見された。これは、ヒトから細菌性病原体へ遺伝子の水平伝播が生じたことを示す初の例である。[5][6]
脚注[脚注の使い方]^ 笠松容子、西島麻衣子、後藤晋、「ニューキノロン抵抗性淋菌による角結膜炎の1例」あたらしい眼科 = Journal of the eye 20(5), 665-668, 2003-05-30, .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}NAID 10017016819
^ a b ⇒2002年第22週号 感染症の話-淋菌感染症国立感染症研究所 感染症情報センター
^ セフトリアキソン高度耐性淋菌日経メディカル オンライン 記事：2011.10.24 閲覧：2011.10.25
^ Chung, G. T.; Yoo, J. S.; Oh, H. B.; Lee, Y. S.; Cha, S. H.; Kim, S. J.; Yoo, C. K. (2008). “Complete genome sequence of Neisseria gonorrhoeae NCCP11945”. Journal of Bacteriology 190 (17): 6035-6. doi:10.1128/JB.00566-08. PMC 2519540. PMID 18586945. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2519540/. 
^ Anderson, Mark T.; Seifert, H. Steven (2014). “Neisseria gonorrhoeae and humans perform an evolutionary LINE dance”. Mobile Genetic Elements 1 (1): 85?87. doi:10.4161/mge.1.1.15868. PMC 3190277. PMID 22016852. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3190277/. 非専門家向けの内容要旨 – ScienceDaily (February 14, 2011). 
^ Anderson, M. T.; Seifert, H. S. (2011). “Opportunity and Means: Horizontal Gene Transfer from the Human Host to a Bacterial Pathogen”. MBio 2 (1): e00005?11. doi:10.1128/mBio.00005-11. PMC 3042738. PMID 21325040. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3042738/. 

参考文献

安田満、「総論(2) 尿路・性器感染症における耐性菌の現状」 臨床泌尿器科 64巻 5号, 2010/4/20, p.289-295, doi:10.11477/mf.1413102028