素材を使うことでタマシイたちの経験値アップ（強化合成）や、進化をすることができる。しかし、進化後のタマシイの経験値はLv. 1からとなる。なお、タマシイは、同じ、若しくはその進化前のタマシイを合成することでスキルレベルがアップし、スキルが発動するまでの回数を減少させることができる。さらに、限定ガチャで出現した☆6以上の一部のタマシイ[注釈 5]では、スキルレベルアップのほかに "限界突破" によって最大 Lv. 120 まで成長させることができるものが存在し攻撃力や回復力などが、格段に向上する。
アビリティ覚醒

一部のタマシイが持つ特殊能力[注釈 6]の効果を発揮させることができるほか、リーダースキルやスキルなどの変化、更にはレイドボスを"育成"することができる。
変異

一部のタマシイに副属性[注釈 7]スキルが付きリーダースキルやスキルが変化するが[注釈 8]、進化と同様にLv. 1からとなる。
カルマ

研究者が、タマシイの″想い″のエネルギーを抽出し、精製したもの。フクザワで引けるレアガチャ及び期間限定ガチャで得られるタマシイを売却した際に、タマシイに応じたカルマが手に入る[注釈 9]。また、カルマは「カルマショップ」にて、タマシイの強化合成素材などと交換できる。
アーティファクト

タマシイとは別に、チームに加えられ発動条件を満たせば、各々の効果が発揮される[注釈 10]。ただし、これをチームに加えるためには、リーダーとするタマシイに「アーティファクト枠追加」のアビリティを覚醒させなければならない。
フクザワと課金

フクザワにより、ステージでのコンティニュー、およびレア度の高いタマシイを引くことのできる（期間）限定ガチャを引くことができる。フクザワは、クエストクリアの報酬やログインボーナス、デイリーオーダーなどの他に、課金をしても得られる。タマシイの属性や系統、ストーリの進行に配慮し、上手くプレイすることでフクザワの消費を抑えることもできる。
転生・降臨クエスト

このクエストは、様々なクエストが日にち毎に開催され、難易度は1段階から3段階、或いは5段階まで分かれていることもある。また、クリア報酬として強化合成・進化やアビリティ覚醒に必要なアイテム（素材）のほか、ボスタマシイが手に入る[注釈 11]。
特別クエスト

このクエストでは、（ストーリークエスト、転生・降臨クエスト、レイドを除く）下記ランキングイベントやコラボイベントのほか、デイリーイベントなどが行われ強化合成・進化に必要な素材を手に入れられる。
ランキングイベント

ここでは、他のクエストとは異なり、一部を除いて敵キャラが獲得（ドロップ）できない[注釈 12]代わりにスコアを上げることでその分に見合った報酬が得られる（フクザワや素材など）。ただし、一度コンティニューをしてしまうと、コンティニューはできるが、スコアは加点されない。
プライベートランキング

2020年6月23日のアップデートより、追加されたゲームシステム。ここでは、プレイヤーが主催者となって過去に開催されたランキングイベントを開催できる。開催されたランキングイベントには、他のプレイヤーも参加できるが、通常のランキングとは異なり、スコア報酬などが獲得できない。
コラボイベント

『消滅都市』では、他作品とコラボしたクエストやガチャが開催された。

コラボ一覧コラボ作品実施期間回数
NARUTO -ナルト- 疾風伝2014年11月25日 ~ 12月9日第１回
アングリーバード2014年12月25日 ~ 2015年1月7日　ー
jubeat plus2015年2月12日 ~ 2月23日　ー
ミリオンアーサー エクスタシス2015年3月20日 ~ 4月3日第１回
にゃんこ大戦争2015年4月24日 ~ 5月10日第１回
ハローキティ2015年5月21日 ~ 6月3日　ー
FF ARTNIKS DIVE2015年6月4日 ~ 6月21日　ー
進撃の巨人2015年6月23日 ~ 7月7日　ー
NARUTO -ナルト- 疾風伝2015年7月28日 ~ 8月11日第２回
ハッカドール2015年8月12日 ~ 8月16日　ー
BLEACH2015年8月20日 ~ 9月3日　ー
ふなっしー2015年9月11日 ~ 9月27日第１回
ミリオンアーサー エクスタシス2015年11月17日 ~ 12月2日第２回
indigo la End & ゲスの極み乙女。2015年11月20日 ~ 12月9日第１回
STEINS;GATE2015年12月10日 ~ 12月27日　ー
indigo la End & ゲスの極み乙女。2015年12月23日 ~ 2016年1月17日第２回
ルパン三世2016年1月22日 ~ 2月7日第１回
初音ミク2016年2月10日 ~ 2月24日第１回
ルパン三世2016年3月18日 ~ 3月24日第２回
攻殻機動隊 S.A.C.2016年3月25日 ~ 4月10日　ー
ふなっしー2016年4月14日 ~ 4月20日第２回
にゃんこ大戦争2016年5月20日 ~ 6月5日第２回
FAIRY TAIL2016年6月17日 ~ 6月30日　ー
NARUTO-ナルト-2016年7月25日 ~ 8月11日第３回
少年ジャンプ＋2016年7月27日 ~ 8月9日　ー
初音ミク2016年8月26日 ~ 9月11日第２回
ゴジラ対エヴァンゲリオン2016年9月14日 ~ 9月25日　ー
メルクストーリア2016年10月21日 ~ 11月4日　ー
グルーヴコースター2016年11月7日 ~ 11月23日　ー
”酸欠少女”さユり2016年11月25日 ~ 12月9日　ー
とある魔術の禁書目録2016年12月16日 ~ 12月29日第１回
初音ミク2017年2月6日 ~ 2月21日第３回
ミリオンアーサー エクスタシス2017年3月24日 ~ 4月9日第３回
にゃんこ大戦争2017年5月29日 ~ 6月12日第３回
とある魔術の禁書目録2017年6月23日 ~ 7月7日第２回
初音ミク2017年8月25日 ~ 9月10日第４回
鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST2017年12月15日 ~ 2018年1月4日第１回
ヨシツグ都市[注釈 13]2018年1月10日 ~ 1月22日　ー
るろうに剣心2018年2月23日 ~ 3月9日　ー
にゃんこ大戦争2018年5月28日 ~ 6月11日第４回
名探偵コナン2018年8月17日 ~ 9月3日　ー
鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST2018年11月26日 ~ 12月10日第２回
にゃんこ大戦争2019年5月29日 ~ 6月12日第５回
PSYCHO-PASS サイコパス2019年10月9日 ~ 10月25日　ー
にゃんこ大戦争2020年6月1日 ~ 6月15日第６回
魔界戦記ディスガイア2021年3月18日 ~ 4月5日　ー
にゃんこ大戦争2021年5月17日 ~ 5月31日第７回

マルチプレイ

『消滅都市2』の配信に伴い、追加されたゲームシステム。最大3人で協力プレイができる便利なシステムである。ただし、難易度が高いクエストの場合はそれ相応のパーティメンバーやプレイスキル、そしてクエストに対する知識が求められる。また、誰かが敗れた場合でも他のプレイヤーが1人でも勝利できれば報酬を貰うことが出来る。
レイド

新メインストーリー「天上の世界」の配信に伴い、追加されたゲームシステム。ここでは、制限時間内に強力なレイドボスを最大10名[注釈 14]で挑む。ランキング同様、レイドボスに勝利した際の参加プレイヤーのスコアの順位が高い程、受け取れる報酬[注釈 15]も増える[注釈 16]。しかし、レイドボスを出現させるためのタロットカードは一度使うと、翌朝11時まで無効化されてしまう。また、一度レイドボスを出現させると、ゲーム内での制限時間とは別に「出現時間」が設けられており、それが０になると強制終了となる。
フレンド

上記すべてのクエストにおいて進めるうえで必要となる「助っ人」を提供し、マルチプレイ・レイドに参加・協力してくれるプレイヤー。その募集方法として代表的なものは、各クエストクリア後にフレンド申請すること[注釈 17]。
あらすじ
1度目の消滅

3年前、1つの都市が消滅する事件が発生した。とある人物の依頼を受けた運び屋の青年、タクヤは、消滅都市で唯一生き残った少女、ユキと出会い、彼女をロストまで連れていくという。突如現れたタクヤに連れられ、戸惑うユキは彼と共に、ロストを目指す。
失われし世界

ロスト・ゼロでの戦いを終え、ユキを一人残して荒廃した世界 (失われし世界)[注釈 18]で目覚めたタクヤ。そこには、ユキによく似た赤髪の少女と共に、″球根″ を目指す。
2度目の消滅

″氷柱″がそびえ立つ歪んだ世界。そこではユキが、記憶を失くしたタクヤの記憶を取り戻すために ″氷柱″ を目指す。
天上の世界

ユキたちとの死闘の末、不思議な世界 ("天上の世界") に辿り着き、目覚めたソウマ。そこで ″愚者″ のタロットカードを持つ少女、カノと共に ″消滅都市″ へと旅をする。夢に囚われたユキとタクヤを救うために…。
消滅都市 -epilogue-