海軍省の財産は大蔵省国有財産局（現・財務省理財局）に一括整理された。海軍省の資料の一部は、防衛省防衛研究所・厚生労働省社会・援護局援護・業務課に引き継がれている。「防衛研究所#内部組織」および「日本の軍事史#太平洋戦争」も参照

建物は東京都千代田区霞が関にあった。ジョサイア・コンドルの設計[2]により1894年に完成。海軍に功労のあった西郷従道、川村純義、仁礼景範の銅像も建てられた[3]。終戦後は徐々に解体され、1985年に完全に撤去された。現在は中央合同庁舎第5号館（厚生労働省、環境省など）が建っており、同館の北東角に海軍省・軍令部の碑がある。
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