1996年（平成8年）に制定された「公益法人の設立許可及び指導監督基準」（いわゆる「指導監督基準」；9月20日閣議決定）においては以下が例示された。

目的公益法人は、積極的に不特定多数の者の利益の実現を目的とするものでなければならず、次のようなものは、公益法人として適当でない。
同窓会、同好会など構成員相互の親睦、連絡、意見交換等を主たる目的とするもの

特定団体・職域の者のみの福利厚生等を主たる目的とするもの

後援会など特定個人の精神的、経済的支援を目的とするもの
? .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}「公益法人の設立許可及び指導監督基準」及び 「公益法人に対する検査等の委託等に関する基準」について (PDF) (Report). 総務省. 20 September 1996.

ただし、その運用指針（12月19日公益法人等の指導監督等に関する関係閣僚会議幹事会申合せ）では「公益性の一応の定義として『不特定多数の者の利益』としているが、これは厳密に不特定かつ多数の者の利益でなくてはならないとの意味ではなく、受益対象者が当該公益法人の構成員等特定の者に限定されている事業を主目的とするものは、公益法人としては不適当という意味である。」としており、主務官庁職員など、特定団体・職域の者のみの福利厚生を従たる目的とすることは禁止していないため、各種弘済会などでは「?の振興」「?の普及」などを目的の第一に掲げ、「?職員の福祉」を第二に掲げるところが多い。
旧法の公益法人の推移

総務省が年度ごとに『公益法人白書』およびインターネットで公表した国所管公益法人と都道府県所管公益法人の数の一覧表[10]。なお、2008年（平成20年）12月1日以降新制度となり、総務省の年次報告は12回で終了した[11]。その年度の10月1日時点の数

年度国所管都道府県所管
1996年（平成8年）6,81519,366
1997年（平成9年）6,84319,526
1998年（平成10年）6,86919,606
1999年（平成11年）6,87919,570
2000年（平成12年）7,15419,284
2001年（平成13年）7,14319,217
2002年（平成14年）7,08619,132
2003年（平成15年）7,00918,987
2004年（平成16年）[12]6,89418,803
2005年（平成17年）[13]6,84118,577
2006年（平成18年）[14]6,77618,253
2007年（平成19年）[11]6,72018,056

行政と公益法人

公益法人の中には旧民法制度の時代から、国や地方自治体の行政と関わってきた法人がある。
行政委託型公益法人

行政委託型公益法人は、行政機関である府省や都道府県が行うべき事務的手続きに類する業務を委託や推薦に基づき代行機関として行使する業務的な性格としての公益法人であり、法的な種類としては旧民法下の社団法人、財団法人、現法制下の公益社団法人または公益財団法人のいずれかである[15][16][17]。法令や省令によって行政機関や独立行政法人などへ行政の権限が付与され、さらに公益法人へ権限と必要な事業や業務が再委託される。「権限付与型公益法人」と呼ばれることもある。

業務には各種の国家資格や公的資格の試験とその後の認定証の発行、資格を持つ管理者への講習の実施、法令や条例に基づく検査・検定の実施など様々ある[18]。委託された事業や業務の遂行に必要な資金や予算は委託する側の行政機関や独立行政法人から交付される。なお、国所管の公益法人からさらに第三者と言える外部組織へ再委託される際に渡される事業行使のための資金や予算である公費は「第三者分配型補助金等」と呼ばれる[19]。

公益法人制度が始まって以来おおくの公益法人が委託を受け代行機関として機能している。2000年（平成12年）以降は公益法人制度改革を経て[20]、2007年（平成19年）10月の時点で国から委託型とされる法人数は410、都道府県からの委託型は1,342法人あるとされる[16]。2008年（平成20年）12月1日時点の国から委託型とされる法人数は414であった[21]。

2012年（平成24年）6月1日、野田佳彦内閣総理大臣を本部長とする政府の行政改革実行本部は行政機関である各省庁と独立行政法人から補助金や業務委託金などの事業費の支出約1兆円弱を毎年度内閣官房が点検・公表するとした[22][23]。