法人番号の指定は2015年（平成27年）10月5日、通知は同年10月22日から始まった[25]。2016年（平成28年）1月以降、国税・地方税関係の申告書、源泉徴収票、調書などで法人番号の使用が始まった。2018年（平成30年）1月からは、日本国内で営業する金融機関には、法人名義の預金口座・貯金口座と法人番号との紐付け管理が義務づけられた（国税通則法第74条の13の2）。
法人番号は、個人番号とは異なり、利用目的の制限はない（民間企業が自社の情報システムで「取引先コード」などとして利用しても構わない）。国税庁の「法人番号公表サイト
」では、法人番号、名称（商号）、住所から法人番号が検索でき、公表されているデータの一括ダウンロードもできる。法人番号の導入後、金融機関に法人名義の口座を開こうとする際などに、法人番号を証明する書類の提出が求められるようになった。
個人番号の場合、個人番号カード（マイナンバーカード）や個人番号入りの「住民票の写し」を提示することにより、番号を容易に証明することができる。これに対し、法人番号については、番号を記録したカードは発行されず[26]、商業登記・法人登記の登記事項証明書や登記事項要約書に番号は記載されない（登記事項証明書・要約書に記載される番号は会社法人等番号である）。
この点に関し、国税庁は、法人番号を証明する用途には、以下のいずれかの文書を使用するように案内している[26]。
国税庁が法人番号を指定したときに郵送した「法人番号指定通知書」
「法人番号公表サイト
国税庁は、「法人番号指定通知書」は、原則、再発行しないと表明している[27]。会社の商号（法人の名称）・会社の本店（法人の主たる事務所）所在地が変更になった場合であっても、法人番号は変わらないので、「法人番号指定通知書」は再発行されない。この場合、「通知書」記載の商号（名称）・所在地と、現在の商号（名称）・所在地とが齟齬することになる。
権利能力なき社団・権利能力なき財団で、「法人番号公表サイト」による法人番号の公表に同意しなかった団体の場合、法人番号を証明する手段は、「法人番号指定通知書」が唯一となる。国税庁は、「法人番号指定通知書」を紛失した場合、本庁の「法人番号管理室」まで連絡するように案内している[27]。
出典[脚注の使い方]^ 浪川攻 (2013年9月29日). “法人版マイナンバー導入で何が変わるのか”. 東洋経済オンライン. 東洋経済新報社. 2018年10月13日閲覧。
^ “登記情報など一括入手 企業版マイナンバー活用、手数料下げ”. 日本経済新聞電子版. 日本経済新聞社 (2015年9月27日). 2018年10月13日閲覧。
^ “法人番号はどのような団体に指定されますか。”. 国税庁法人番号公表サイト. 国税庁. 2018年10月13日閲覧。
^ 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律施行令第36条
^ “国税庁長官に届け出ることによって法人番号の指定を受けることができる「一定の要件に該当するもの」とは、具体的にどのような場合をいいますか。”. 国税庁法人番号公表サイト. 国税庁. 2018年10月13日閲覧。
^ “「人格のない社団等」とは、具体的にどのような団体のことをいいますか。”. 国税庁法人番号公表サイト. 国税庁. 2018年10月13日閲覧。
^ “当法人は、支店や事業所ごとに管轄の税務署へ給与支払事務所開設届出書を提出しているため、給与支払事務所が本店とは異なります。そういった場合は、支店や事業所ごとに法人番号が指定されるのでしょうか。”. 国税庁法人番号公表サイト. 国税庁. 2018年10月13日閲覧。
^ “当部署は、市の機関ではありますが、特別会計で事業を行っていることから、市とは会計が異なります。このような場合、法人番号は個別に指定されるのでしょうか。