以下に示す組合は、法人番号の指定を受けることができない[6]。

民法上の組合

匿名組合

有限責任事業組合

投資事業有限責任組合

法人番号は1法人・団体につき1個であり、事業所別、部局別の番号を取得することはできないのが原則である[7][8][9]。

しかしながら、全国の税理士会は、税理士会自体の法人番号のほか、支部ごとの法人番号を取得している（東京税理士会の場合、東京税理士会自体は 6011005000656、麹町支部は 2700150001262、神田支部は 6700150003437などとなっている）。このほかにも、法人自体に指定された番号のほかに、支部独自の番号を取得した団体は、少数ながら存在する。
指定件数

法人番号は、2019年（平成31年）3月末日時点で、約480万件指定されており、うち約98%（約470万件）を、設立登記法人（会社、一般社団法人、一般財団法人など）が占めた[10]。法人番号の指定を受けた国家機関は850弱、地方公共団体は約7,400であった[10]。
番号の指定・通知・公表

法人番号を指定する権限は、国税庁長官にある。実際の業務は、国税庁本庁の法人番号管理室（長官官房企画課法人番号管理室）が担当している[11]（同室は、本庁の組織ではあるが、千代田区霞が関の財務省庁舎内にはなく、文京区湯島の湯島地方合同庁舎内にある）。各地の国税局・税務署には委任されていない。

登記所に法人の設立登記を申請した場合、法人側で国税庁・税務署に対して何の手続をしなくても、国税庁は設立登記の完了から原則2日後に法人番号の通知書（法人番号指定通知書）を発送する[12]。これは法律に基づいて国税庁が登記所（法務省）から情報提供を受けているからである[13]。

設立登記に基づく指定でない場合、国税庁は「法人番号の指定に関するお尋ね」に対する回答または「法人番号の指定を受けるための届出書」の内容に基づいて審査し、法人番号指定通知書を発送する。

法人番号指定通知書は、国税庁長官の官印は省略されているが、マイクロ文字などの偽造防止措置が施されている[14]。

指定した法人番号を変更する手続は法令に規定されていない。ひとたび指定された法人番号は、法人の名称（会社の商号）の変更、法人の主たる事務所（会社の本店）の移転、法人の組織変更（合同会社から株式会社への変更など）などを経ても変わらない。法人格が同一である限り同じ法人番号を使用し続けるのが原則である。

ただし、単独市制の際は、法人番号が変更される（2018年（平成30年）10月までに3例。岩手県岩手郡滝沢村→滝沢市、宮城県黒川郡富谷町→富谷市、福岡県筑紫郡那珂川町→那珂川市）。また、農業協同組合法等の一部を改正する等の法律（平成27年法律第63号）附則の規定により、2016年（平成28年）4月1日に全国農業会議所と都道府県農業会議が一般社団法人に組織変更した際には、組織変更後の法人に対して別の法人番号が指定された。

法人・団体の解散後に同じ数字が別の法人・団体の法人番号に使い回されることはない。

国税庁長官は、法人番号を指定したときは、指定を受けた法人、団体などに番号を通知するとともに、「法人番号公表サイト」で法人番号、名称（商号）、住所（本店の所在地）（基本3情報）を公表する[15]。設立登記法人はこの公表を拒否することができないが、非登記法人（健康保険組合、厚生年金基金、国民年金基金、企業年金基金、土地改良区、認可地縁団体など）や権利能力なき社団、権利能力なき財団は、「法人番号等の公表同意書」を提出しないことにより公表を拒否することができる[16]。
数字の意味

会社法人等番号・法人番号・適格請求書発行事業者の登録番号の比較（番号は日本税理士会連合会[17][18]のもの） 番号の右からn桁目
1413121110987654321
会社法人等番号010705000725
法人番号7010705000725
登録番号T7010705000725

法人番号は13桁の数字からなる。左端の数字が「0」になることはなく、必ず13桁である。個人番号（マイナンバー）や商業登記・法人登記の会社法人等番号は12桁であるから、桁数でこれらから区別することができる。

13桁の間にハイフンのような桁区切りを置く決まりはない[19]。国税庁・税務署が用意する申告書などの用紙では法人番号の記入枠が1桁、4桁、4桁、4桁に区切られている。

左側の1桁は検査用数字（チェックディジット）であり、それ以外の12桁から計算される1?9のいずれかの数字である。計算方法は公開されている[20]。検査用数字が合っているかどうかの検証により1桁の入力誤りは検出可能である。ただし、1桁の入力誤りのうち、0と9との取り違えは検出できない[21]。

左側の1桁を除いた12桁は、日本で設立の登記をした法人の場合、商業登記・法人登記の会社法人等番号12桁に一致する[22]。それ以外の機関・法人・団体に対しては、会社法人等番号と区別できるように12桁の数字が決められる[23]。会社法人等番号の左端1桁は0?5のいずれかであり、左側2桁が00になることはないため、国の機関と地方公共団体に00で始まる12桁を割り当て、その他の法人・団体に7で始まる12桁を割り当てる。

消費税法に基づく適格請求書発行事業者の登録番号は、法人の場合、法人番号13桁の左端に「T」を付加した14桁となる[24]。

法人番号の体系法人番号の指定対象法人番号の右からn桁目
13121110987654321
国会の機関[表注 1]検査用数字0000116桁
国の行政機関[表注 2]・検察審査会000012
裁判所[表注 3]000013
地方公共団体（団体コードあり[表注 4]）000020団体コード6桁
地方公共団体（団体コードなし[表注 5]）0000306桁
設立登記のある法人会社法人等番号12桁
予備611桁
設立登記のない法人[表注 6]・人格なき社団・人格なき財団70018桁
予備[表注 7]811桁
予備911桁

表注^ 衆議院、参議院、裁判官弾劾裁判所、裁判官訴追委員会、国立国会図書館の5機関
^ 内閣官房、人事院、内閣法制局、内閣府、省庁、外局である委員会、検察庁、会計検査院など
^ 最高裁判所、高等裁判所、知的財産高等裁判所、地方裁判所、家庭裁判所、簡易裁判所
^ 都道府県、市町村、特別区、一部事務組合、広域連合、地方開発事業団。