本作の構想は1991年から存在しており、スコセッシの「念願の企画」といわれていた[8]。企画は2009年から具体化し、ダニエル・デイ＝ルイス、ベニチオ・デル・トロ、ガエル・ガルシア・ベルナルが出演の交渉に上った[9]。しかし企画は一時棚上げされ、その間にスコセッシは『シャッター アイランド』と『ヒューゴの不思議な発明』を製作した。2010年、『ウルフマン』の宣伝の際にデル・トロは「我々がやろうとしていた映画『沈黙』は先延ばしになっているが、私はとても楽しみにしている」と述べていた[10]。

2011年12月、スコセッシは『沈黙』が次回作になると述べた。デイ＝ルイス、デル・トロ、ベルナルが出演するか否かについては明言しなかった[11]。しかし2012年3月、スコセッシはかつて棚上げになっていた『ウルフ・オブ・ウォールストリート』の製作に着手した[12]。2012年5月にはチェッキ・ゴーリ・ピクチャーズのCEOが『沈黙』が同社の製作予定作品の筆頭だと語った[13]。

2012年12月、チェッキ・ゴーリ・ピクチャーズは本作に関わる同社との契約を反故にしたとしてスコセッシを提訴した。同社によれば、スコセッシは1990年に『クンドゥン』の製作完了後『沈黙』を製作することに同意したが、『ディパーテッド』、『シャッター アイランド』、『ヒューゴの不思議な発明』を監督するために、2004年と2011年に本作の製作を延期する代わりに「相当量の補償とその他の有益な援助」を支払う契約を交わしたとされた。これらの額は「映画1本あたり100万?150万ドル、プラス最大20%のスコセッシのバックエンド補償」といわれた。訴状の主な争点は、スコセッシが『ヒューゴの不思議な発明』に関する違約金の支払いを怠り、また『沈黙』に先立って『ウルフ・オブ・ウォールストリート』を製作したのは契約違反だという主張だった。スコセッシの代理人は「これらの主張は、昨年双方の合意で明示された条件と完全に矛盾し、食い違い、相反するものだ」と述べた。スコセッシはまた訴訟を「マスコミを使った売名行為」「無益な行動」と一蹴した[14]。

2013年4月、『沈黙』の撮影が2014年7月から台湾で開始されると発表された[8]。