2010年6月1日、歌手の木村カエラと結婚することを、それぞれの公式サイトで報告した。当時カエラは妊娠5か月。同年夏の「吉日」に婚姻届を提出し結婚。9月1日、正式に結婚したことを告げ、10月28日、長男の誕生も公表した。二人は2006年の映画『嫌われ松子の一生』で共演しているが、カエラ扮する人気シンガーの出演するビデオを瑛太扮する青年が街頭スクリーンで見上げるような趣向だったため直接の関わりは無かった。出会いは2009年で、その年の暮れに結婚を決意したという。2013年5月15日に第二子の女児を授かったことをブログで報告。
人物

幼少期に両親が離婚しており、瑛太は父親に引き取られて育った[10]。

鹿児島県にゆかりがある。2018年、薩摩が舞台の大河ドラマ『西郷どん』に出演し大久保利通を演じた。瑛太は「父方の祖父母が鹿児島でいまも元気に暮らしているので、お話をいただいたときは、永山家の人間としての運命なんだと思った」とコメントしている[11]。

好きな芸人はビートたけし、笑福亭鶴瓶、爆笑問題など。また、爆笑問題については太田光著の『トリックスターから空へ』を推薦図書として紹介したことがある。弟の永山絢斗が田中裕二とドラマ『恋愛ニート?忘れた恋のはじめ方』で共演した際にDVDをプレゼントされた時も、「兄が特に喜ぶ」と嬉しがってくれた旨を田中が語っている。

小学生の頃からサッカーが好きであり、中学時代には都大会で優秀選手賞を受賞し、スポーツ推薦で高校へ入学した[12]。一方で、格闘技も好きであったことから、中学時代からは極真空手も並行して習っていた[13]。高校時代もサッカーや極真空手などのスポーツや格闘技に打ち込み身体を動かすことが好きだったが、サッカー中に太股を深く挫傷したり、足関節の捻挫が増えたことで練習に出られず精神的に落ち込むことが増え、そんな中で映画をよく見るようになり、そういった映画を見ている時間に救われた経験から役者になりたいと考えるようになった[14]。その後は、まずしっかり高校を卒業しようと前向きに考えられるようになり、部活を辞めバイト漬けですっぽかしていた学校の授業にもちゃんと出席するようになった結果、自分の生活も自然と改善されていったとインタビューの中で述べている[14][10][15]。

一方で、現在もサッカーが大好きであり、未だに友人や子供と休日はサッカーをしたり、自分の好きなサッカーチームを応援したり、試合を観戦したりしている[16]。また、極真空手といった格闘技の経験もドラマ『ラッキーセブン』や映画『リングサイド・ストーリー』といった作品内のアクションシーンや格闘シーンにおける役作り、長期的な肉体作りに役立っており、映画内で対立する相手役であった武尊選手からは「身体能力が素晴らしい」「特に蹴りがメチャクチャに重い。本当にK-1やってみません？」とその身体能力を絶賛されている[17][18]。

金曜ドラマ『リコカツ』(TBS系)では「筋骨隆々な自衛隊員」という役柄を作り上げるためにクランクインよりずっと前からプロテインを常飲し始め、習慣的な筋肉トレーニングによる肉体改造を行なった。また、クランクアップまでの撮影期間中もその肉体を維持するためにトレーニングを繰り返し、撮影中は常に全身筋肉痛であったが、共演者やモニターを見ている撮影スタッフが自身のコミカルな演技について新鮮な反応を返してくれていたおかげでモチベーションを高く維持したまま最後まで演技に集中することができたと振り返っている[19]。

役者はさまざまな人の立場や人生を想像し極限まで成り代わる職業という認識がデビュー当初から現在に至るまで一貫してあるため、依頼してもらう役の種類に強いこだわりを持たないと昔から決めており、この作品に自分の芝居が必要だと本気で求めてくれるのであればそれに応えられるように自分のできることを全てその現場に置いてくるという向き合い方で常に芝居に臨めるようにしている[8]。

家族旅行で行って特に良かった場所を聞かれた際には箱根の名前を挙げており、その旅行以降、子供からは「箱根に行きたいね」とたまに具体的な地名で言われるようになったという。温泉や室内プールや美術館があり、食べ物も美味しいためおすすめだが、複雑な山道を車で通る時に子供たちが少し酔っていたので、車で行く際には少し注意が必要かもしれないと話している[20]。

オセロ好きで知られており、テレビ番組でもたびたび腕前を披露している[21]。

井浦新を役者として尊敬しており、友人としてもとても大切な存在だと話している[22]。

東宝怪獣のヘドラの大ファンであることを公言している（詳細はヘドラ#人気・影響を参照）。

マガジンハウスの『GINZA』において「永山瑛太写真」という「瑛太が尊敬している役者や格闘家、写真家、ミュージシャンをゲストに呼んで雑談をしながら写真を撮らせてもらう」というコンセプトの連載ページを持ち[23]、役者の広瀬すずからは2022年版オフィシャルカレンダーのカメラマン兼プランナーに指名されたことがある[24]。