既に天象台(後の東京天文台)で天文観測、気象観測を行っており、水路局の分掌規程に追加するように再三上申していた結果だった[19]。また、この分離は後の全国海岸測量12か年計画を強力に実施する含みもあった[19]。この「水路局各課掌務心得」で水路局の業務は次の4つとなった[19]。
河海ヲ測量シテ海図ヲ調製シ水路誌ヲ編集スル事

水路ニ関スル事件ヲ報告スル事

海軍部内供用ノ測器海図及水路ニ関スル書誌ヲ管理スル事

観象台ヲ管轄シ其事務ヲ施行スル事

1884年(明治17年)3月15日、水路局附属が廃止された[20]。
海軍水路部

1885年(明治18年)12月に政府は太政官制度から内閣制度に移行した[21]。それに伴い「水路局」は海軍省の独立庁となったために、1886年(明治19年)1月から「海軍水路部」と呼称した[22]。正式には同年4月22日の海軍水路部官制(勅令第26号)により、武官組織の「海軍水路部」となった[22]。『海軍制度沿革 巻二』の「水路部ノ沿革」によると同年4月26日に「水路局」は廃止され、「海軍水路部」が設置とされる[4][23]。業務は「海軍水路部ハ水路測量・海図調製・水路誌編纂・気象観測及図誌測器ノ配備其他航海ノホアンニ関スル事項ヲ掌ル」とされた[22]。これまでの6課が廃止され、測量科、図誌科、測器科の3科と計算課が設置された[5][22]。従来の庶務課の仕事は計算課が行い、観象課は観象台に戻り、観象台長が置かれた[22]。
水路部

1888年（明治21年）6月26日、「水路部条例」が定められ、「海軍水路部」が廃止され「水路部」を設置、部長は海軍参謀本部長に隷属となった[23][4]。1889年（明治22年）3月22日、部長は海軍参謀部長の隷属となる[23][4]。1893年（明治26年）5月19日、海軍軍令部長の隷属となる[23][4]。同年5月20日、計算課を会計課と改称[5]。1897年（明治30年）3月30日、「測器科」を廃止[5]。同年4月12日、海軍大臣に隷属となり[23][4]、再び海軍省の機関に復帰した。

1900年（明治33年）5月24日、測器科を設置[5]。1913年（大正2年）4月1日、測器科を廃止[5]。1920年(大正9年)9月30日、これまでの課(科)を廃止し、第1課(図誌)、第2課(測量)、第3課(海図)、第4課(航海年表)、会計課を設置し、副官を置く[5]。

1920年（大正9年）「水路部令」(大正9年10月1日勅令第444号)が制定され、水路部の所掌事項が次のように定められた。

水路の測量

兵要海象の観測

水路図誌、航空図誌の調整準備、保管・供給

航海、航空保安に関する事項

1922年（大正11年）7月20日、第5課（気象）を設置[5]。

1938年（昭和13年）4月1日、副官を廃止し、総務課を設置。

1939年（昭和14年）5月1日、上海航路部を設置[5]。

1940年（昭和15年）12月15日、上海航路部を上海海軍航路部と改称[5]。

1941年（昭和16年）5月15日、これまでの課を廃止し、総務部、会計部、第1部第1課（図誌）、同第2課（製鈑印刷）、第2部第3課（水路測量）、同第4課（天文観測）、同第5課（海象観測）、第3部第6課（気象観測）、同第7課（気象調査研究）、修技所（教育）を設置[5]。

1943年（昭和18年）3月1日、南方海軍航路部をスラバヤに設置[5]。