気象庁の組織は基本的に、法律の国土交通省設置法、政令の国土交通省組織令および省令の気象庁組織規則が階層的に規定している。
幹部

気象庁長官（法律第45条）

気象庁次長（政令第225条）

気象防災監（政令第226条）

気象防災監は、長官を助け、重大な災害の予防に係る気象業務に関する事務を整理するとされ、次長と同じ、指定職3号俸の待遇である[15]。設置目的は、専門的知見から官邸や関係府省の幹部等とハイレベルな調整を実施することで、災害時における政府全体の意思決定の迅速化を図るとともに、防災対策に係る省庁横断的な課題に的確に対応するため[16]。
内部部局

総務部（政令第227条）

参事官（省令第1条）

総務課（省令第2条）

広報室

業務評価室

施設物品管理室


人事課

厚生管理室


企画課

防災企画室（省令第28条）

地域防災企画室

技術開発推進室

国際室

航空気象管理室

危機管理企画調整官

海外気象プロジェクト推進官


経理管理官

国際・航空気象管理官


情報基盤部

情報政策課（省令第8条）

情報技術推進室（省令第29条）

情報通信システム企画官

情報セキュリティ対策企画官


情報利用推進課

気象ビジネス支援企画室（省令第30条）

民間予報業務監理官


数値予報課

数値予報モデル基盤技術開発室（省令第31条）[注釈 1]

数値予報モデル技術開発室

地球システムモデル技術開発室

数値予報技術開発連携調整官

データ同化技術開発推進官


情報通信基盤課

システム運用室（省令第32条）

データネットワーク管理室

国際通信調整官


気象衛星課

予測モデルの開発を担当する部門を集約し予測精度向上に向けた技術開発体制を構築するとともに、気象情報・データの流通・利活用を行う[16]。

衛星整備計画官（省令第33条）

衛星運用事業管理官


大気海洋部

業務課（省令第14条）

気象技術開発室（省令第34条）

気象情報企画官

気象観測ビッグデータ連携調整官

観測船運用管理官


気象リスク対策課

気候変動対策推進室（省令第35条）

アジア太平洋気象防災センター

地域気象防災推進官

広域避難支援気象防災推進官

沿岸防災情報調整官

台風防災情報調整官


予報課

航空予報室（省令第36条）

気象監視・警報センター

主任予報官

航空予報技術開発推進官


観測整備計画課

観測技術調整官（省令第37条）

遠隔観測技術管理調整官


気候情報課

異常気象情報センター（省令第38条）

気候情報調整官


環境・海洋気象課

台風や大雨、大雪、猛暑、高潮といった気象リスクへの対応に資するよう、短期的な台風や大雨等に関する防災気象情報から、長期的な季節予報や気候変動の予測、さらには、高潮や海面上昇などの海洋に関する情報まで、一体的に提供を行う[16]。従来の「予報部」はこの改編により廃止された。

海洋気象情報室（省令第39条）

全球大気監視調整官


地震火山部

管理課（省令第21条）

地震情報企画官（省令第40条）

火山対策官


地震津波監視課

地震津波防災推進室（省令第41条）

地震津波監視・警報センター

国際地震津波情報調整官


火山監視課

火山防災推進室（省令第42条）

火山監視・警報センター

火山機動観測管理官

火山活動評価解析官

国際火山灰情報調整官


地震火山技術・調査課