党主席は党員の直接選挙で選任され、任期2年、1回のみ再任が可能。自ら辞任しない限り、総統が党首を兼任するという党内ルールが存在する[42]。中央評議委員会は党の全国代表大会で選出された11人の委員から構成され、党務を監督する。党中央部の下に国際事務部（中国事務部は2007年8月1日付けで国際事務部に吸収合併）、組織普及部、文化宣伝部、社会発展部、扶助発展部、青年発展部、族群事務部の8個の部と、財務委員会、政策委員会の2個の委員会と、世論調査センターと“台湾民主学校”を設置している。民進党は海外支部や地方支部などの下部組織を設立している。

党員数は2006年の54万4515人をピークに漸減傾向にあり、2009年現在45万8551人[43]。
歴代の党主席

代姓名肖像在任期間在任中の出来事備考
就任退任
1江鵬堅1986年11月28日1987年11月10日1987年7月、戒厳令解除。美麗島事件弁護人。民進党結成メンバー。
2姚嘉文1987年11月10日1988年10月30日美麗島事件で逮捕（1987年釈放）。陳水扁政権下で考試院院長。
3
4黄信介1988年10月30日1991年10月13日1989年12月、総統直選を求める大型デモ敢行。1990年6月「民主大憲章草案」発表。1991年8月「台湾憲法草案」を決定。雑誌「美麗島」創刊者。美麗島事件で逮捕（1987年釈放）。
5許信良1991年10月13日1993年12月4日1991年10月「国民投票方式による台湾共和国建設」を綱領に挿入。1992年4月、総統直選を求める座り込みデモ。桃園県長、雑誌「美麗島」社長。1979年米国亡命、1989年帰国。1999年離党。2000年総統選挙総統候補（無所属）。
6施明徳1994年5月1日1996年3月27日1995年12月、「大和解」を前提に新党と対話、「ともに中国の脅威に対応する」など合意達成。1996年総統選挙で彭明敏・謝長廷ペアが立候補するも、国民党の李登輝・連戦ペアに惨敗。1962年反乱罪で逮捕（15年服役）。美麗島事件で逮捕（10年服役）。2000年離党。陳水扁総統辞任要求運動（百萬人民倒扁運動）の総召集人。
7許信良1996年6月15日1998年7月18日1996年10月、原発建設反対座り込みデモ。前記。
8林義雄1998年7月18日2000年4月20日1999年5月「台湾の前途に関する決議文」採択。2000年総統選挙で党公認の陳水扁・呂秀蓮ペアが勝利。弁護士。台湾省議会議員。美麗島事件で逮捕（1984年釈放）。2006年離党。
9謝長廷2000年4月20日2000年5月20日2000年10月、張俊雄が民進党初の行政院長（首相）就任。2001年8月「民進党台日友好協会」発足。京都大学法学修士。美麗島事件弁護人、民進党結成メンバー。高雄市長、行政院長。1996年総統選挙副総統候補。2008年総統選挙総統候補。2008年総統選挙で謝長廷・蘇貞昌ペアが、国民党の馬英九・蕭万長に敗れる。2016年台北駐日経済文化代表処駐日代表。
10
11陳水扁2000年5月20日2004年12月11日2001年12月の立法委員選挙で初の第一党に躍進。2003年4月、日華議員懇談会との台日政党シンポジウムを挙行。2004年2月、中国のミサイル配備に反対する「人間の鎖」デモ。2004年総統選挙で陳水扁・呂秀蓮ペアが再選。2004年9月「エスニシティ決議文」採択。美麗島事件弁護人、民進党結成メンバー。台北市長を経て、民進党初の総統。機密費流用罪等で起訴（上告中）。
11蘇貞昌2005年1月15日2005年12月3日
11游錫?2006年1月15日2007年9月21日
11陳水扁2007年10月15日2008年1月12日（同上）
12
13蔡英文2008年5月20日2012年2月29日2009年5月反対中国のECFA、2009年12月、2010年11月地方選挙。李登輝政権で行政院大陸委員会委員、陳水扁政権で行政院大陸委員会主任委員。2004年入党。行政院副院長。2012年総統選挙で蔡英文・蘇嘉全ペアが、国民党の馬英九・呉敦義に敗れる。
14蘇貞昌2012年5月30日2014年5月28日2012年中華民国総統選挙敗北の責任をとって辞任した蔡英文の後任として党主席に就任。