外敵から身を守るため、あるいは獲物を確実に捕らえるために様々な生物が毒を持っていて、生体由来の毒は自然毒とも呼ばれる。生物自身では毒素を生産する機能はないものの捕食した獲物から毒素を貯蓄する場合もある。代表的なものとしては貝毒や有毒フグで、餌としたプランクトン由来の毒物質を生物濃縮により濃度を高め体内に蓄積している。例えば、フグ毒のテトロドトキシンは人間を含む他の動物には致命的な毒であるのに、フグには害を及ぼさない（これは自然条件下での蓄積量の場合であり、一定以上に高濃度のテトロドトキシンに晒すとフグも中毒死する）。また、毒蛇の毒（ヘビ毒）は消化液が変化し、専用の器官に蓄えられた物である。

産業用に作り出された化合物が意図せぬ有害な作用を持つ場合もあれば、化学兵器として用いるために強力な毒性をもった化合物を積極的に作り出す場合もある。また何らかの人間の活動で意図されず生産されてしまうことがある。公害における鉱毒や環境汚染などはその最たる例と言えよう。この他、地中深くにあって普段の環境では接することの少ない鉱物などは人間を含む自然環境にいる生き物にとって有毒な場合もしばしばである。これは環境に普遍的にあれば淘汰なり免疫なりで対処方法も発達したであろうが、従来環境では隔離されていた物質に触れることで害を受けたケースだといえる。
毒性検査

毒には核物質（Nuclear）、生物物質（Biological）、化学物質（Chemical）などの種別があるが、化学物質は即効性で大量の患者が発生するため、早急な原因物質の同定を行い、治療方針を立てるための情報とする必要がある。気化しやすい化合物の検査には、ガスクロマトグラフ、また高速液体クロマトグラフなどが使用される。

厚生労働省は、1998年の和歌山毒物カレー事件を契機に全国の救命救急センターに毒劇物解析装置を導入した。ただ、分析機器を使用してすべての原因物質が判るわけではない。

救急医療現場では臨床現場即時検査（Point of Care Test: POCT）の需要がある。簡易検査としては、古くから利用されている化学反応（呈色反応）や免疫反応が利用される。

このほか、ガス検知管、試験紙、水質検査キットなどを用いる方法がある[5]。
法律毒薬の容器、被包の表示例劇薬の容器、被包の表示例GHSの低い急性毒性などを示す標章

日本においては、毒物及び劇物取締法および毒物及び劇物指定令で、医薬、医薬部外品用以外の、人間にとって毒にあたる工業用・産業用・実験用の物質を、生命により重篤な影響を及ぼす毒物と、毒物ほどではないが不都合を与えうる劇物に分類して、その製造・輸入・販売・輸送・保管などの取扱い方法を規定し、制限を加えている。これらの物質の包装及び被包には「医薬用外」と表示し、毒物の場合は赤地に白文字で「毒物」、劇物の場合は白地に赤文字で「劇物」と表示することや、製造や管理の方法、所持・使用できる条件などを保健衛生上の観点から定めている。また、1回に5,000kg以上の指定毒物、劇物を車両で運搬する場合、0.3メートル平方の板に地を黒色、文字を白色として「毒」と書いた標識を車両前後の見やすい箇所に掲げることや、事故時の応急措置などを記載した書面や保護具を備えることが定められている。

また、医薬品医療機器等法では、医薬品に指定されている物質のうち、効能を示す量と毒性を示す量の差が小さい物を毒薬、劇薬としてその取り扱いに制限を加えている。また、毒薬は黒地に白枠、白字をもって、その品名及び「毒」の文字が記載されていなければならず、劇薬は白地に赤枠、赤字をもって、その品名及び「劇」の文字が記載されていなければならないと定めている。

（一般では「毒薬」は「生物を殺す薬」を指す場合が多い。しかし、法令上及び医療の世界では「治療や検査等に用いられる医薬品のうち、その毒性の高さから指定を受けているもの」を示す。つまり、医師から処方された「毒薬」を日常的に服用している患者も普通に多数存在している。意味の混同に注意）

そのほか、有毒物質は種類により食品衛生法、化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律（化審法）、労働安全衛生法、農薬取締法によって規制される。また、化学品の分類および表示に関する世界調和システム（GHS）では、毒物・劇物を含む、指定の化学品の容器のラベルにその危険性・有害性がよく分かるように「危険」の文字、標章（ピクトグラム）および表示対象化学物質名称を付け、有害性情報と危険性情報および取り扱い方法を文字で示すことが義務づけられており、高い急性毒性をもつものは赤い菱形の枠の中に黒い髑髏、低い急性毒性をもつものは赤い菱形の枠の中に黒いエクスクラメーションマークを描いた標章が示される。
利用

毒性物質のいくつかは、原料や反応の中間体など様々な形で利用されている。毒性物質を服用させて殺害する毒殺は、歴史的に幅広く用いられた利用方法である。一方で苦痛を引き起こさない毒は安楽死にも使われる。また殺虫剤や抗生物質は、選択毒性を利用して特定生物のみを環境中から排除するために用いられる。かつては船舶の船底や定置網にフジツボなど海洋生物が付着するのを防ぐ意図で有機スズ化合物を含む塗料が用いられたが、これは海洋汚染を引き起こす原因として禁止されるようになった。

毒性物質の利用例として、工業製品の製造や日常生活等で目にするもののいくつかを挙げる（もっとも、これらは有用な物質が偶々毒劇物であったにすぎず、毒性を利用した例ではない）。

アルシン（毒物） - 半導体の製造（n型シリコン膜の形成）

アンモニア（劇物） - 窒素肥料の製造

シアン化ナトリウム（毒物）、シアン化カリウム - めっきの溶液

ジボラン（毒物） - 半導体の製造（p型シリコン膜の形成）

テトラクロロエチレン - ドライクリーニングの溶剤

鉛二酸化鉛 - 鉛蓄電池の電極

二硫化炭素（劇物） - ビスコース（レーヨンを得るための中間生成物）

人体に影響を及ぼす成分であることを逆に利用することで、医療の世界で医薬品等として用いられている物質もある。以下はその例である。

ボツリヌス菌が産生する毒素を極めて微量に筋肉内へ注射すると、筋肉の動きが抑えられる。ボトックスという名称で知られており、局所ジストニアなど攣縮性疾患の治療や美容形成外科に用いられている。

ナス科の植物（ハシリドコロ等）に含まれる自然毒の成分である、アトロピン及びスコポラミンは、日本薬局方に収載されている医薬品でもある。

蛇毒は、血栓防止薬の利用や、神経のメカニズムや重症筋無力症の研究に使われている。

なお植物に含まれる他の生物に影響を与える成分が、「たまたま人間の役に立つ」場合もあり、これらはいわゆる薬草となる。キニーネはマラリア治療に効くことで知られ、元々は19世紀後半にオランダがキナの樹の大規模栽培に成功し、その後アフリカでの植民地政策で、プランテーションの道具として使われた。
代表的な毒
単体

フッ素 （F2）、塩素（Cl2）、オゾン（酸素の同素体、O3）、リン（白リン・黄リン、P4）など

ベリリウム（Be）、セレン （Se）、ヒ素 （As）など