日本新聞界の権威である新聞協会賞（編集部門）を、協会加盟の全国紙では最多受賞している[注釈 7]。

1957年、市民生活を脅かす暴力の実態を暴いた『暴力新地図』、戦後も勢力を確保した特権官僚の支配を描いた『官僚にっぽん』、税制のゆがみや徴税の実態をえぐり出した『税金にっぽん』の東京社会部による3企画が第1回新聞協会賞を受賞。この企画は第5回菊池寛賞も受賞した。

1960年10月12日に発生した浅沼稲次郎暗殺事件において、毎日新聞東京本社写真部の長尾靖記者が、浅沼稲次郎社会党委員長が、右翼少年山口二矢に刺殺される決定的瞬間を写真撮影した『浅沼委員長刺さる』で新聞協会賞を受賞。この写真は、世界に衝撃を与え、翌年には日本初のピューリッツァー賞を受賞した[34]。日本人の同賞受賞は3件あるが、他の2件はUPI通信で、日本の報道機関で受賞経験があるのは毎日新聞のみ。詳細は「浅沼稲次郎暗殺事件」を参照

1929年以来の懸案であり、政令指定都市になることによって石炭、鉄鋼産業の落ち込みによる経済の地盤沈下を克服することが期待されていた九州の小倉市、八幡市、門司市、若松市、戸畑市の合併について、1960年2月から、西部本社が合併の効率と無駄、学者や専門家の意見、住民感情などを詳しく報じた企画『五市は一つだ』の連載を開始。1961年3月からは、RKB毎日放送と共同のキャンペーン『百万人の都市づくりのために』を展開した。新聞、ラジオ、テレビを駆使し、当時「立体報道」と言われたメディアミックスの手法は注目を集めた。1963年2月10日に5市が合併し、北九州市となった。5市の一体性と合併の必然性を強調した一連のキャンペーンは高く評価され、1962年度の新聞協会賞を受賞した。

全国の学者、研究者への取材によって科学技術の開発や研究者の養成を中心として日本の学界の現状や問題点を示し、513回にわたって長期連載された『学者の森』は1963年度の新聞協会賞を受賞した。

暴力団が全国各地に進出し、広島市や松山市で抗争事件が発生する中、2か月間で120?130の組長にインタビューを敢行し、朝刊1面に14回にわたって連載した暴力追放キャンペーン『組織暴力の実態』で1964年度の新聞協会賞を受賞。これまで暴力団関係の取材は警察当局などを通した間接的なものが中心だった中で、暴力団の組長などへの「体当たり取材」が画期的であると評価された。

1978年9月19日、大阪本社学芸部が、1968年に稲荷山古墳から出土した金錯銘鉄剣を、奈良市の元興寺文化財研究所がX線撮影した結果、全文115字からなる金象嵌の銘文が発見したことをスクープ。当時「考古学上、百年に一度の大発見」と評され、この銘文が日本古代史の確実な基準点となり、その他の歴史事実の実年代を定める上で大きく役立つことになった。1979年度の新聞協会賞受賞。

1980年3月6日、東京本社社会部が早稲田大学商学部入試問題漏洩事件をスクープ。その後、関係者の取材を続け、受験生側から多額の金が渡り、入試問題と模範解答のコピーが流れていた事実を浮き彫りにした。同大学職員ら4人が逮捕され、31日までに不正合格者9人全員を除籍する事態に発展した。「進学過熱がもたらした教育のひずみ、ひいては今日の社会によどんでいる金権的な腐敗体質について深刻な反響を呼び起こす契機ともなった」と評価され、同年度の新聞協会賞を受賞した。

1981年5月18日、東京本社の「安保と非核取材班」が1~3面の大半を使ってエドウィン・O・ライシャワー元駐日アメリカ合衆国大使の核持ち込み発言をスクープ。これは、古森義久記者（のちに産経新聞へ移る）の電話インタビューに対し「日米間の了解の下で、アメリカ海軍の艦船が核兵器を積んだまま日本の基地に寄港していた」と発言したもので、「非核三原則」に基づき日本政府が否定していた中で、元駐日アメリカ大使が認めたことは日本国内で騒動になった。「戦後政治のナゾの部分に光を当てた歴史的スクープ」と評価され、同年度の日本新聞協会賞を受賞した。1999年には、アメリカの外交文書の中から「1963年にライシャワーが当時の大平正芳外務大臣との間で、日本国内の基地への核兵器の持ち込みを了承した」という内容の国務省と大使館の間で取り交わされた通信記録が発見され、この発言を裏付けることになった。

1986年1月31日、前年2月27日に脳卒中で倒れて以来詳しい病状がわかっていなかった田中角栄元首相が娘の真紀子に付き添われながら車椅子で移動する姿を空撮し、一面および社会面に掲載。3日後には地上から撮影した写真も掲載し、元首相の深刻な病状を国民に伝えた。このスクープは「上空、地上の双方からキャッチした“ありのままの元首相の姿”が各界に与えた衝撃は極めて大きかった」と評価され、同年度の日本新聞協会賞を受賞した。