また、口蹄疫・高病原性鳥インフルエンザなどでは、患畜の屠殺・殺処分の他、死体の焼却や埋却なども義務付けており、さらには摘発淘汰の対象は感染動物と同じ施設や建物で飼養されていた全ての同種の動物に及ぶ。即ちこれら疾病の感染発生が確認されることは事実上、当該施設における同種の動物の全滅を意味する。

ちなみに、この命令による患畜の屠殺・殺処分については、上述した様な観点から行政命令は強力な強制力を持つ。また、当該の動物の所有者が様々な事情で対処不能であったり、あるいは命令に抵抗した場合には、行政代執行で国や地方自治体により獣医師（家畜防疫員）が派遣され殺処分を実施するほか、状況次第では警察の機動隊が投入されたり、さらには災害派遣として自衛隊が投入され、死体の焼却や埋却などの作業を実施することもある。
デンマーク

2020年、デンマークの農場で飼育されていたミンクから新型コロナウイルスの変異株が検出された。デンマーク政府は、人への感染拡大を阻止するために、国内で飼育する全てのミンク1500万匹を殺処分。デンマークは世界最大のミンクの飼育、輸出国であり、殺処分の規模も大きなものとなった[20]。
香港

2022年1月18日、香港当局では輸入ハムスターから人間への新型コロナウイルスのオミクロン株感染の疑いが確認されたことから2000匹を殺処分するよう命じた[要出典]。
脚注[脚注の使い方]^ “殺処分（さつしょぶん）の意味 - goo国語辞書”. goo辞書. 2021年1月19日閲覧。
^ a b c d e f g h i j k l m n o 遠藤　真弘 (2014-09-16). “諸外国における犬猫殺処分をめぐる状況―イギリス、ドイツ、アメリカ―” (日本語) (PDF). 調査と情報 (国立国会図書館 調査及び立法考査局農林環境課) 830: 1-10. doi:10.11501/8748098. .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}NAID 40020188774. https://dl.ndl.go.jp/view/download/digidepo_8748098_po_0830.pdf?contentNo=1 2017年2月1日閲覧。. 
^ a b c d 環境省自然環境局総務課動物愛護管理室 (2023年). “犬・猫の引取り及び負傷動物の収容状況”. 2024年1月27日閲覧。
^ a b c d e f 動物愛護部会, 環境省 (26 March 2018). 資料３?１ 動物愛護管理をめぐる主な課題への対応について（論点整理（案） ） (PDF). 中央環境審議会動物愛護部会（第48回）. pp. 12?13. 2018年11月5日閲覧。
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^ 自然環境局総務課動物愛護管理室, 環境省 (30 April 2020). 「動物の愛護及び管理に関する施策を総合的に推進するための基本的な指針」の改正（告示）について (PDF) (Report). 2024年1月27日閲覧。
^ ⇒“ペット:改正法で自治体の引き取り拒否可能に 命守れるか”. 毎日新聞. (2013年9月23日). ⇒http://mainichi.jp/select/news/20130923k0000e040104000c.html 2013年9月25日閲覧。 
^ 環境省 (26 May 2022). 犬及び猫の引取り並びに負傷動物等の収容に関する措置について (PDF) (Report). 2024年1月27日閲覧。
^ a b 環境省 (12 November 2007). 動物の殺処分方法に関する指針　平成7年7月4日 総理府告示第 40 号 (PDF) (Report). 2019年4月6日閲覧。