創業以来、聖徳太子の十七条憲法に基調をなす 「和を以って貴と為す」 の考え方を基本として「事業は人なり、しかも人の和なり」 を掲げた。
1940年、五代目武田長兵衛によって 、社是「規（のり）」が明文化され、「公（おほやけ）に向ひ国に奉ずるを第一義とすること」、「相和（やはら）ぎ力を協（あは）せ互に忤（さから）はざること」、「深く研鑽に黽（つと）めその業（わざ）に倦（う）まざること」、「質実を尚（たっと）び虚飾を慎むこと」、「礼節を守り謙譲を持すること」が明記された。
1999年、企業倫理について、「武田薬品コンプライアンス・プログラム」を策定し、以後、全社に渡り実施している。
2003年4月1日、経営理念を「優れた医薬品の創出を通じて人々の健康と医療の未来に貢献する」とし、また、グローバル化の推進により、このころから、経営の基本精神として、「タケダイズム」（誠実：公正・正直・不屈）を掲げるようになった。
2013年からは、「Better Health, Brighter Future」を掲げ、「ビジョン2020」を策定、「革新的な医薬品に加え、高品質なブランド・ジェネリック医薬品、ワクチン、一般用医薬品（OTC医薬品）を開発・販売することで、少しでも早く、少しでも多くの人々の願いに応えていく」ことを長期目標とすると発表した。
さらに、2016年からは、「ビジョン2025」に変更し、「タケダは、世界中のあらゆる人々のニーズに貢献しています。タケダイズムを通じ、社会やタケダの医薬品を必要とする方々からの信頼を得ています。機動性とイノベーション、さらに高い品質に支えられ、強固なパイプラインのもと成長し続けるベスト・イン・クラスの製薬企業として認められています。」とする。「バリュー」として、「タケダイズム（誠実：公正・正直・不屈）」を全ての行動の指針とするとともに、4つの重要事項である「Patient（患者さん中心）」、「Trust（信頼関係の構築）」、「Reputation（レピュテーションの向上）」、「Business（事業の発展）」をその優先順位に従って考え、行動や判断の基準とし、また、ビジョン実現のステップを示した「戦略ロードマップ」に基づき、「Value（バリュー）」「People（世界中の人々・仲間）」「R&D（研究開発への挑戦）」「Business Performance（事業の持続的成長）」にフォーカスし、「戦略ロードマップ」の実行により、長期的に、消化器系疾患でのNo.1、オンコロジーにおけるトップ10、中枢神経系疾患および新興国事業での強いプレゼンスを目指す、としている。
2021年12月1日以降は、経営理念を「世界に尽くせ、タケダ。革新的に。誠実に。」とし、「どうすれば、その一人に誠心誠意向き合うことができるか。患者さんを家族のように思い、誠実に仕事に取り組んでいくこと。」という創業者の強い思いを胸に、「DE&I（ダイバーシティ・エクイティ＆インクルージョン、多様性+公平性+包括性）」などを通して、世界中の人々の健康と、輝かしい未来に貢献することを目指す、としている。 大和国広瀬郡薬井（現・奈良県北葛城郡河合町薬井）から「大坂・道修町」に出てきた長兵衛が薬種仲買商の「近江屋喜助」の下で奉公した後、のれん分けによって独立し、薬種商「近江屋」を開いたのが創始で、1781年から現在に至るまで本社を大阪府大阪市中央区道修町に構えてきた。 当主は代々長兵衛を襲名し近江屋長兵衛
歴代社長
初代:五代目武田長兵衛（1925年 - 1943年）
2代目:六代目武田長兵衛（1943年 - 1974年）
3代目:七代目小西新兵衛（1974年 - 1981年）
4代目:倉林育四郎（1981年 - 1986年）
5代目:梅本純正（1986年 - 1991年）
6代目:森田桂（1991年 - 1993年）
7代目:武田國男（1993年 - 2003年）
8代目:長谷川閑史（2003年 - 2014年）
9代目:クリストフ・ウェバー（2014年 - 現在）
事業所一覧）の東西両本社制採用をとっている。また、実質的な本社機能はグローバル本社が担っている。
また、研究部門が神奈川県藤沢市と米国マサチューセッツ州ケンブリッジ（ボストン）、米国営業本部が米国イリノイ州ディアフィールド（シカゴ）、製造部門が大阪十三、欧州営業本部が「スイス・チューリッヒ」など、部門・地域ごとの本部を多拠点に有する。 ※ 東西二本社制の採用
本社
グローバル本社
〒103-8668 - 東京都中央区日本橋本町二丁目1番1号
大阪本社
〒540-8645 - 大阪府大阪市中央区道修町四丁目1番1号
工場・研究所
大阪工場
〒532-8686 - 大阪府大阪市淀川区十三本町二丁目17番85号
光工場