委員長と委員会の任命については、欧州連合条約第17条第7項でその手続きが以下のように規定されている。

（仮訳）欧州議会選挙の結果を考慮し、また適切な協議を行なったうえで、欧州理事会は条件を満たした多数でもって欧州議会に対して委員長候補を提案するものとする。委員長候補は欧州議会によって、その構成員の多数でもって選出されるものとする。委員長候補が必要な多数を得られなかった場合には、欧州議会は条件を満たした多数でもって、同様の手続きで欧州議会によって選出されるような新しい候補者を提案するものとする。理事会は次期委員長と協力して、理事会が委員会の委員として任命しようと提案するほかの人物の一覧を採択するものとする。委員候補は、加盟国からの提案に基づいて、第3項第2段と第5項第2段に定められた基準に従って選出されるものとする。
透明性

欧州理事会での条件を満たした多数で候補者を出してきたが、欧州議会が関与したり、欧州連合の政策方針が単一市場の創設から欧州連合の改革に変わってきたりしたことから、委員長候補の選定は大きな政治問題となってきた[16]。しかしながらこのような状況になってきたにも拘らず、欧州理事会の議論は専ら密室で行なわれている。ジャック・サンテールの指名においてはその議論が非公式に行なわれ、メディアは漏れ伝わる情報に頼ることとなった。このような選考過程は新たな基本条約で導入された協議の理念に反するとして、欧州議会の議員が不満を示した。

社会主義グループ代表のポーリン・グリーンは「欧州議会は民主的なプロセスを傷つける行動の看過を認めてはならない」とする会派の考え方を明らかにした[17]。1999年と2004年の選任においても同様の状況が起こり、バローゾの指名においては協議のプレスリリースを出すこともなく、各首脳の間での非公開の会合が行なわれた[18]。これについても欧州議会議員から批判され、欧州自由民主同盟代表のグラハム・ワトソンはバローゾの指名過程を「ユストゥス・リプシウスでの絨毯市」と表現し、「最小公倍数」しか生まないとした。また欧州緑グループ・欧州自由連盟共同代表のダニエル・コーン＝ベンディットは欧州議会でのバローゾの演説の後に、バローゾに対して「あなたが最良の候補者であるならば、なぜあなたは最初に演説しなかったのか」と尋ねた[19][20]。
基準

欧州理事会がこれまでに指名してきた委員長候補は加盟国で首相などを経験した政治家であることが多かったが、このことは必ずしも要件ではない。2004年、当時作成された欧州憲法条約案では、委員長候補の選出にあたっては欧州議会議員選挙の結果を考慮しなければならないという規定が盛り込まれており、これはつまり委員長候補は選挙で勝利した欧州規模の政党から支持を受けていることを求めている。この規定は2004年の委員長指名の時点では効力有していなかったが、直前の選挙で勝利した中道右派の欧州人民党が自らに属する人物を推すこととなった。この結果、欧州人民党はジョゼ・マヌエル・バローゾを候補者として選んだ[21]。また同様に、2009年の欧州議会議員選挙でも欧州人民党はバローゾの再任を支持し、実際に選挙に勝利したことで欧州理事会からバローゾの次期委員長指名を得た。

欧州理事会による選出にあたってはこのほかの基準として、候補者がヨーロッパのどの地域出身であるか、候補者がどのような政治的影響力を持つか、どのような言語を話すことができるか、出身国でどれほどヨーロッパ統合が進んでいるか、ということが挙げられる。具体的には、あまり大きな発言力を持たない加盟国からも支持を得ていることや候補者の出身国がユーロ圏やシェンゲン圏に含まれていることが挙げられ、またフランスは候補者がフランス語に堪能であることを求めている[22][23]。

委員長の指名には、大国出身者の次は小国出身者、左派系所属の次は右派系所属とする合意があるのではないかという仮説があり、実際にロイ・ジェンキンスからジョゼ・マヌエル・バローゾまでそのような法則にしたがっている。しかしながら実際には政治的な対立や加盟国間の連携で委員長が選ばれてきている。たとえばドロールの委員長選出のさいにはクロード・シェイソンを委員長とする案がフランスとイギリスとの間で合意できなかった経緯があり、サンテールの委員長選出についてもジャン・リュック・デハーネを委員長とする案にイギリスが反対したことを受けた妥協の産物であった。またロマーノ・プローディの選出は、フランスとドイツがヒー・フェルホフスタットを推していたことに対して反発した13か国が連携して支持した結果であった[24]。
選挙詳細は「欧州議会議員選挙」を参照

2008年2月にバローゾは委員長の民主的正当性について、理論上は首相と同じ正当性を持つとされていたが、実際にはそうではないとして問題があるということを認めた。とくに欧州議会議員選挙における投票率の低迷、つまり「ヨーロッパ規模での政治」という考え方が市民のあいだで欠如していることが委員長の民主的正当性に疑念をもたらしているのだが、これに対して市民が投票のさいに委員長候補者を示されていれば、近年の欧州議会議員選挙の投票率は上昇していただろうという分析がある[25]。

欧州憲法条約では、委員長の指名にあたって欧州理事会は直近の欧州議会議員選挙の結果を考慮しなければならず、さらに欧州議会は欧州理事会が指名した委員長候補を、たんに承認するのではなく、選出するとされていた。これは欧州議会の会派に委員長候補を立てさせ、欧州理事会は選挙で勝利した政党の候補を指名するというものとして考えられた[26]。この方法は2004年に一部が実際に行なわれ、欧州理事会はその年の選挙で最多得票を獲得した政党に所属する候補を委員長に指名した。ところがその選挙で実際に委員長候補を立てていたのは欧州緑の党だけであり、欧州緑の党はこの選挙において、参加する各国の政党での合同の選挙運動を展開した初めての欧州政党であり[27]、このときはダニエル・コーン＝ベンディットを委員長候補としていた[26]。