上記のうち、JR根岸線・相鉄本線・横浜高速鉄道みなとみらい線は当駅を起点とし、逆に東急東横線は当駅を終点としているが、東急東横線と横浜高速鉄道みなとみらい線は直通運転を行っており、2社が同じ施設に発着している（駅は東急側の管理）。また、東急・横浜高速鉄道は東京メトロ副都心線を介して東武鉄道・西武鉄道との5社による相互直通運転を実施している。さらに2023年3月18日より、東急新横浜線と相鉄新横浜線が相互直通運転を開始した関係で、相鉄側の横浜駅に発着する東急の車両による運用も一部で設定され、東急の車両は2か所の横浜駅に入線することとなった[6][注 1]。他にも、京急は都営地下鉄浅草線を介して京成電鉄、北総鉄道（一部時間帯のみ）へ直通運転を実施しており、都営地下鉄浅草線の車両や、平日に限り京成の車両もごく少数のみ京急側の横浜駅に入線している。 JR東日本の駅に乗り入れている路線は、線路名称上は、当駅の所属線である東海道本線および当駅を起点に根岸駅を経て大船駅とを結ぶ根岸線の2路線であるが、一般列車の運転系統は以下のように多岐にわたっている[7]。当駅は「YHM」のスリーレターコードが付与されている。 東海道本線の線路は、当駅以西の大船駅方面が東海道線用列車線と横須賀線用線路（旧貨物線）との複々線、当駅以東の東京都心方面はこれらに加えて根岸線に直通している電車線（京浜東北線）を加えた3複線となっており、京浜東北線と横浜線が電車線、東海道線が列車線、横須賀線と湘南新宿ラインが横須賀線用線路を使用する。電車線（京浜東北線）と東海道線列車線は川崎駅経由の本線、横須賀線用線路は武蔵小杉駅経由の支線（品鶴線）を経由する。 JRの主な優等列車としては、東海道本線経由で伊東線・伊豆急行線などに直通する特急「踊り子」「サフィール踊り子」（基本的に東京駅発着であるが、前者は1往復が新宿駅方面から湘南新宿ラインと同じルートで運転される）、横須賀線のルートから総武本線・成田線を通じて成田空港へ向かう特急「成田エクスプレス」、さらに夜行列車として東海道本線経由で山陰・四国方面へ向かう寝台特急「サンライズ瀬戸」「サンライズ出雲」などがあり、基本的に全ての列車が停車する。しかし、東京都心 - 湘南地区間の通勤客を遠近分離する観点から、朝夕ラッシュ時に運行される通勤特急「湘南」（一部は東海道貨物線経由で運転されるため当駅を経由しない）は通過する[7]。 JRの特定都区市内制度における「横浜市内」の駅であり、運賃計算の中心駅となる[7]。
JR東日本の乗り入れ運転系統
東海道線：東海道本線大船駅以西の藤沢駅・小田原駅方面に直通する中距離電車（湘南電車）。当駅以北の東京方面は京浜東北線に対して、当駅以南の大船駅までは横須賀線に対して速達列車としての役割を果たしている。東京駅を発着する系統と、東京駅・上野駅経由で宇都宮線・高崎線に直通する上野東京ラインが運行されている。 - 駅番号「JT 05」
横須賀線：東海道本線（品鶴線経由）を経て、大船駅より線路名称上の横須賀線を走る。当駅以南の大船駅までは東海道線列車に対して各駅に停車する。上りは多くの列車が東京駅を経由し、総武快速線へ直通する。 - 駅番号「JO 13」
湘南新宿ライン：東海道本線（品鶴線経由）を経て、戸塚駅から西大井駅まで横須賀線と同一の線路を使用し、新宿駅経由で東海道線と高崎線間、横須賀線と宇都宮線間をそれぞれ直通する。 - 駅番号「JS 13」
京浜東北線・根岸線：東海道本線川崎駅・東京駅方面と横浜駅・根岸線方面とを結ぶ近距離電車で、当駅を経由する全列車が両線で直通運転を行っている。 - 駅番号「JK 12」
横浜線：横浜線の起点は東海道本線東神奈川駅であるが、日中の多くの列車と朝夕の一部の列車が当駅を経由して根岸線に乗り入れる。駅番号は京浜東北線・根岸線と同じ「JK 12」
歴史横浜駅周辺の白黒空中写真（1963年6月撮影）国土交通省 国土地理院 地図・空中写真閲覧サービス
横浜駅付近変遷（官鉄→JRのみ示す）
1872年
1887年
1901年
1915年
