クラブのルーツはメキシコオリンピック後の1964年に発足した「横浜・中区スポーツ少年団」にまでさかのぼる[11]。その後、全日本空輸（全日空）が資本参加し、数度のクラブ名変更を経ながら、1984年には当時のトップカテゴリである日本サッカーリーグ（JSL）1部に昇格。これを機に同クラブは全日空の完全子会社である全日空スポーツの運営する「全日空横浜サッカークラブ」として運営されることになる。これに対し、同クラブに携わっていたOBやスタッフが『企業に依存するクラブ運営』に疑問を感じ、1964年設立当時の理念である『地域に根ざしたクラブ』を具現化するべく、当時育成部を率いた谷中義人氏が、保護者の意向を受けて、1986年9月に新たに設立されたのが横浜スポーツクラブであり、Y.S.C.C.はこの年を設立年としている[2][12]。設立当初は中学生への指導を中心としたクラブであり、1987年には横浜サッカー&カルチャークラブに改称している[2][11]。
1988年 - 2013年（地域リーグ・JFL）

1988年、トップチームが神奈川県社会人サッカーリーグに参加し、最も下のカテゴリである3部に参戦。翌1989年に同2部に、1990年に同1部に昇格。

2002年には運営母体が特定非営利活動法人（NPO法人）化すると共に、クラブ名を横浜スポーツ&カルチャークラブへ変更した[2]。2003年に開催される第37回関東サッカーリーグ（関東リーグ）が2部制に移行することに伴い関東リーグ2部へ自動昇格を果たす[13]。参戦2年目の2004年、関東リーグ2部2位となり、1部に自動昇格[13]。2006年に初優勝した。

2011年、関東リーグ1部で4度目の優勝を果たすと共に、4回目の出場となった第35回全国地域サッカーリーグ決勝大会で優勝、日本フットボールリーグ（JFL）への昇格を果たす。

2013年、翌年からのJ3リーグ創設が発表されると、クラブはJリーグ参入へと大きく方針転換する。6月にはJリーグ準加盟の申請書を提出[14] し、8月20日にJリーグ理事会で準加盟が承認され[15]、11月19日にはJリーグへの入会が承認され、J3リーグへの参入が決まった[5]。以降、Jリーグ規約第27条の規定「Jクラブの法人名、チーム名および呼称（以下総称して「名称」という。ただしチーム名および呼称には地域名が含まれているものとする）」[16] により、呼称を英字略称のみの「Y.S.C.C.」[17] から地域名を含んだ「Y.S.C.C.横浜」とする。なおクラブの公式サイト上では引き続き「Y.S.C.C.」の表記のみが用いられている。
2014年 - （J3）
2014年


チームスローガン「チャレンジ14」[18]
Jリーグ参戦初年度の監督には、YS横浜のアカデミー出身でFC東京U-18コーチを務めていた有馬賢二が就任（前監督で長らくクラブスタッフとして携わってきた松久純は本人の意向で退団）。小澤光・西山峻太・服部大樹・吉田明生の4名がクラブ初のプロ契約選手となった[19]。シーズン開幕と同時に7戦勝利なし（3分4敗）、第8節藤枝戦でJリーグ初白星を飾るが翌節から6連敗を喫した。また、連勝が1度もなく年間4勝（12分17敗）で12チーム中最下位に終わった。天皇杯は2回戦敗退。
2015年