本裁判は、連合国によって東京市ヶ谷に設置された極東国際軍事法廷により、東条英機元内閣総理大臣を始めとする、日本の指導者28名を「平和愛好諸国民の利益並びに日本国民自身の利益を毀損」した[8]「侵略戦争」を起こす「共同謀議」を「1928年（昭和3年）1月1日から1945年（昭和20年）9月2日」にかけて[8] 行ったとして、平和に対する罪（A級犯罪）、通常の戦争犯罪（B級犯罪）及び人道に対する罪（C級犯罪）の容疑で裁いたものである。

「共同謀議」の始期を1928年（昭和３年）1月1日からとしたのは検事側が田中上奏文（偽物）を見て信じたからと推測されるが、検事が秦徳純将軍を出廷させこの文書を証明しようとしたが、この証言は林逸郎弁護士の反対尋問により破られた[9]。
『南京事件』の認定

この東京裁判法廷は、日中戦争（日華事変）中の日本軍による中国大陸の南京占領のさいに、約2月間にわたって20万人以上の中国人が殺害されたと認定した（南京事件）[6][7]。この「20万人」という犠牲者数を中心に、事件当時の人口「20万人」や5万人の人口増加の点などから、事件の真偽や実態について、東京裁判の判断の是非をめぐる議論が続いている（南京事件論争）。不作為責任をめぐる議論もある（後述）。
被告人

A級「平和に対する罪」で有罪になった被告人は23名、B級「通常の戦争犯罪」で有罪になった被告人は7名、C級「人道に対する罪」で有罪となった被告人はいない。