また、近年では外来種を水際で防止するために必要な対策となっている。日本における人や食品の検疫は厚生労働省が、動植物の検疫は農林水産省が担当しており、全国の主要な空港・海港に設置された検疫所（厚生労働省）又は動物検疫所、植物防疫所（共に農林水産省）にて行なわれている。なお日本の植物検疫では、輸出入など外国との関係で行う検疫を植物検疫、国内での病害虫防除も含めて行うことを植物防疫という（#植物防疫で後述）。
様々な検疫が各国で行われており、例えば21世紀までイギリスでは狂犬病を予防するために全ての犬を含むほとんどの動物を6ヶ月間抑留するという法律が施行されていた。現在では、正しく予防接種が行われているという証明書を提出することで抑留を免れることができる。
検疫、特にその後の長期間の隔離は、その有効性が疑問視される場合には人権問題になることがある。 日本の場合は、厚生労働省所属の検疫官が空港や港などで検疫を行っている。看護師などはごく一部であり、多くが事務員である。 野菜や果物など農作物は、外来の害虫や病原体により大きな被害を受けることがある。例えば、アイルランドのジャガイモ飢饉（1845年?）をもたらしたジャガイモの病気は、最初にベルギーで発生した[5]。このため、これらを持ち込む可能性のある植物や土などについては、国・地域と品目を特定して持ち込みを許さない場合がある。また、国内の一部に存在する病害虫の場合であっても、国内の他地域への移動を禁じていたり、検査しないと移動できなかったりする。たとえば日本ではサツマイモの大害虫として知られているアリモドキゾウムシは南西諸島の一部に生息する。このため、この地域から日本国内の他の地域への未消毒のサツマイモ類の持ち込みは禁止されている。同時に、野生植物のグンバイヒルガオもアリモドキゾウムシの寄主になるため同様である。また、柑橘類などは検査を受けなければ持ち込みが出来ない。 1862年にはアメリカ合衆国産ブドウ苗からフランスにブドウネアブラムシ（フィロキセラ）が広がって、周辺国を含めて枯死被害をもたらした（19世紀フランスのフィロキセラ禍）。その蔓延を防ぐための「フィロキセラ条約」が1879年に成立し、1952年に発効した国際植物防疫条約 家畜伝染病予防法、狂犬病予防法及び感染症法に基づき動物、動物加工品などの検疫を行っている。 人類初の人工衛星スプートニク1号打上げの翌年である1958年に「地球外探査による天体汚染に関する特別委員会」が組織され（翌1959年に国際宇宙空間研究委員会へ改名）、惑星保護の方針が策定された。この方針では、「地球由来の生命および生命由来物質を他天体に持ち込まない」「生命の存在が予想される天体から地球に帰還する際には滅菌、もしくは完全な封じ込めを行う」などの検疫の方針が決定された[7]。 アポロ計画では月の伝染病を警戒して月面着陸した宇宙飛行士を一定期間検疫するために移動式検疫施設
検疫官
家畜防疫官
植物防疫官
検疫対象
植物防疫「植物防疫法」を参照
動物
肉
家畜伝染病の多くは、少しの肉であっても感染の可能性があるため、加工肉であっても持ち込ませない対応がとられている。もし肉の輸出入を行う場合は、監視伝染病の病原体を拡散するおそれがないことを家畜防疫官に証明する書類を提示しなければならない[6]。
競走馬
競馬においては、馬が国外のレースに出走する場合も多く（国際競走）、その際は検疫厩舎で出国時と帰国時に定められた検疫を受けなければならない。日本（＝日本国外のレースに出走する日本の馬、あるいは日本のレースに出走する日本国外の馬）においては、検疫期間は通常7日間で、成田国際空港などを利用する際は、千葉県にある日本中央競馬会（JRA）の競馬学校で、関西国際空港などを利用する際は、兵庫県にある三木ホースランドパークで検疫が行われることが多い。稀に競馬場で行われる場合もある。
宇宙船と宇宙飛行士
火星探査プログラムなどの地球の生物が繁殖しうるハビタブルゾーンに宇宙機を輸送するミッションでは、国際宇宙空間研究委員会（COSPAR）の定めた惑星防疫手順にしたがって防疫が行われる[8]。