検疫感染症の疑似症及び無症状病原体保有者に対する検疫法の適用基準については検疫法第2条の2に定めがある。

検疫法第2条1号に掲げる感染症の疑似症を呈している者については、同号に掲げる感染症の患者とみなして検疫法が適用される（検疫法第2条の2第1号）。

検疫法第2条2号に掲げる感染症の疑似症を呈している者であって当該感染症の病原体に感染したおそれのあるものについては、同号に掲げる感染症の患者とみなして検疫法が適用される（検疫法第2条の2第2号）。

検疫法第2条1号に掲げる感染症の病原体を保有している者であって当該感染症の症状を呈していないものについては、同号に掲げる感染症の患者とみなして検疫法が適用される（検疫法第2条の2第3号）。

隔離の措置

検疫所長は検疫法第2条1号・2号に掲げる感染症患者を隔離し、また、検疫官に感染症患者を隔離させることができる（検疫法第14条1項1号）。日本の検疫法上の隔離の措置は、既に検疫感染症にかかっていることが明らかとなった患者を対象とする措置である。

隔離される医療機関（検疫法第15条1項）

検疫法第2条第1号に掲げる感染症の場合 - 特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関

検疫法第2条第2号に掲げる感染症の場合 - 特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関ただし、緊急その他やむを得ない理由があるときは、これら以外の病院・診療所で検疫所長が適当と認めるものにその入院を委託することができる。


病原体保有の確認隔離されている者やその保護者（親権を行う者又は後見人）が、検疫所長に対して隔離されている者の隔離を解くことを請求した場合（検疫法第15条4項）には、検疫所長は隔離されている感染症の患者が感染症の病原体を保有しているかどうかの確認をしなければならない（検疫法第15条5項）。

隔離措置の解除検疫所長は隔離の措置がとられている感染症の患者について感染症の病原体を保有していないことが確認されたときには、直ちに隔離の措置を解かなければならない（検疫法第15条2項）。

罰則規定隔離措置の継続中に逃げ出した者は、1年以下の懲役又は100万円以下の罰金に処される（検疫法第35条2号）。

停留の措置

検疫所長は外国で検疫法第2条1号・2号に掲げる感染症が発生し、その病原体が国内に侵入し、国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認めるときには、検疫法第2条1号・2号に掲げる感染症の病原体に感染したおそれのある者を停留し、また、検疫官に感染したおそれのある者を停留させることができる（検疫法第14条1項2号）。日本の検疫法上の停留の措置は、検疫感染症に感染しているおそれのある者を対象とする措置である。

停留される医療機関（検疫法第16条1項・2項）

検疫法第2条第1号に掲げる感染症の場合 - 特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関
ただし、緊急その他やむを得ない理由があるときは、これら以外の病院・診療所で検疫所長が適当と認めるものにその入院を委託し、また、船長の同意を得て船舶内に収容して行うことができる。

検疫法第2条第2号に掲げる感染症の場合 - 特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関、その他検疫所長が適当と認める病院・診療所、検疫法第16条2項の手続により同意を得た宿泊施設や船舶


病原体保有の確認停留されている者やその保護者（親権を行う者又は後見人）が、検疫所長に対して停留されている者の停留を解くことを請求した場合（検疫法第16条6項）には、検疫所長は停留されている者が感染症の病原体を保有しているかどうかの確認をしなければならない（検疫法第16条7項）。

停留措置の解除検疫所長は停留の措置がとられている者について感染症の病原体を保有していないことが確認されたときには、直ちに停留の措置を解かなければならない（検疫法第16条4項）。

罰則規定停留措置の継続中に逃げ出した者は、1年以下の懲役又は100万円以下の罰金に処される（検疫法第35条2号）。

出入国管理法上の上陸制限

出入国管理及び難民認定法により感染症予防法の一類感染症、二類感染症、新型インフルエンザ等感染症、指定感染症又は新感染症の所見がある外国人（特別永住者を除く）は日本に上陸できない（出入国管理及び難民認定法第5条1項1号）。

一類感染症（前述）

二類感染症二類感染症については感染症予防法第6条3項に規定があり、具体的には、急性灰白髄炎、結核、ジフテリア、重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属SARSコロナウイルスであるものに限る。）、中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属MERSコロナウイルスであるものに限る）、鳥インフルエンザ（病原体がインフルエンザウイルスA属インフルエンザAウイルスであってその血清亜型がH5N1又はH7N9であるものに限る。）が指定されている。

新型インフルエンザ等感染症（前述）

指定感染症指定感染症とは「既に知られている感染性の疾病（一類感染症、二類感染症、三類感染症及び新型インフルエンザ等感染症を除く。）であって、第三章から第七章までの規定の全部又は一部を準用しなければ、当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあるものとして政令で定めるもの」（感染症予防法第6条8項）である。

新感染症新感染症とは「人から人に伝染すると認められる疾病であって、既に知られている感染性の疾病とその病状又は治療の結果が明らかに異なるもので、当該疾病にかかった場合の病状の程度が重篤であり、かつ、当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認められるもの」（感染症予防法第6条9項）である。

感染症予防法上の輸入検疫

感染症を人に感染させるおそれが高いものとして政令で定める指定動物については、感染症の発生の状況などから厚生労働省令や農林水産省令で定める地域を発送地あるいは経由地とする輸入には厚生労働大臣及び農林水産大臣の許可を要する（感染症法第54条）。現在、指定動物にはイタチアナグマ、コウモリ、サル、タヌキ、ハクビシン、プレーリードッグ、ヤワゲネズミが指定されている（感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行令第13条）。指定動物の輸入には輸入検疫手続を要する（感染症法第55条・第56条）。

また、上の指定動物を除く動物のうち、感染症を人に感染させるおそれがあるものとして厚生労働省令で定める動物やその死体のうち感染症を人に感染させるおそれがあるものとして厚生労働省令で定める動物については輸入届出を要する（感染症法第57条）。届出の対象となる動物等は感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行規則に定められている。
家畜伝染病予防法上の輸出入検疫