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2004年


5月31日、バンド「東京事変」としての活動を宣言。神戸でのライブイベントを皮切りに「MEET THE WORLD BEAT」、「FUJI ROCK FESTIVAL '04」、「SUNSET LIVE 2004」に参加、同年9月にシングル、11月にはアルバムを発売（詳細は東京事変を参照のこと）。

2005年


7月8日、フジテレビ系の音楽番組「僕らの音楽」にて、福岡のアマチュア時代から親交のあったZAZEN BOYSの向井秀徳が自身の特集回で椎名を歌のゲストとして招き、共演を果たす[46]。

12月、公式ファンクラブ「林檎班」の会員限定イベント「第1回林檎班大会 アダルト・オンリー」にて、久々にソロでのライブを行う。

2006年


11月11日、椎名林檎名義としては3年ぶりのリリースとなるSOIL&"PIMP"SESSIONSとの共演作品「カリソメ乙女（DEATH JAZZ ver.）」を配信限定で発売し、ソロとして本格復帰を果たす。この楽曲はフォトグラファー蜷川実花初の監督作品であり、椎名が初の音楽監督を務める翌2007年公開の映画「さくらん」の主題歌で、劇中には様々なバージョンの楽曲が挿入歌として使用されている。

2007年


1月17日、椎名林檎×斎藤ネコ+椎名純平名義でシングル「この世の限り」を発売。この楽曲は映画「さくらん」のエンディング・テーマに起用された。

2月21日、椎名林檎としては4年ぶりとなるアルバム『平成風俗』を斎藤ネコとの共同名義で発売。

2月23日、フジテレビ系の音楽番組「僕らの音楽」に出演、ゲストとして招いたシアトル・マリナーズ所属（当時）のメジャーリーガー・イチローと対談を行った[47]。

2008年 - 2012年：デビュー10周年から東京事変解散まで

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2008年


2月15日、映画『さくらん』で「第31回日本アカデミー賞」の音楽賞にノミネートされ、優秀音楽賞を受賞。

3月、香港国際映画祭が主催するイベント「アジアン・フィルム・アワード」に作曲賞でノミネートされる。

5月27日、デビュー10周年企画が始動。同日に10周年特別サイト「椎名林檎10周年記念特設サイト ringo10th.com」を開設する。

7月2日、デビュー10周年企画の第1弾として、10周年記念コンピレーション・アルバム『私と放電』と10周年記念ビデオクリップ集『私の発電』を2作同時に発売。

8月中旬、北海道で開催された「RISING SUN ROCK FESTIVAL 2008 in EZO」に出演。15日は東京事変名義で、16日には椎名林檎名義で出演した。

9月3日リリースのTOKIOのシングル「雨傘/あきれるくらい 僕らは願おう」に表題曲のひとつ「雨傘」とカップリング曲の「渦中の男」の2曲を提供。

9月17日、デビュー10周年企画の第2弾として、2000年に行われたライブを収録したDVD『座禅エクスタシー』を発売。

11月25日、デビュー10周年企画の第3弾として、CD-BOX『MoRA』とDVD-BOX『MoRA』（高音質音声トラック）を同時発売。それ以外にも、『無罪モラトリアム』と『勝訴ストリップ』のアナログ盤を初回生産限定で同時発売。

11月28日から30日までの三日間、デビュー10周年を記念したソロライブ「椎名林檎 (生)林檎博'08 ?10周年記念祭?」をさいたまスーパーアリーナで開催。

2009年


3月6日、芸術選奨文部科学大臣新人賞の大衆芸能部門に選ばれる[4]。

3月11日、DVD『Ringo EXPO 08』を発売。

5月2日と3日に開催された亀田誠治総指揮によるライブイベント「亀の恩返し」の1日目に出演[48]。

5月27日、純粋なソロ名義としては約5年半ぶりのシングル「ありあまる富」を発売。この楽曲はTBS系列のテレビドラマ『スマイル』の制作スタッフからの依頼と要望を受け、ドラマのために書き下ろされたもので、ソロ名義での連続ドラマのタイアップはこれが初である[49]。

6月24日、約6年4ヶ月ぶりに4作目のオリジナル・アルバム『三文ゴシップ』を発売[50]。オリコンアルバムチャート初登場1位を獲得[51]。このアルバム収録の「二人ぼっち時間」は、6月放送のみんなのうたで放送された。

11月、江崎グリコの「ウォータリングキスミント」のイメージキャラクターに選ばれ、11月17日からは本人出演のCMの放送も開始された。椎名がCM出演するのはこれが初である[52]。CMソングには東京事変の楽曲が採用され、それぞれ採用順に「能動的三分間」・「勝ち戦」・「ドーパミント！」・「空が鳴っている」が起用された。