森永は社会民主主義の政策を推し進める事を主張している[45]。父である京一が第二次世界大戦中、海軍予備学生として招集され特攻隊員となり、特殊潜航艇・蛟龍の訓練中、広島沖で原爆投下を目撃[45][46] した経験を聞いたことが、後述の安全保障施策に対しての主張に繋がっている。いま唯一と言ってよいほど自由に物が言えるのが、書籍の世界であるとしている[47]。
経済

著書などで早くから「年収300万円時代」を予測し、ほどなくして「ワーキングプア」が社会問題として注目された。2000年代後半以降では国民の9割が年収100万円以下になる「年収100万円時代」を予測している。お金のない人間を「負け組」と呼び、低賃金で大人しく勤勉に働いてさえいればいいと言って人間性を否定する社会は間違っているとしている。この著書で、森永卓郎氏は200万部以上部数をあげて、5億円以上の印税収入を手に入れている[48]。


実質GDPでの成長は必ずしも必要なく、実質でマイナス、名目でプラスの経済成長が正常な日本の姿であり、この場合摩擦は起きないとしている[49]。

日本銀行の量的緩和政策と政府による減税および社会投資の前倒しによる景気回復を主張している。日銀の公定歩合引き上げには景気を弱めるという理由で反対をしている。また、不況下の歳出削減や特殊法人改革には「どんな理由でも景気に悪影響しか与えない」と様々な改革を批判している。

金融政策についてデフレ脱却のために日銀が100兆円単位の国債を大量購入することで市場にベースマネーを大量供給することを主張している[50]。

森喜朗政権の頃から、日銀および大蔵省・財務省の政策を一貫して批判。週刊誌のインタビューで「私を日銀総裁か財務大臣にしてくれたら、半年で景気回復させます。もしできなかったら死刑になってもいい」と豪語し、周囲の者を心配させた。

小泉純一郎が首相だった、第2次小泉内閣以降の小泉・竹中路線のメイン政策の1つであった聖域なき構造改革に反対の立場で、新自由主義や市場原理主義は構造改革の名を借りた弱者切り捨てだとして強く批判していた。

2008年自由民主党総裁選挙では、麻生太郎の公共投資による経済政策を「経済復調に最良の総裁は100%麻生さん。財政出動はバラマキだと批判されがちだが、お金がない庶民に配るのが常道だ。きちんとした景気対策を打ち出しているのは麻生さんだけ」と評価していた[51]。しかし、後年麻生が内閣総理大臣に就任し、オタク文化に理解があると報道されると「（麻生総理は）メイド喫茶やコスプレショップに立ち寄ったことが無く、オタクの味方ではなく、選挙のためのイメージ戦略」と批判した[52]。

著書『萌え経済学』ではオタク文化が日本が世界に誇る独自産業であると主張している。

日本の原発再稼働ついて「今まで原発を必要悪として認めざるをえないものと考えてきた。日本経済の失速を防ぐためには他の選択肢はない。原発の是非を考えるのは、当面の電力不足を乗り切ってからでよい」と述べ、東日本大震災直後いち早く原発のスイッチを入れろと唱え、節電の強要は日本経済の崩壊を招き震災復興のマイナスになると、原発再稼働の必要性を訴えた[53][54]。原発のコストについては「原発のコストはせいぜい火力と同程度である。それなら火力で置き換えればいいというかもしれないが、それは減価償却の問題をまるっきり無視した意見である」「再稼働しない場合、原発は燃料冷却のため電力を消費するだけの存在になるので、早急に廃炉にする必要がある。仮に廃炉費用を1基5000億円とすると、（早急に廃炉にした場合）54基で27兆円という天文学的な額が一度にかかってくる」と述べている[54]。中長期的には「ストレステストも日本の電源構成をどのようにすべきかという議論も、原発を稼働させながらすればよい。そうすれば確実に廃炉の財源が出てくる。その中で、どの原発から廃炉にすべきかという優先順位をつけて、確実に廃炉を進めていくことが一番望ましい」[55]、「安価で安定した電源に代替しながら、徐々に原子力発電所を廃止していったほうがよい」[56]、「日本の新エネルギー技術はどんどん進化していて、効率も高まっている。そうした技術を活用する中で、原発をゆるやかに安楽死させていけばよい」[57]、と述べている。

2014年の消費税増税について「失敗するのは目に見えている。消費増税が強行されれば早ければ2014年中に恐慌になる」と述べている[58]。

安倍晋三の経済政策「アベノミクス」について「アベノミクスによって恩恵を受けるのは、（輸出製造業の）大企業と株価の上昇で潤う資産家だけとなる公算が高い。デフレ脱却が図られたとしても、直ちに労働者の賃金が上がる環境にはないので、庶民の生活はすぐにはよくならない」と述べている[59]。

少子化問題

少子化問題に対して、見た目のよい男性にイケメン税を課し、不平等を是正すれば、不細工な男性も恋愛しやすくなり、結婚する人が増えると主張している[60][61]。森永の案は、イケメンの所得税は倍にする一方、容姿がすぐれていない男性の所得税は1、2割減額。所得税の最高税率は40%のため、イケメンで収入の高い人は80%になる。イケメンかどうかの判定は、無作為に選ばれた女性の評議員が多数決でする、という構想である[60][61]。