1989年（平成元年）、ミノルタカメラCMソングシングル「チャンス」を発売。同年8月にベストアルバム『Time-ize』を発売。またライブツアーは、CONCERT TOUR '89 How Are You?を全国15ヶ所。サマーコンサート、クリスマスコンサートツアーを全国3ヶ所で行う。
レコード会社移籍

1990年（平成2年）、NHKのアニメ『ふしぎの海のナディア』の主題歌を発売するため、東芝EMIに移籍した（本人が雑誌で公言）。東芝EMIに移籍しての第1弾シングル「ブルーウォーター」が、テレビアニメ「ふしぎの海のナディア」の主題歌に起用され、ヒット。さらに「声心・声力 ヴォーカル主義」で売り出しを賭けた移籍第1弾アルバムジョー・リノイエサウンドプロデュースの『Vocalization』がオリコンのウィークリーチャートで最高位4位を記録する。黒人ダンサーを引き連れての『'90 VOCALIZATION』全国コンサートツアーを開催。最終日のNHKホールでのライブ模様は『MIHO MORIKAWA SHOW』のタイトルでビデオ発売された（2007年（平成19年）にDVDでも発売）。

その後GiRLPOPで人気の代表格となり、沢田知可子、井上昌己、かとうれいこ、峠恵子らと親交を深めていく。

1991年（平成3年）、ロサンゼルスにてレコーディングのアルバム『POP THE TOP!』がオリコンウィークリーチャート4位を記録。前作に続くヒット。全国コンサートツアーも大成功を収めた。また、ABCラジオ『ミュージックパラダイス』の水曜日枠でパーソナリティーを務め、喋れるヴォーカリストとしての頭角を現す。

1992年（平成4年）、ブルボンピックルEXのCMソングとなる「翼にかえて」をリリース。本人もCMに出演。バラエティ番組『夢がMORI MORI』に出演。番組の人気コーナー・スーパーキックベースにおいては、小・中学校時代のソフトボール経験を生かした活躍で沸かせた。番組内では“スーパーキックベースシンガー”という異名をとった。また「夢MORI」コンサートにも2年連続で出演する。TBSラジオでは『今夜もフリースタイル』がスタート。全国ネットでパーソナリティを務める。

1993年（平成5年）、セルフカバーとなるアルバム『a holiday』をリリース。服部隆之らが参加し、アコースティックアレンジとなった「おんなになあれ」等7曲が収録された。

1994年（平成6年）、ロック調のシングル「傷痕」、『夢がMORI MORI』オープニング曲「恋していれば大丈夫」、アルバム『情熱の瞳』をリリース。アルバム『情熱の瞳』は佐藤準サウンドプロデュースの作品。

1995年（平成7年）、『あっ!森川だ』で東海ラジオに復帰し、音楽面では、当時流行りの打ち込み系のユーロビートダンスミュージックサウンドの「素直に笑えない」、「Close Your Eyes」をリリースする。この年から東芝EMIレコード会社制作チームTMファクトリーに籍を置く。

1996年（平成8年）、当時廃盤であったVAPレコードの音源を集めたベストアルバム『HER-BEST』を発売。新たに本人が以前からやりたかったジャンルであるラテンの作品、シングル「99 Generation」「DOMINO」、アルバム『ソリスタ』などを発表した。彼女はバーシア、グロリア・エステファンなどのラテン女性シンガーに音楽面で強く影響を受けた。

1997年（平成9年）、1998年（平成10年）、シングル「それでもみんな生きている」「Soul Generation」、アルバム『tasty』など、R&B路線の曲を発表。ブロードウェイミュージカル日本版RENTにモーリン役で出演した。
結婚と離婚

1999年（平成11年）、NHK音楽番組『青春のポップス』で[4]アレサ・フランクリンのヒットナンバー、「（You Make Me Feel Like A） Natural Woman」を歌唱しているところをたまたま見ていた、映画『007』シリーズ第19作『007 ワールド・イズ・ノット・イナフ』のプロデューサーから強いオファーがあり出演を果たす[5]。音楽では、バラードのシングル「Happiness」を発表。プライベートでは、ミュージカル「RENT」で共演したエンジェル役のKOHJIROと結婚。

2000年（平成12年）、LOST&FOUNDというボーカルプロジェクトでシングル、アルバムを発売。しかし、更にセールスは低迷し、この作品を最後に東芝EMIを離れる。8月、男児を出産。

2001年（平成13年）、蜷川幸雄演出ミュージカル「三文オペラ」に出演。所属事務所ヤマハよりシングル（「秋田ワールドゲームズ2001」イメージ曲）「風になれ?Like A Wind?」を発売する。彼女にとってはじめてのマキシシングルの発売にもなった。コーラスはKOHJIROだった。

2002年（平成14年）、2003年（平成15年）、夏に発売予定だったミニアルバムがお蔵入りになり、デビューから16年近く在籍した財団法人ヤマハ音楽振興会を離れる。プライベートではKOHJIROと離婚。本人いわく二度と結婚せずに、一生一人で生きていくと語っている[6]。
事務所移籍

2004年（平成16年）、事務所を「とらねこ」に移籍。この時期、劇団四季のミュージカル「マンマミーア」のキャストオーディションを受ける。その流れで劇団四季の演出家・浅利慶太に歌の実力でスカウトされ「アイーダ」でアムネリス役に抜擢される。

2005年（平成17年）、ヤマハ時代に繋がりのあった円広志の事務所・オフィスとんでに移籍する。

2006年（平成18年）、歌手活動20周年記念ライブを大阪・そごう劇場で開催。即日チケットは完売し、YAHOOオークションでもプレミアがついた。10月には東京渋谷DUO -Music Exchange-にて東京公演も行なわれ、こちらも即日チケットが完売した。

2007年（平成19年）2月、ティームエンタテインメントよりヒット曲「ブルーウォーター」のセルフカバー「ブルーウォーター（21st century ver.）」を発売。3月にはvivid soundよりVAP時代の全シングル曲A・B面を収録したCD「Vap Single Collection」を発売。春に、シンガー・麻倉あきらとのユニット名を公募し、DIVA×DIVA（ディーバディーバ）に決定。夏、TV東京系アニメ「史上最強の弟子ケンイチ」のオープニングテーマ曲「ヤッホー」をジェネオンエンタテインメントにて発売。現在このCDは廃盤となりオークションなどでプレミアがついている。12月、東京グローブ座にてミュージカル「GIFT」に主演。

2008年（平成20年）5月、自身の公式ホームページにて、所属事務所オフィスとんでを離脱することを発表。新たに、KT plus Entertainmentと業務提携契約を結ぶ。12月、天王洲アイル銀河劇場にてミュージカル「GIFT」に主演。

2009年（平成21年）4月、STB139スイートベイジルでLIVE。12月、東京會舘にて初ディナーショーを開催。
2010年以降

2010年（平成22年）10月、デビュー25周年記念コンサートツアー「森川伝　―美穂船じゃー!!―」を東京と大阪にて開催。東京公演のチケットは即完売した。デビュー25周年記念アルバム「glad」を10月20日に発売。12月24日に25周年記念コンサートツアーの模様も一部収録した「ガン見してんじゃねぇ!」を発売。

2011年（平成23年）5月、森川の誕生日である5月5日に「Miho Morikawa2011 LIVE?Birthday Party?　森川美穂生誕祭」を大阪ロイヤルホースにて開催（昼・夜の部の2回公演）。このLIVE映像はDVDで「Miho Morikawa2011 LIVE?Birthday Party?」（2枚組）として6月3日に発売。11月13日にライブ「もいちど、綿棒投げたいですか?!」を東京Mt.RAINIER HALL SHIBUYA PLEASURE PLEASUREにて開催。

2012年（平成24年）7月東名阪でライブツアー「森川美穂夏祭り?森川魂!!?」を開催（7月22日・梅田クラブクアトロ、28日・マウントレーニアホール渋谷プレジャープレジャー、29日・名古屋クラブクアトロ）。各公演ごとにMCもすべて収録した「お持ち帰りライブCD-R」を慣行。ホイホイレコードより発売される 7月18日、シングル「Eternal Castle」がiTunes Store、レコチョク、mu-moやdwangoなどで配信された。

2013年（平成25年）5月、バースデーライブ「Birthday Songきかせて」5月18日・東京下北沢GARDEN、19日・名古屋MUSICA、26日・大阪大阪 Club Vijon（同公演においては「お持ち帰りライブCD-R」を発売 / ホイホイレコード）の東名阪で開催。同時にファンクラブが再結成。「美穂屋」とファンクラブ名が決定した。8月、「森川美穂2013コンサート　TOKYO Summer × Autumn 森川魂Season2 今年はふたつの物語endless夏/episode秋」を8月11日東京Mt.RAINIER HALL SHIBUYA PLEASURE PLEASUREにて開催。12月、ミュージカル「心に響く音楽劇　GIFTをあなたに」主演。

2014年（平成26年）8月23日、サマーディナーライブ「MADE in MORIKAWA 30th anniversary of the people of all.And the future　アコースティックSummer 2014」を東京原宿　La Donnaにて開催。ランチの部、ディナーの部ともに好評であった。

2015年（平成27年）4月26日、70年代の楽曲カバーライブを東京赤坂NovemberEleventh1111part2で開催。デビュー30anniversaryコンサート「IT CONTINUES BEING MIHO MORIKAWA」を7月19日・新神戸オリエンタル劇場、7月26日・東京Mt.RAINIER HALL SHIBUYA PLEASURE PLEASUREにて開催。

2016年（平成28年）、ミュージシャンの小林信吾をピアニストに迎え、ピアノ一本によるカバー曲ライブ「私が愛したLove song」を4月23日大阪Mister Kelly’s（昼・夜）、4月30日東京目黒BLUES ALLEY JAPAN（昼・夜）にて開催。3月、自身のブログで所属事務所KTplusEntertainmentを3月末日で退社することを発表。ミュージシャンの塩入俊哉をピアニストに迎え、オータムスペシャルカバー曲ライブ「私が愛したLove song 2」を9月24日東京目黒BLUES ALLEY JAPAN（昼・夜）、10月2日大阪Mister Kelly’s（昼・夜）にて開催。11月30日にオリジナルニューアルバム「Life is beautiful」を発売。