その後、厚岸、伯方島、上浦、八重山の各栽培漁業センターはそれぞれ栽培技術開発センターとなり、古満目栽培漁業センターは上浦栽培技術開発センター古満目分場に、百島栽培漁業センターは瀬戸内海区水産研究所百島実験施設となった。また、都道府県の栽培漁業センターは64ヶ所につくられている。
工程
種苗生産ブリの一種の種魚（Broodfish）、 カンパチ

一般的に親と同じ形になる全長2 - 3センチメートルの稚魚期まで育てることを種苗生産という。種苗生産では親魚（英語版）と呼ばれる、卵をとる為の親の魚を用意する。親魚には天然の成魚を捕獲して用いる場合と、天然の幼魚を捕獲し飼育下で成熟させたものを用いる場合がある。卵をとる方法は自然採卵と人工採卵がある。自然採卵は飼育環境下であるものの魚自身に抱卵・放精を行わせ受精卵を得る方法で、人工採卵は成熟した親の腹部を圧縮することにより得た卵と精子から受精卵を得る方法である。人工採卵ではしばしば成熟ホルモンを用いる。得られた受精卵は適切に管理され孵化させる。孵化した仔魚が最初に食べる餌は重要でその魚にあった大きさのものでなければならない。海産魚の場合、多くの魚種で初めは小さい生きた生物を好み、種苗生産現場では大量に培養可能なシオミズツボワムシを与える。ワムシ[1]の次はアルテミアを与え、次に細かい配合餌料を与えるというのが、代表的な餌の順番であるが、魚種によって大きく異なる。

安定した種苗生産の技術開発と共に、ワムシやアルテミアを安価に大量生産する技術開発も必要不可欠であった[2][3][4]。
中間育成

種苗生産後、放流サイズまで育てる事を中間育成と呼ぶ。種苗生産で稚魚期まで育てると移動可能となること、また、魚種によっては着底し生活様式が変わることなどから、種苗生産を行っていた水槽からは移動させ、別の水槽や生簀で管理される。
種苗放流

放流する大きさは、自然界で生き残れるかと育てるコストとを考慮し、最大の効果が期待出来る大きさを決定する。大きくすれば自然界の生き残りの可能性は高くなるが、費用も多く掛かる。一方小さいと自然界の生き残りは低くなるが、同じ費用でも放流尾数を増やすことが出来る。放流する場所にはそれぞれの魚に適した場所を選ぶ。また、放流直後はパニックになり最も外敵に襲われやすい瞬間でもある。そのため、放流する時には太いホースを通し海底へと放流したり、大型の容器の中に入れ、海底までロープを下ろし、容器から逃がして放流することもある。天然魚と放流された魚とを区別したい場合は魚体には標識をつける。標識には内部標識と外部標識がある。内部標識は人体・魚体に無害な薬品で骨を染める。外部標識には鰭の切除、プラスチック製のタグ、刺青のような色素注入、焼印など様々なものが開発されている[5][6]。
放流後の管理

放流後は、商品サイズになる前に魚が漁獲されないように、放流場所周辺の漁業者や釣り人に協力を要請する。
ノルウェーにおける栽培漁業

ノルウェーでは大西洋タラの資源量減少を受けて大西洋タラの栽培漁業技術の研究が国家プロジェクトとして実施された[7]。1980年代に大西洋タラの種苗生産技術が確立され、その後は大西洋オヒョウの種苗生産等の研究が行われている[7]。
栽培漁業の対象となっている主な種類
魚類

アイナメ 香川県

アカアマダイ 京都府・島根県・山口県・宮崎県

アカハタ

アユ 岩手県・山形県・茨城県・石川県・福井県・愛知県・滋賀県・岡山県・広島県・山口県・徳島県・福岡県・大分県・宮崎県

イサキ 和歌山県・高知県・大分県

イシガキダイ

イシダイ

ウスメバル

ウナギ 島根県

ウマヅラハギ 香川県

オオニベ（英語版）

オニオコゼ 大阪府・兵庫県・島根県・岡山県・広島県・香川県・高知県・長崎県・鹿児島県

オヒョウ

カサゴ 三重県・和歌山県・兵庫県・島根県・広島県・山口県・香川県・高知県・長崎県・鹿児島県

カワハギ 宮崎県

カンパチ 宮崎県

キジハタ 大阪府・兵庫県・鳥取県・島根県・広島県・山口県・香川県・愛媛県

キツネメバル 青森県

キュウセン 香川県

キンメダイ 静岡県

クエ 静岡県・和歌山県・愛媛県・高知県・長崎県

クロソイ 北海道・宮城県・秋田県・山形県・茨城県[8]

クロダイ 山形県・神奈川県・富山県・愛知県・大阪府・香川県・高知県