かつて、柑橘類はデザイナーフーズ計画のピラミッドで2群に属しており、2群の中でも5位中3位に属する、癌予防効果のある食材であると位置づけられていた[21]。
分類（属まで）

Swingle & Reece (1967)[12]の分類を示す。なお、あくまで分類の図示であり、必ずしも系統を反映していない。

ミカン科ミカン亜科

ワンピ連 Clauseneae : 5属（略） ※非単系統[23]

ミカン連（カンキツ連）Citreae/Aurantieae

トリファシア亜連 Triphasiinae : 8属（略）

バルサモシトラス亜連 Balsamocitrinae : 7属（略） ※非単系統[23]

ミカン亜連（カンキツ亜連）Citrinae (citrus fruit tree) ※非単系統[23]

原始カンキツ類 (primitive citrus fruit tree) ※非単系統[23]

セベリニア属 Severinia

プレイオスペルミウム属 Pleiospermium

ブルキランサス属 Burkillanthus

リムノシトラス属 Limnocitrus

ヘスペレスーサ属 Hesperethusa


近縁カンキツ類 (near citrus fruit tree) ※非単系統[23]

シトロプシス属 Citropsis

アタランティア属 Atalantia


真正カンキツ類 (true citrus fruit tree) : 最も広義（6属）の「柑橘類」

エレモシトラス属 Eremocitrus

ミクロシトラス属 Microcitrus

クリメニア属 Clymenia : これ以降が広義（4属）の「柑橘類」

キンカン属 Fortunella : これ以降が狭義（3属）の「柑橘類」

カラタチ属 Poncirus

ミカン属（カンキツ属） Citrus : 最も狭義の「柑橘類」

ミカン連には、ミカン属、キンカン属、カラタチ属など、約28属（属数は分類により増減する）が含まれる。商業的に重要な種類は、ほとんどミカン属に含まれる。

狭義の柑橘類に含められるキンカン属とカラタチ属は、ミカン属に含める説があり、Penjor et al. (2014)[23]の分子系統もそれを支持する。ただし Lu et al. (2011)[24]の分子系統は、カラタチ属は真正カンキツ類の中で最初に分岐したとする。

さらに最も広義には、エレモシトラス属・ミクロシトラス属までもをミカン属に含める説がある。しかし、この2属は互いに近縁なものの、ミカン属からは比較的（クリメニア属と同程度かそれよりも）遠い[23]。
主な種類オレンジの果実レモンの果実

ウィキペディア日本語版に記事がある種類の一覧は記事末尾を参照。

柑橘類の種分類は学説により種数に大きな差がある。ここで、2つの種名を / で併記した場合は、1つ目が多くの種を認める田中による種名、2つ目が少数の種しか認めないスウィングルによる種名である[23]。
系統での分類

Penjor et al. (2013)[23]の分子系統による。

彼らによると、ミカン属は3つのクラスタに分かれる。カラタチ属・キンカン属は、ミカン属の中で各クラスタと同等の枝をそれぞれなす。クリメニア属・エレモシトラス属・ミクロシトラス属は、それら3属からは少し離れている。

田中による区のいくつかは複数のクラスタにまたがる。また、スウィングルはミカン属を2亜属 Citrus と Papeda に分けたが、この分類も系統から支持されない[23]。

ミカン属

マンダリンクラスタ

ウンシュウミカン Citrus unshiu / C. reticulata

シークヮーサー Citrus depressa / C. reticulata

アルゼリアン、クレメンティン、クレメンタイン Citrus clementina / C. reticulata

ポンカン（変種） Citrus reticulata / C. reticulata

オオベニミカン、ダンシータンゼリン Citrus tangerina / C. reticulata

チチュウカイマンダリン Citrus deliciosa / C. reticulata

キシュウミカン Citrus kinokuni / C. reticulata

タンカン Citrus tankan / C. sinensis

キング Citrus nobilis[* 1]/ C. reticulata

クレオパトラ Citrus reshni / C. reticulata

ラフレモン Citrus jambhiri / C. jambhiri

シカイカン Citrus suhuiensis / C. reticulata

ゲンショウカン Citrus genshokan / C. reticulata

イーチャンチー、ケツアシュフウ、イーチャンゲンシス、イーチャンパペダ Citrus ichangensis / C. ichangensis


ブンタンクラスタ

ザボン、ブンタン Citrus maxima / C. maxima

ナツミカン Citrus natsudaidai / C. maxima

ザンボ Citrus nanseiensis / -

キンコウジ Citrus obovoidea / C. maxima

カブヤオ Citrus macroptera / C. macroptera

コブミカン、プルット、スワンギ Citrus hystrix / C. hystrix