島式ホーム2面4線を持つ地上駅で、橋上駅舎を有する[1]。1番のりばを近鉄線、2 - 4番のりば（線路は下り通過線を含めた4線）をJR線が使用する。1番のりばは切り欠き式である。トイレは改札内にあり、多機能トイレも設置されている。有効長は1番のりばは近鉄列車2両（約45m）分、2番のりばはJR電車6両（約125m）分、3・4番のりばはJR電車8両（約165m）分。

八尾駅が管理している直営駅である。

前述の通り近鉄の駅業務はJR西日本に委託しているが、吉野口駅や伊賀上野駅と異なり、1番のりばの駅名標は近鉄仕様となっている。
のりば

路線方向行先
1N 近鉄道明寺線上り道明寺方面[10]
2・3 大和路線下り天王寺・JR難波・大阪方面[11]
3・4上り王寺・奈良方面 / 高田方面[11]


上表の路線名は旅客案内上の名称（愛称）で表記している。

2番のりばは下り待避線であり、2・3番のりばの間の通過線の下り本線にはホームはない。3番のりばは上り待避線、4番のりばは上り本線である。3番のりばは、天王寺方面から当駅止まりの普通電車の折り返しにも使用される。

改札口

ホーム

東口

駅舎橋上化工事

かつては地上駅舎を持ち、改札口は1・2番のりばに接続する西口と、3・4番のりばの線路を挟んだ所の東口があり、各改札口と3・4番のりばは跨線橋で連絡していた。エレベーターもエスカレーターもなく、跨線橋は改札内であるために西口と東口間を外部から通り抜けすることができず、数百メートルほど北にある踏切（西一番踏切）または併設の歩道橋を渡らなければ、反対側へ行けなかったことから、橋上駅舎の工事が進められてきた。

そして2007年（平成19年）3月24日、西口側の新しい出入口と改札口がほぼ完成したことにより橋上駅舎の仮営業が開始された（東口側には仮設階段が設置）[8]。東口側の新しい出入口は同年7月の完成を目指していたが、11月29日にようやく使用を開始した[12]。これは当初の計画通りエスカレーターおよびエレベーターを設置すると隣接道路が狭くなるため、着工直前に出入り口が旧東口付近になるように変更する必要性が出たためである。

2008年（平成20年）に入り、西側ではアゼリア柏原と橋上駅舎を結ぶペデストリアンデッキが完成[13]。東側でもようやく歩道の整備などを含めた工事が終了した。西側においてはペデストリアンデッキ完成後もバス乗り場を含めたロータリー整備工事が漠然と続いていたが、それも2009年（平成21年）暮れまでに終了した。その一方で、西一番踏切のすぐ北側にあった歩道橋は、橋上駅舎完成から5年3か月後の2013年（平成25年）2月5日限りで、老朽化と利用者減少の理由で撤去工事により取り壊された。
近鉄線の利用について

2007年（平成19年）4月1日から近鉄でもICOCA・PiTaPaが使えるようになった[14]が、JR線と近鉄の互いの乗り換えの際は、ホーム上にある中間改札機にタッチする必要がある。また、当駅から近鉄を利用する場合または近鉄線を利用し当駅で下車する場合、自動改札機と簡易改札機の2つ両方にタッチする必要がある。
ダイヤ
大和路線
当駅折り返し列車

後述するように、開業から1年余りは終着駅であった事に加え、当駅より奈良方は山間部に入り利用客が減少するため、当駅折り返しの普通が朝ラッシュ時と夕方・夜の時間帯に設定されている。

国鉄時代から1995年（平成7年）9月29日までは日中も当駅折り返し便があり、天王寺駅 - 当駅間が10分間隔、当駅 - 王寺駅間が20分間隔で運行されていた。高井田・三郷方面への利便性向上から1995年9月30日の改正で当駅折り返し系統の大半が王寺駅折り返しに延長されたが、福知山線脱線事故によるダイヤ見直しで2006年（平成18年）3月18日のダイヤ改正で日中の半数は当駅折り返しに戻された（ただし1995年以前の王寺行きに当たる電車は、王寺より先の奈良まで運転する便となっていた）。2011年（平成23年）3月11日のダイヤ改定でほぼ現在の形になっている。

2008年（平成20年） - 2022年（令和4年）まで、当駅始発のJR難波行き快速列車が設定されていた。2008年のおおさか東線開業に伴い、平日の朝ラッシュ時に奈良発快速JR難波行きの一部がおおさか東線経由直通快速尼崎行きに変更されたが、天王寺・JR難波方面に向かう利用者にとっては実質減便となるため、久宝寺駅で直通快速に接続する快速JR難波行きが当駅始発として平日の7時台に3本設定された。末期の2019年以降は直通快速の運転時間帯が繰り上げられ、従来の時刻では久宝寺駅で接続できないことから1本が減便された（繰り上げられた直通快速には、代替として高田発の快速が久宝寺駅で接続するダイヤが組まれた）。
待避列車

朝夕は普通列車が当駅で快速列車の待避を行う。朝夕は快速およびおおさか東線直通の直通快速が運転され、快速列車が続行運転となることもあるため、2本の快速列車の通過待ちを行う普通もある。

1996年（平成8年）3月16日のダイヤ改正から2011年（平成23年）3月11日までの日中ダイヤでは、快速高田行きが当駅で普通奈良行きを追い抜いていた。