1996年、コロンビア大学の大学院入試に失敗し米国留学を断念[6][7]。1998年、ほしおさなえと学生結婚。1999年3月、東京大学大学院総合文化研究科超域文化科学専攻博士課程修了。博士（学術）。学位論文は「存在論的、郵便的：後期ジャック・デリダの思想と精神分析」。 博士号取得後、日本学術振興会特別研究員（PD、1999年3月 - 2002年3月）、慶應義塾大学文学部非常勤講師（2002年4月 - 2004年3月末）として大学に籍をおきつつ、2000年代以降の社会思想の潮流として、インターネット・情報社会・サブカルチャーに関心を寄せる。2000年3月、公式サイト「hirokiazuma.com」を開設。2001年11月、『動物化するポストモダン』を発表[8]。「データベース消費」「動物化[注釈 4]」といった概念を提起。2003年、経済産業研究所のリサーチアシスタントに就任し、「デジタル情報と財産権」に関する研究会に参加[9]。2003年5月から2006年までスタンフォード日本センター（SJC）リサーチフェロー[注釈 5]を務める。 2003年4月国際大学グローバル・コミュニケーションセンター（GLOCOM）に主任研究員・助教授として就任。GLOCOMの東浩紀研究室にて「ised」（情報社会の倫理と設計についての学際的研究）[10]を立ち上げ、情報社会に関する研究に取り組む[11]。2004年9月、GLOCOM主幹研究員。11月、同教授に就任。2006年4月から6月までGLOCOM副所長。2004年4月から翌年3月まで、東京大学大学院情報学環・学際情報学府客員助教授を兼任。2006年7月末、国際大学グローバル・コミュニケーションセンター教授・主幹研究員を退職。 2005年10月、東京工業大学世界文明センター人文学院特任教授となる。2007年4月からは特任教授を継続しつつ、東京工業大学世界文明センター人文学院ディレクターも兼務。2007年3月、それまでのエッセイや論考をまとめ、3つの論文集（東浩紀コレクション）を講談社「講談社BOX」から相次いで刊行。2009年1月、東京工業大学世界文明センターで開かれた公開シンポジウム「アーキテクチャと思考の場所」にて司会者を務める。 2010年4月、早稲田大学文学学術院講師（任期付き）に就任、同時に合同会社コンテクチュアズ（後の株式会社ゲンロン）を創立。代表取締役社長に就任。同年5月には、自身初となる長編SF小説『クォンタム・ファミリーズ』（新潮社）で第23回三島由紀夫賞を受賞。同年10月には、合同会社コンテクチュアズより『思想地図β vol.1』 を刊行。翌2011年1月末、合同会社コンテクチュアズの代表に就任。 2012年4月、合同会社コンテクチュアズを株式会社ゲンロンに社名変更。2013年3月末、早稲田大学文学学術院教授を退職。2013年以降、活動の主軸を、自身が創業した株式会社ゲンロンにおく。2015年、批評誌『ゲンロン』を創刊、責任編集を務める。.mw-parser-output .templatequote{overflow:hidden;margin:1em 0;padding:0 40px}.mw-parser-output .templatequote .templatequotecite{line-height:1.5em;text-align:left;padding-left:1.6em;margin-top:0}アカデミズムの自閉を逃れ、かといってジャーナリズムになりきることもない、そのような両義的な言葉──ミハイル・バフチンであればポリフォニーと呼んだであろうもの──は、かつてこの国では「批評」と呼ばれていた。（中略）本誌は、その復活を目的として創刊されている。—東浩紀、批評誌『ゲンロン』創刊にあたって、2015年[12] 2017年、『ゲンロン0―観光客の哲学』で第71回毎日出版文化賞受賞[13]。2018年12月より、代表取締役を上田洋子に交代し、株式会社ゲンロンの代表を退く。2017年10月、あいちトリエンナーレ2019の企画アドバイザーに就任するが、2019年8月に辞任。2019年6月、映像配信プラットフォームを提供・運営する合同会社シラス設立、代表取締役就任[14]。
ポストモダン研究 (1999年~2013年)
「ゲンロン」の創業 (2013年~)