日本の人口の3割強が住む首都圏に多くの在来線の営業路線を持ち、通勤・通学など東京とその周辺での旅客輸送を主力とする。首都圏の在来線以外にも東北新幹線・上越新幹線・北陸新幹線（上越妙高駅以東）及びミニ新幹線の秋田新幹線・山形新幹線などの複数の新幹線を運営しており[9]、首都圏と東日本各地の長距離輸送を担っている。

1日の平均輸送人員は約1,659万人（2010年度実績）、年間の売り上げは2兆7,000億円近く（連結）に上り、そのうち1兆1,153億円が関東圏の通勤・通学路線[注釈 4]の運輸収入、4,909億円が新幹線の運輸収入である（2007年度）。

2023年3月1日時点の路線の営業キロは計7,302.2 km（BRT区間除く）[10] で、JRグループ各社の中で営業路線は最長であり、2023年3月1日時点の社員数は41,147人[2]とJRグループの中では最も多く、日本最大の鉄道事業者である。JRグループで完全民営化した西日本旅客鉄道（JR西日本）、東海旅客鉄道（JR東海）、九州旅客鉄道（JR九州）との4社中では最も早い、2002年に完全民営化を果たした。

ドル箱路線である山手線の駅を筆頭に、新宿駅や渋谷駅などの世界的な乗降客数を有する駅を多数運営しているうえ、国鉄分割民営化時に国鉄が所有していた不動産などの優良資産や国鉄関連会社株を多く引き継いだ。2018年時点での土地保有額では鉄道会社の中でJR東海に次いで2位、全産業中5位である[11]。一方で、人口の少ない東北地方を中心に、多数の赤字ローカル線を抱えている[12]。

JRグループ各社の中では早くから大手私鉄のように鉄道事業以外の事業（非鉄道事業）に進出する多角化を積極的に行っている。JR東日本は鉄道以外の事業を「生活サービス事業」と分類しており、その内容は駅の構内売店や近接するショッピングセンター、オフィスビル運営、ホテル、広告、住宅など多岐にわたる[13]。詳細は「関連会社」や「住宅事業」の節も参照。

2000年代後半における事業の柱は以下の3つである[14]。

鉄道事業

生活サービス事業 - エキュート、Dilaといった駅構内（駅ナカ）の商業施設の開発・営業や、不動産業など。

Suica事業 - 交通系ICカード「Suica」を電子マネー化し、これを媒介とした他業種との連携など。これによって手数料の徴収や、クレジットカードとの提携によるSuicaの利用機会の拡大が見込め、Suicaの利用機会が乗車券としてなど駅という限られた範囲から小売店などへ広がることになる[14]。2013年の全国相互利用サービスにより利用可能範囲も拡大。Suicaカードの発行枚数は8000万枚を超え[15]、モバイルSuicaの利用者数も2000万人を突破した[16]。

クレジットカードについては、2010年1月31日まで自社で直接、「ビューカード」を発行していた。このため、JR東日本自体が貸金業登録をしている（関東財務局長（5）第00945号）。同年2月1日にビューカード事業はJR東日本子会社の株式会社ビューカードに移管された。

生活サービス事業のオフィス事業としてオフィスビル運営のほか、シェアオフィス事業「STATION WORK」を全47都道府県で展開している[17]。

また鉄道沿線の振興とCSRを兼ねた取り組みとして、地方の物産や観光資源を首都圏などに紹介する「地域再発見プロジェクト」[18]と、子育て支援事業「HAPPY CHILD PROJECT」[19]を展開している。

東日本大震災後に大船渡線と気仙沼線で導入されたBRT事業ではJR東日本が事業主体となり、運行に関する業務を地元のバス事業者に委託する形で運営している。JR東日本が乗合バスを運行する事業者となったのは1988年にジェイアールバス関東、ジェイアールバス東北にバス事業を分離して以来である。
事業所

2022年10月1日現在[20].mw-parser-output .locmap .od{position:absolute}.mw-parser-output .locmap .id{position:absolute;line-height:0}.mw-parser-output .locmap .l0{font-size:0;position:absolute}.mw-parser-output .locmap .pv{line-height:110%;position:absolute;text-align:center}.mw-parser-output .locmap .pl{line-height:110%;position:absolute;top:-0.75em;text-align:right}.mw-parser-output .locmap .pr{line-height:110%;position:absolute;top:-0.75em;text-align:left}.mw-parser-output .locmap .pv>div{display:inline;padding:1px}.mw-parser-output .locmap .pl>div{display:inline;padding:1px;float:right}.mw-parser-output .locmap .pr>div{display:inline;padding:1px;float:left}水戸東北本部盛岡秋田新潟長野 JR東日本の本社（）と支社（）
本社および本社附属機関

名称所在地（最寄駅）
本社東京都渋谷区代々木二丁目2番2号 JR東日本本社ビル（新宿駅）
JR東日本研究開発センター埼玉県さいたま市北区日進町二丁目479番地（日進駅）
JR東日本総合研修センター福島県白河市十三原道下1番1号（新白河駅からバスで15分）
JR東京総合病院東京都渋谷区代々木二丁目1番3号（新宿駅）
JR東日本健康推進センター東京都品川区広町一丁目1番19号（大井町駅）

支社および支社附属機関

名称所在地（最寄駅）
首都圏本部東京都北区東田端二丁目20番68号（田端駅）
横浜支社神奈川県横浜市西区平沼一丁目40番26号（横浜駅）
八王子支社東京都八王子市旭町1番8号（八王子駅）
大宮支社埼玉県さいたま市大宮区錦町434番地4（大宮駅）