駅は武蔵野台地の東端、豊島台に位置し、上位から関東ローム層、段丘礫層、東京層、上層層群に覆われており、粘性土は硬く、砂質土も極めて締まった状態である[11]。駅周辺の表層地盤増幅率も低い[注 2]。
都営地下鉄

島式ホーム1面2線を有する地下3層（一部2層）の地下駅。新宿七丁目交差点を中心に、職安通り・抜弁天通りの直下に位置する。ホーム長137m、幅8m、深さは18.3mで大江戸線平均 (22.3m) よりも浅く[12]、開削工法で築造された[13]。

大江戸線は、公募プロポーザル方式により各駅で異なる建築家が設計しており[14]、東新宿駅はマナベ建築設計事務所が手がけている。駅のデザインのキーワードは「光」と「斜光」で、地下空間に地上の自然光を演出している。「ゆとりの空間」には、渡辺豊重作の「あすをあなたに (TOMORROW FOR YOU)」が置かれている。
のりば

番線路線行先[15]
1 都営大江戸線新宿西口・都庁前・（都庁前のりかえ）光が丘方面
2飯田橋・両国方面

（出典：都営地下鉄:駅構内図）
東京メトロ

明治通りの直下、新宿七丁目交差点と大久保二丁目交差点の間に位置する。上下2層式、各層に島式ホーム1面2線を有する2面4線の構造である。ホームの位置は上層（地下5階）が渋谷方面、下層（地下6階）が池袋方面となる。上下2層に分けられた理由は、同一階層で2面4線の構造にすると明治通りの道幅に収まらなくなるためである[11]。新たに建設された副都心線の池袋 - 渋谷間では最も深い駅に該当する[16]。駅中心部における地表からレール面までの深さはB線（池袋方面）は35.4m、A線（渋谷方面）は29.2 mとなり、東京メトロ全駅では4番目に深い駅（B線ホーム）に該当する[16]。

駅の北側（大久保通りとの交差部分）は、電力などのライフラインが多く埋設されていることから非開削（パイプルーフ工法）で建設されており、そのため地上への出入口が駅の中央と南側（新宿七丁目側）に位置しており、駅北端の大久保通り沿いにはエレベーターのみが設置されている[17]。大江戸線との連絡通路も駅南端に位置する[17]。

駅のデザイン・コンセプトは「つつじ」と「アクティブ」であり、ステーションカラーにはつつじの薄紅が採用され、ホームの壁面やベンチのデザインにもつつじの花が使われている[18]。かつて駅にほど近い地区が「つつじの里」（鉄炮組百人隊の武士たちが内職でつつじを栽培していた）として知られており、現在は、「商業地域であると同時に、住宅地でもあり、多種多様な地域性が融合し、活気に満ちている（アクティブ）地域性」[19] から、設定されたものである。地下4階では中山ダイスケの作品「新宿躑躅」を見ることができる[20]。

当駅では優等列車の追い抜きが行われており、当初は、ホームドアが待避線側にのみ設置され、通過線側には壁が設置されていた。よって、優等列車の待避の有無に関係なく、当駅に停車する列車はすべて待避線側に入線していた。ただし、通過線側の壁は一部が開閉可能な構造になっており、異常時には通過線側からも乗客がホームに脱出できる構造とされていた[21]。この通過線側の壁は、平成27年度事業計画で、交互発着機能の付加により遅延対策を図るとされ[22]、2015年5月末までに撤去され、現在のホームドアが設置された。2015年5月30日より、通過線側のホームも供用開始されたことで、各方面とも1面だったホームが各2面に拡大し、スムーズな運行による安定輸送の向上が図られることになった[10]。
のりば

番線路線行先[23]
1・2 副都心線渋谷方面
3・4和光市・森林公園・飯能方面

（出典：東京メトロ:構内図）

8両編成の列車は、各ホームとも進行方向前寄りに停車する。

1・3番線が主本線、2・4番線が待避線である。主本線は両線とも進行方向左側（車両の右側のドアが開く）、待避線は同右側（左側のドアが開く）にあり、そのためA線では東から1番線・2番線となっているのに対し、B線では東から4番線・3番線となっている。

発車メロディ

開業当初からスイッチ制作の発車メロディ（発車サイン音）を使用している[24][25]。

番線曲名作曲者
1きらめくホーム[注 3]福嶋尚哉
2花咲く街角
3風を感じて[注 4]山崎泰之
4春の翼福嶋尚哉

利用状況

開業以来、利用者数は増加を続けており、副都心線開通後も、都営地下鉄・東京メトロともに利用者数の大幅な増加が続いている。

都営地下鉄 - 2022年度の1日平均乗降人員は31,429人（乗車人員：15,848人、降車人員：15,581人）である[都交 1]。開業当初の乗車人員の見込みは18,000人であったが[26]、1日平均乗降人員は2008年度が18,231人、副都心線開通で乗換駅となった2009年度が19,550人に増加しているなど、近年は増加傾向にある。

東京メトロ - 2022年度の1日平均乗降人員は35,204人である[メトロ 1]。東京メトロ全130駅中92位。そして、東京メトロにおける1日平均乗降人員も2009年度は16,152人（前年度比19.8%増）、2010年度は18,375人（前年度比13.8%増）となり、東京メトロ全駅で最も高い増加率を見せている。ただし、副都心線内で地下鉄同士の接続のある駅の中では最少。

年度別1日平均乗降人員

開業以降の1日平均乗降人員は下表の通りである。

年度別1日平均乗降人員[乗降データ 1][乗降データ 2]年度都営地下鉄東京メトロ
1日平均
乗降人員増加率1日平均
乗降人員増加率
2003年（平成15年）12,7615.3%未開業
2004年（平成16年）13,3234.4%
2005年（平成17年）13,8924.3%
2006年（平成18年）14,5234.5%
2007年（平成19年）15,9159.6%
2008年（平成20年）18,23114.6%13,485
2009年（平成21年）19,5507.2%16,16019.8%
2010年（平成22年）20,6315.5%18,38113.8%
2011年（平成23年）21,5524.5%20,1889.8%
2012年（平成24年）25,06316.3%23,76317.7%
2013年（平成25年）29,92219.4%29,76425.3%
2014年（平成26年）34,88716.6%34,87117.2%
2015年（平成27年）38,0559.1%37,9488.8%
2016年（平成28年）39,8204.6%39,6574.5%
2017年（平成29年）41,5604.4%41,6955.1%
2018年（平成30年）42,6292.6%43,4974.3%
2019年（令和元年）42,014−1.4%43,7470.6%
2020年（令和02年）[都交 2]27,925−33.5%[メトロ 2]29,092−33.5%
2021年（令和03年）[都交 3]28,2801.3%[メトロ 3]30,1393.6%
2022年（令和04年）[都交 1]31,42911.%[メトロ 1]35,20416.8%