主な運行開始の理由としては、JR東日本の湘南新宿ライン運行開始に先立ち、その対抗手段としての渋谷駅 - 横浜駅 - 桜木町駅（当時）間における競争力強化である。また、2000年8月6日のダイヤ改正より武蔵小杉駅 - 田園調布駅間において複々線の併用が開始（目黒線の開業）されたことで東横線のダイヤに余裕が出たことに加え、同日から急行が多摩川駅に停車するようになった。その結果、ダイヤ改正当時の急行通過駅（12駅）と同停車駅（11駅）の比率が逆転し、停車駅数が通過駅数を上回るようになった上、同駅・田園調布駅・自由が丘駅と3駅連続停車が生じたことや到達時間が延びたことで、利用客からクレームが頻発し（ほぼ1駅おきに停車することから、各駅停車をもじって「隔駅停車」と揶揄された[91][92]）、新たな上位速達列車の導入を求められたことなどが挙げられる。

2016年3月26日のダイヤ改正で、東横線・みなとみらい線内特急・副都心線内急行・東武東上線内急行（2023年3月18日のダイヤ改正以降は快速急行）・西武線内快速急行の組み合わせとなる列車には「Fライナー」の愛称が付与されている[59][93][60]。
特急の歴史

2001年3月28日のダイヤ改正より渋谷駅 - 桜木町駅間で運転を開始した[34][35]。当時は平日朝ラッシュ時間帯には運転されていなかった。東急での特急列車の設定はこの時が初めてである。

当時の停車駅：渋谷駅 - 自由が丘駅 - 武蔵小杉駅 - 菊名駅 - 横浜駅 - 桜木町駅[34]


特急運行開始から短期間、キャンペーンのために8000系の先頭車前面に青地に桜をデザインした「特急」と表記された絵文字ヘッドマークを掲出して運転していた。運行開始当初は『サザエさん』によるPRが行われていた。

2003年3月19日のダイヤ改正より、中目黒駅が新たに特急停車駅となった[41]。目黒区総合庁舎の移転や同駅周辺の再開発事業が進み乗降客数が増えたことと、日比谷線との乗り換えを考慮したからである[94]。また、平日ダイヤにおいては朝ラッシュ時間帯が一段落する9時台からの運転であったが、このダイヤ改正からは平日早朝にも運転されるようになった。

2004年10月11日より利用促進の一環として「東横特急」の愛称が与えられ、同時にPR作戦も開始された[95]。これは5日後の10月16日のJR東日本のダイヤ改正で湘南新宿ラインを大増発するということに対抗するものであり、駅や車内のポスター、パスネットで「T⇔Y 東横特急 TOYOKO LIMITED EXPRESS」という図柄が使われた。さらに、PR作戦では同時にキャッチフレーズも与えられ、2004年10月11日の開始時点では「街と街の、どまんなかへ」だったが、2006年3月18日のダイヤ改正からは「街のまんなか、東へ横へ」となっている。なお、「東横特急」は東急の登録商標（登録番号第4857386号）である。

2008年1月13日に運転された「さようなら8000系臨時特急」では、運行開始初日に一番列車に充当した8000系8017Fによって運転され、通常停車しない元住吉駅にも停車した。

2008年6月22日のダイヤ改正で、平日朝と夕方以降はすべて通勤特急に置き換えられたため、平日に特急が運転される時間帯は日中のみとなった。

2020年3月14日のダイヤ改正で、平日朝の上りに1本増発され、12年ぶりに平日において、日中時間帯以外の運行が復活した。

通勤特急

平日の朝夕ラッシュ時間帯と夜間に特急の代わりとして運転される速達列車。特急と同様10両編成で運転される。特急停車駅に加え、日吉駅とみなとみらい線の馬車道駅・日本大通り駅に停車し、自由が丘駅と菊名駅で各駅停車に連絡する。土曜・休日ダイヤでの運行はない。夜間の一部列車を除き東京メトロ副都心線に直通し、直通先の副都心線内では主に急行・通勤急行となる。東上線内は主に普通（一部急行）、西武有楽町線・池袋線内は主に快速（一部快速急行・準急・各駅停車）となる。

東横線内の停車駅 : 渋谷駅 - 中目黒駅 - 自由が丘駅 - 武蔵小杉駅 - 日吉駅 - 菊名駅 - 横浜駅

車両の行先表示や、駅構内に設置されている一部の発車標では、表示スペースが狭いこともあり「通特」と省略の上で表示されている。また、英語表記は「Com. Exp.（=通勤急行）」「Commuter Limited Express」などの表記揺れがあり、統一されていない。
通勤特急の歴史

2003年3月19日のダイヤ改正より運転を開始し、運行開始当初は桜木町（後に元町・中華街）発渋谷行が平日朝ラッシュ時間帯に4本、平日17時から20時30分まで15分間隔で渋谷を発車する桜木町行き（2004年2月1日からは元町・中華街行き）が15本設定されていた[41]。

2006年

3月18日のダイヤ改正より、平日朝ラッシュ時間帯における急行（上下線）の一部、朝7時台の元町・中華街発渋谷行き特急1本、17時から20時30分まで横浜駅に発着する特急渋谷行き15本を通勤特急にそれぞれ変更した。

9月24日のダイヤ改正より、21時台と22時台に渋谷駅を発車する元町・中華街行きの3本を増発した。


2007年

8月23日のダイヤ改正より、目黒線の延伸工事に伴い日吉駅の待避線が使用停止となったことから、それまで一部の通勤特急が同駅で行っていた緩急接続を廃止し、代替として元住吉駅で各駅停車を追い抜く運用に変更された。

11月29日から12月21日までの毎週木・金曜日に、渋谷発元町・中華街行を2本増発した。増発したのは渋谷駅23時19分発と23時52分発であった。翌2008年と2009年の同期間においても同じ時刻で臨時の通勤特急が運転された。


2008年6月22日に目黒線日吉延伸と同時に実施されたダイヤ改正（平日ダイヤは翌23日）で、平日始発から9時台前半までと17時から終電までに運行されている特急（上下線）をすべて通勤特急に置き換えた。これは、横浜市営地下鉄グリーンラインの開業および目黒線の延伸開業に伴い、日吉駅における利便性を向上させるためである。