しかし、強固なバリケードと、上部階からの火炎瓶やホームベース大の敷石の投石、ガソリンや硫酸といった劇物の散布など、学生の予想以上の抵抗に遭った。警察側の指揮官佐々淳行（警視庁警備部警備第一課長・当時）は「なるべく怪我をさせずに、生け捕りする」ことを念頭に置き封鎖解除を進めたために、全共闘学生への強硬手段をとれない機動隊は苦戦を強いられたと記している[4]。ただし、機動隊は催涙弾を装填したガス銃を学生に向けて発射しており[5]、そのために学生側には負傷者が複数発生した。また学生側の島泰三は、警察側の攻撃計画が「建物を攻略する城攻めには驚くほど無知」で「実にずさんだった」と評している[6][注釈 4]。午後5時40分警備本部は作業中止を命令。18日の作業は終了した。

なお、午後には神田地区（お茶の水付近）で「全都学生総決起集会」が呼応する形で開かれ、デモ隊を組織して街頭で機動隊と衝突している。デモ隊は東大を目指したが、本郷三丁目駅付近まで到達したのが限界で、午後9時には解散した[8]。
封鎖解除2日目

1月19日午前6時30分、機動隊の封鎖解除が再開された。2日目も全共闘学生の激しい抵抗があったが午後3時50分、突入した隊員が三階大講堂を制圧し午後5時46分屋上で最後まで暴力的手段をとり抵抗していた全共闘学生90人を検挙。東大安田講堂封鎖解除は完了し機動隊は撤収した。なお全共闘学生による投石や劇物の散布などにより多数の警察官が重軽傷を負った。

その後の新左翼諸党派のこの闘争に対する総括においては、「全共闘などの学生運動、大学闘争は世界革命において全く労働者などの現場の視点を捉えず、至ってプロレタリア性を帯びないプチブル的なものであった」と（主に共産同など）位置づけた。
関連人物
大学側

加藤一郎 - 東京大学総長代行。のち、総長に就任。

大内力 - 経済学部長、東京大学総長代行代理。

向坊隆 - 工学部長、執行部員。のち、総長に就任。

平野龍一 - 法学部長、執行部員。のち、総長に就任。

藤木英雄 - 法学部教授、執行部員。

林健太郎 - 文学部長、執行部員。1968年（昭和43年）11月4日から11月12日まで全共闘に監禁され事件となった（林健太郎監禁事件）。のち総長に就任。

小林隆 - 医学部長。

大田堯 - 教育学部長。のちにこの事件に対する責任感から大学を早期退官し、都留文科大学学長。

学生側

山本義隆 - 東大全学共闘会議議長。現駿台予備学校物理科講師。

今井澄 - 安田講堂防衛隊長。のち、参議院議員（社会党→民主党）。

米田隆介 - 安田講堂守備隊長。明治大学生。

瀧澤征宏 - 工学部列品館防衛隊長。明治大学生。

三井一征 - 反帝学評議長。最後（1978年）まで裁判を続けた1人。

鈴木正文 - 慶應義塾大学生。元「GQ」編集長。

若尾光俊 - 慶應義塾大学生。東大紛争中に旧友の海江田万里と再会。のちにその秘書。

島泰三 - 本郷学生隊長。現在は類人猿研究者。

仙谷由人 - 立て篭もりには加わらず、立て篭もり学生らを支援する「弁当運び」をしていたとされる[9]。のち弁護士、衆議院議員（社会党→民主党）、第78代内閣官房長官。

町村信孝 - ノンポリの学生グループに所属し、この紛争の激化を止めるように行動したが警察が介入する事態に至り東大構内から撤収する。のち、衆議院議員、外務大臣、第75代内閣官房長官、衆議院議長。

警察側

後藤田正晴 - 警察庁次長。のち、警察庁長官、内閣官房長官、副総理兼法務大臣

秦野章 - 最高警備本部長（最高責任者）、警視総監。のち、法務大臣

下稲葉耕吉 - 最高警備本部幕僚長兼総合警備本部長（現場指揮担当）、警視庁警備部長、警視長。のち、警視総監、法務大臣。

佐々淳行 - 総合警備本部幕僚長（現場指揮担当）、警視庁警備部警備第一課長、警視正。のち、あさま山荘事件警備において、総括・警備実施・広報担当の幕僚長を務める。のち、防衛施設庁長官、初代内閣安全保障室長。

石川三郎 - 第一機動隊長。警視。のち、あさま山荘事件警備の際、統括指揮を担当

宇田川信一 - 警視庁警備部警備第一課課長代理（現場情報担当）。のち、あさま山荘事件警備の際、コンバット・チームを指揮。のち、警視庁警察学校長。

小林茂之 - 警視庁警備部警備第一課課長代理（機動隊連絡担当官）。のち、あさま山荘事件警備の際、特科車輌隊長。

楢島文穂 - 現場警備本部長（現場指揮担当）、本富士警察署長、警視。

細井為行 - 第五機動隊中隊長。のち、弁護士。

補足

警視庁の記録によると、この日の封鎖解除で検挙された学生633人のうち、東大生はわずか38人であったという。ただしこれについては、全共闘側の関係者（今井澄、島泰三）から異論が出ており、島は公判で起訴された東大関係者（54名）の数と、全体の逮捕者と起訴された者の比率等から、80名から100名程度の東大関係者が、東大構内に立て籠もったと推定している。

さらに、秩父宮ラグビー場における七学部学生集会粉砕闘争で、駒場共闘の中心メンバーが100人以上逮捕されていることも考慮しなければならない。他大学では明治大学、中央大学、日本大学、法政大学の大学生が多かった。また高校生で唯一、神奈川県立相模原高等学校の高校生が検挙されている。

東大全共闘の一部と革マル派は、封鎖解除前日の17日「兵力温存」を理由に大学構内から脱出、当日抵抗していたのは他セクトと地方を含む他大学からの応援部隊が中心であった。革マル派は、後日他セクトから「日和見主義」などの批判を受け、他セクト（特に中核派）との対立を深める結果となった。

東大紛争期間中には、構内の建物を占拠した学生によって、丸山眞男をはじめとする碩学が吊し上げられたり、教授室などが滅茶苦茶に破壊され、明治以来の貴重な原書が燃やされてストーブ代わりになるなどの蛮行がなされた。理学部二号館を占拠した学生は、1968年12月24日の乱闘に際して、地質鉱物学科の鉱石標本や化石標本などを武器として投じ、紛失させた[10][注釈 5]。