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東京は過密状態にある。人口密度は2020年4月時点のデータで6,381人/km2で[31]、日本で最も高い。

都心に通勤・通学する人々は、往々にして通勤ラッシュに遭遇することになる。特に高度経済成長期には300%ほどあった乗車率は、近年[いつ?]では輸送力増強や時差通勤、労働人口の減少などの影響によって2009年度以降は平均混雑率が170%となった[要出典]。朝には、乗客が列車に乗り切れず、駅員が乗客を列車の中に押し込む状態が続く。

また、感染症の問題は江戸時代の安政期に狐狼狸（コロリ）が流行したときからこの都市に付きまとっている問題でありつづけている。2020年の新型コロナウィルスのパンデミックが起きると、日本の中でも東京での感染状況が突出して悪い状態になり、厳戒態勢を敷かざるを得なくなり、東京は以前の活気を失った。東京の感染率（10万人当たりの感染率）は47都道府県の中で最も高い（2020年7月時点の統計）[注釈 10]。7月には新宿のホストクラブや[32]、劇場でクラスターを発生させた[33]。どちらの施設も、感染症対策を十分にとっていなかったことが指摘されている[32][33]。7月16日には国会に東京大学先端科学技術研究センターの児玉龍彦名誉教授が招致され、東京が新型コロナウイルスのエピセンター（感染の発生地、震源地）と化しつつある、と指摘し、東京発の感染のさらなる拡大に警鐘を鳴らした[34]。

その他にも、東京は都市として緑（樹木）の割合が他の諸都市と比べて極端に低すぎる問題もある。樹木の率は英語で「percentage of (public) green[35]」と言い、都市計画に携わる人々の間では世界各国で重視されている概念である。都政ではこれを分かりやすく「みどり率」と表現し、行政的な課題として対処中[36]。この他にも東京は課題が山積状態である[注釈 11]。
東京の都市問題や都市政策に関する研究の歴史

日本では戦後の1960年代に高度経済成長とともに、特に東京が最大の焦点となる大都市問題が大きな問題として浮上し[38]、学問の世界では都市社会学の重要の課題になり[38]、行政の世界では1962年の全国総合開発計画において東京などの過密・過集積が解決すべき問題となり[38]、1969年の新全国総合開発計画に向けて、経済学や建築学の専門家も参加し議論が深まっていった[38][注釈 12]。

1970年代には学術界ではやや言及が減った[38][注釈 13]。1980年代になるころから再び東京の都市問題に関する議論は急増し、特に財政学の専門家からの発言が増え、また行政担当者の執筆によるものや労働組合も参加したものなど、都市行政の実務者による研究が増えた[38]。

なお1960年 - 1970年代あたりから諸外国における都市問題研究の紹介や、文献類の日本語への翻訳が行われるようになり[38]（たとえばフーバー、バーノン共著『大都市の解剖』東京大学出版会、1965年[注釈 14]、R・バーノン著『都市問題とは何か』鹿島出版会、1971年[注釈 15]）、その知見や手法が日本人にも知られ活用されることにも繋がってゆき東京の都市問題の考察・分析にも活かされてゆくことになった。