JR東日本の駅は各路線の線路とホームはほぼ南北方向に伸びているが、成田新幹線計画の名残である地下の京葉線ホームのみ他線と遠く離れ[15] ほぼ東西方向に伸びている（後述）。出入口は東西南北に設けられており、西側を丸の内口、東側を八重洲口、北東側を日本橋口、南側を京葉地下出口と称している。

東西の駅舎を連絡する改札内通路は北・中央・南の3本があり、それぞれの通路に対応して丸の内側・八重洲側それぞれの地上に3か所の改札口がある。丸の内中央口は元は皇室専用だったため北口・南口に比べ小さい（現在は別に皇室用の出入口と貴賓室がある）[16]。丸の内側の地下3か所と八重洲中央口の地下にも改札口があり、丸の内側は東京メトロ丸ノ内線や丸ビル・新丸ビル方面へ、八重洲側は八重洲地下街方面へ通じる。

また、丸の内側と八重洲側を改札外でつなぐ北側自由通路（1階・地下1階）があり、南側自由通路（地下1階）は2029年に開通予定である[報道 4]。日本橋口は唯一改札の外から新幹線乗り場に直接入ることができる。

在来線の構内は非常に広い。1階は改札内（駅ナカ）商業施設が充実している。長年、地下1階はコインロッカーが多く商業施設が少なかったが、2007年10月25日にJR東日本の商業施設「グランスタ」がオープンした[報道 5]（2020年8月3日に「グランスタ東京」としてリニューアル開業[17][報道 6][報道 7][報道 8]）。駅コンコースにはJR東日本の管轄エリアも多く、それらの店舗やレストランなどでは電子マネーとして、Suicaおよびこれと相互利用可能な交通系ICカードが利用できる。対して、新幹線の構内はあまり広くなく、商業施設はホーム上にほぼ限られている。

「グランスタ」開業に合わせて、八重洲地下中央口の改札内にある待ち合わせ場所として有名な「銀の鈴」のリニューアル[※ 13]が行われ、1階と地下1階を結ぶエスカレーターが新設された。

駅長（兼 常務執行役員）・助役配置の直営駅で、京葉線の八丁堀駅と越中島駅を管理する。新幹線乗換口（中央・南とも。乗換窓口・精算所業務を含む）、丸の内地下北口、京葉地下丸の内口、日本橋口の業務はJR東日本ステーションサービスに委託している。なお、丸の内地下南口と京葉地下八重洲口はお客さまサポートコールシステム導入により、終日無人となっている[14]。

日本橋口改札（2021年11月）

新幹線北乗換改札（2021年9月）

新幹線南乗換改札（2021年10月）

丸の内北口改札（2021年9月）

丸の内中央口改札（2021年9月）

丸の内南口改札（2021年9月）

八重洲北口改札（2021年11月）

八重洲中央口改札（2021年9月）

八重洲南口改札（2021年9月）

丸の内地下北口改札（2021年11月）

丸の内地下中央口改札（2021年10月）

丸の内地下南口改札（2021年10月）

グランスタ地下北口改札（2021年11月）

八重洲地下中央口改札（2021年11月）

京葉地下丸の内改札（2021年10月）

京葉地下八重洲口改札（2021年10月）