第二次世界大戦後の1946年、新校長小宮豊隆の主導で職員の大量罷免を伴う学内改革が行われた。その結果、高折宮次（ピアノ科主任）、遠藤宏（音楽史科主任）、木下保（声楽科主任）、橋本國彦（作曲科主任）、井上武雄（ヴァイオリン科主任）、平井保三（チェロ科主任）、井口基成（ピアノ科）、宇佐美ため（ピアノ科）、平井保喜（作曲科）、永田晴（管科）、細川碧（作曲科）、中村ハマ（ピアノ科）の11名の教授が罷免され、その独裁的なやりかたに抗議する校長不信任運動に加わった豊増昇、永井進の2名のピアノ科教授が退職した[2]。

1949年5月31日、学制改革により新制東京芸術大学が発足すると、東京音楽学校はこれに包括されて音楽学部の前身となり、1952年3月に廃止された。本流の予科・甲種師範科が募集70人と超少数精鋭であったが、全入の選科も東京藝術大学音楽学部に統合したため、音楽学部の募集は172名（1951年以降）となった。なお東京美術学校には選科生はほとんど居なかったため、東京美術学校の予科・師範科の募集人数と東京藝術大学美術学部の募集人数はあまり変化しなかった。

1946年の募集人数　甲種師範科30名、本科40名（予科と統合）。本科内訳　声楽科8名、器楽科（ピアノ・オルガン8名、バイオリン・チェロ・ダブルベース6名、管楽器・打楽器5名）作曲科2名、邦楽科（能楽2名、箏曲4名、長唄4名）
年表

1887年10月：勅令第51号により音楽取調掛を改称し設立。

1889年：規則を制定し予科および本科・師範科を設置。

1890年5月：開校。

1893年6月：東京高等師範学校附属音楽学校となる。

1898年：分教場を新設。

1899年4月：東京音楽学校として再独立。

1900年：規則を改正し予科・本科・研究科・師範科（甲・乙）・選科の5科とする。

1907年9月：邦楽調査掛を設置。

1928年：乙種師範科募集停止

1931年：4月25日本科に作曲科設置（省令）。

1936年：邦楽科設置

1949年5月：新制東京芸術大学発足により包括。

1952年3月：最後の卒業式。東京音楽学校廃止。

歴代校長
東京音楽学校長


伊沢修二（1888年1月27日 - 1891年6月13日）[3]1888年1月27日 - 1890年6月20日：兼任（文部省編輯局長）1891年6月15日 - 8月10日：教授神津専三郎が校長心得[4]

村岡範為馳（1891年8月10日 - 1893年9月11日）[5]

高等師範学校長


嘉納治五郎（1893年9月20日 - 1897年8月20日）[6]1893年9月13日 - 9月20日：校長心得

河内信朝（1897年8月20日 - 11月19日）[7]

嘉納治五郎（1897年11月19日 - 1898年6月20日）[6]

矢田部良吉（1898年6月20日 - 1899年8月8日）[8][9]

（高等師範学校附属音楽学校主事）


上原六四郎（1893年9月11日 - 1898年4月4日）[10]