東京都の組織は、議決機関としての議会と、執行機関としての知事などに大別することができる[36]。議会と執行機関とは、対等の地位にあり、互いの行動をチェック（評価・監視）する「二元代表制」の関係にある[36]（チェック・アンド・バランスの関係[36]）。
東京都の組織は、都域全体の政治（都政）と区部における都市の政治を担っている。
東京都議会東京都議会議事堂
議決機関は東京都議会である。これは日本国憲法および地方自治法の規定により設置されている[36]。議会を構成する都議会議員は、東京都民によって選挙で選出される[36]。
東京都庁東京都庁舎
執行機関は、東京都知事を代表とする東京都庁であり、議会の決定事項に基づいて事業を実施することを主たる任務としている[36]。東京都知事の任期は地方自治法により4年と定められている[37]。都知事は都民によって選挙で選出される[36]。
東京都庁は、いわば区部の行政機関（市役所）と一般の県庁の両方の機能を併せ持つ。しかし、近年都庁から各特別区への権限委譲が進んでいるため、その特殊性は薄れ、一般の道府県に近づいている。
域内における基礎自治体（市町村）は26市・5町・8村がある。他に特別地方公共団体である23の特別区がある。特別区は、市に準ずる基礎的地方公共団体とされており、日本では東京都の区域内にのみ存在する。特別区は、他の政令指定都市の「区」とは大きく形態が異なる。区長と区議会は公選制であり、近年には都からの権限委譲が進んでおりほとんど「市」と同様の自治体になっている。しかし、住民が区から市への名称変更に抵抗があること、残る権限委譲についてまとまっていないことから、現在でも「区」との名称が残っている。
このほか、域内における地方公共団体として、特別区の一部事務組合である特別区人事・厚生事務組合、東京二十三区清掃一部事務組合（旧：東京都清掃局）、特別区競馬組合、市町村の一部事務組合（34団体）、財産区（1市2町に8つの財産区）がある。 東京都の財政状況は、景気の回復による都税収入の増加と、石原慎太郎都知事による施政下での緊縮財政によって、2000年前後の最悪の水準から大幅に回復した。一般会計が他の会計から借り入れる「隠れ借金」も2006年度で完済する目処が立ち、2005年度の一般会計では16年ぶりの黒字決算となり、2016年度時点の収支は均衡、経常収支は黒字を確保している。起債依存度は全国の自治体で最低の5.0パーセントと財政の健全化が進んでいる。2016年時点、都道府県で唯一地方交付税交付金を受け取っていない自治体となっており、歳入のうち地方税の占める割合は74.3%（全都道府県平均45.1%）と極めて高い[38]。 特別会計や監理団体なども含めた東京都の連結での負債は、2004年度末に16兆9,508億円、都民一人当たりの負債額は約135万円と共に全国最多であったものが[39]、2015年度末には9兆522億円、都民一人当たり約66.7万円となり、減少傾向にある。実質公債費比率は0.7%、将来負担費比率も49.7%と低く、完全な財務体質を維持している[38]。 かつて連結での財政を悪化させた要因は第三セクターの財政問題である。東京都が推進した臨海副都心開発事業では、東京テレポートセンター、東京臨海副都心建設、竹芝地域開発、東京ファッションタウン、タイム二十四の臨海関連第三セクター5社が相次いで経営破綻するなどの問題が発生し、5社の頭文字を取って「5T問題」と呼ばれた。他にも、国際貿易センター、東京臨海高速鉄道、東京都地下鉄建設、多摩ニュータウン開発センター
財政と事業
