東京都庁は、一般行政職だけでも20,837人、消防吏員・公営企業・行政委員会・学校教職員・警察官までを含めると総計16.9万人もの職員を抱える巨大な組織である。
沿革

1943年 - 東京都制施行により東京府と東京市が統合し東京都が発足。

1946年 - 特別区長が、公選制となる。

1947年 - 地方自治法施行、区部は35区から22区（その後23区）に再編され特別区となる。

1952年 - 特別区長が、公選制から都知事の同意を得て区議会が選任する方式となる。

1957年 - 旧都庁舎が千代田区丸ノ内[注 1] 三丁目に完成。

1965年 - 地方自治法の一部改正により、福祉事務所などの事務を特別区へ移管。

1975年 - 特別区長が再び公選制となる。保健所など多くの事務を特別区に移管。

1991年 - 現在の都庁舎が新宿区西新宿二丁目に完成し、丸の内から移転。跡地は東京国際フォーラム。

2000年 - 清掃事業などが特別区に移管。移管しなかった一部業務を環境保全局（当時）に統合し、環境局と改組・改称する。

2005年 - 農業試験場、畜産試験場など多くの試験研究機関の統廃合並びに財団法人化を開始。

2006年 - 動物園をはじめとした都立公園の多くに指定管理者制度を導入。試験研究機関の財団法人化と同様に、事実上の民営化となった。

2009年 - 東京都老人医療センターが独法化され、地方独立行政法人東京都健康長寿医療センターとなった。

2019年 - それまでの東京都監理団体の定義が見直され、東京都政策連携団体として指定された。

業務

道府県と同様の市町村を包括する広域の地方公共団体としての事務を処理するほか、特別区に関する連絡調整事務、そして本来市町村が処理する事務のうち、東京23区内の大都市地域における行政の一体性と統一性の確保の観点から当該区域を通じて一体的に処理することが必要である事務（消防・水道・下水道・都市計画など）を行っている。

近年では、過去幾度の地方自治法の改正により、数多くの権限が特別区に委譲され、特別区の自治権は多摩地域・島嶼地域の市区町村並みに拡充される方向にある。その一方で、消防・上水道に関しては、過去に独自の組織を持っていた多摩地域の各市町村の多くから都へ業務を移管[注 2] し、23区と同様に東京消防庁（稲城市・島嶼除く）・東京都水道局（武蔵野市・昭島市・羽村市・檜原村・島嶼除く）による運営となったのも存在する。

なお、保健所業務は、保健所政令市に移行し独自の保健所を持つ八王子市・町田市以外の全ての市町村を担当する。23区においては、それぞれの区が保健所業務を担っている。