東京都区部には鉄道網が多数張り巡らされている。中央駅は東京駅。ほかにも新宿駅・渋谷駅・池袋駅・品川駅・北千住駅・上野駅などが区部各地域のターミナル駅として機能する。 東京都区部のJRの駅は、すべて特定都区市内制度の「東京都区内駅」に所属する。
東京駅
東京都区部の主要なターミナルを環状につなぐ山手線
東京都心部から関東近郊を結ぶ上野東京ライン・湘南新宿ライン
東京副都心から都心部を東西に直進する都営地下鉄新宿線
東京の臨海部を走行する新交通ゆりかもめ
主要駅
東京駅（JR線・新幹線・東京地下鉄）
上野駅（JR線・新幹線・京成線・東京地下鉄）
池袋駅（JR線・東武線・西武線・東京地下鉄）
新宿駅（JR線・京王線・小田急線・東京地下鉄・都営地下鉄）
渋谷駅（JR線・京王線・東急線・東京地下鉄）
品川駅（JR線・新幹線・京急線）
新橋駅（JR線・東京地下鉄・都営地下鉄・ゆりかもめ）
神田駅（JR線・東京地下鉄）
秋葉原駅（JR線・東京地下鉄・つくばエクスプレス）
日暮里駅（JR線・京成線・東京都交通局）
高田馬場駅（JR線・西武線・東京地下鉄）
恵比寿駅（JR線・東京地下鉄）
大崎駅（JR線・りんかい線）
浜松町駅（JR線・東京モノレール）
北千住駅（JR線・東武線・東京地下鉄・つくばエクスプレス）
押上駅（東武線・京成線・東京地下鉄・東京都交通局）
赤羽駅（JR線）
浅草駅（東武線・東京地下鉄・東京都交通局、つくばエクスプレス）
御茶ノ水駅（JR線・東京地下鉄）
大井町駅（JR線・東急線・りんかい線）
新木場駅（JR線・東京地下鉄・りんかい線）
路線
東日本旅客鉄道（JR東日本）
東北新幹線（東京駅 - 上野駅間）
東海道線（東京駅 - 品川駅間）
宇都宮線・高崎線（東京駅 - 赤羽駅）
京浜東北線（赤羽駅 - 蒲田駅間）
中央線快速（東京駅 - 西荻窪駅間）
横須賀・総武快速線（西大井駅 - 新小岩駅間）
中央・総武線各駅停車（小岩駅 - 西荻窪駅間）
山手線（全線）
常磐線快速（上野駅 - 北千住駅間）
常磐線各駅停車（綾瀬駅 - 金町駅間）
京葉線（東京駅 - 葛西臨海公園駅間）
埼京線（大崎駅 - 浮間舟渡駅間）
湘南新宿ライン（西大井駅 - 赤羽駅間）
東海旅客鉄道（JR東海）
東海道新幹線（東京駅 - 品川駅間）
京王電鉄（京王）
京王線（新宿駅 - 千歳烏山駅間）
京王新線（全線）
井の頭線（渋谷駅 - 久我山駅間）
東急電鉄（東急）
東横線（渋谷駅 - 多摩川駅間）
目黒線（目黒駅 - 多摩川駅間）
田園都市線（渋谷駅 - 二子玉川駅間）
大井町線（大井町駅 - 二子玉川駅間）
池上線（全線）
東急多摩川線（全線）
世田谷線（全線）
小田急電鉄（小田急）
小田原線（新宿駅 - 喜多見駅間）
東武鉄道（東武）
伊勢崎線（浅草駅・押上駅 - 竹ノ塚駅間）
亀戸線（全線）
大師線（全線）
東上本線（池袋駅 - 成増駅間）
西武鉄道（西武）
池袋線（池袋駅 - 大泉学園駅間）
豊島線（全線）
西武有楽町線（全線）
新宿線（西武新宿駅 - 武蔵関駅間）
京浜急行電鉄（京急）
本線（泉岳寺駅 - 六郷土手駅間）
